使徒已经全部消灭了，在最后一位使徒渚薰被击杀后，NERV迎来了前所未有的平静时光。
这段时间平静让人难以想象，以至于很多人都在暗中讨论，是不是NERV要解散了。毕竟他们的任务就是对付使徒，阻止第三次冲击降临。
现在使徒已经全部伏诛，那它们这个组织也就没有存在的意义了。
“唉，最近都没有使徒来袭了，突然都觉得我们的生活是不是太安逸了！”一名短发的年轻人抱怨道。
“我靠，你的脑袋有毛病，使徒来袭是要死人的，你还希望有使徒来攻击我们这里。像这样平平静静的，大家上上班喝喝茶不是挺好的嘛？”坐在短发年轻人旁边的一位中年人有些不爽的训斥了这个年轻人一顿。
他们这些中年人巴不得没啥事，毕竟自己还有一家老小要照顾，早就不是寻求刺激的时候了。
看着底下的人员在哪三三两两的聊天喝茶，无所事事的样子，葛城美里担忧的看着身后那个空荡荡的指挥席。
碇源渡总司令不见了，冬月副司令也不知所踪，没有人知道他们去了哪里，也没有人告诉她下一步NERV将要去做什么，这种难得的平静下面总有一种山雨欲来风满楼的感觉，让葛城美里心中不得安宁！
“是我太多疑了吗？使徒已经全部歼灭，人类阻止了即将到来的第三次冲击，我们应该胜利了才对啊！”
葛城美里自言自语的说道。
但即使自我催眠，她也无法欺骗自己，NERV的目标绝对不是什么击杀使徒，而是有更加深一层的目的。但是她这个指挥官却被蒙在鼓里，绝大数的NERV成员也都被蒙在鼓里。
他们就像乘坐一艘快要触礁的轮船，明明前方就是万丈深渊，但是没有人会跳出来告诉大家我们即将死去，而是为了保持稳定，默认让这些不知情的无辜者就这样白白的去送死！
葛城美里讨厌这种感觉，她讨厌这些虚伪的政客，为了各自的利益，将这个世界变得如此复杂，将人类最黑暗的一面体现的淋漓尽致。
就在葛城美里沉思的时候，一个秘密的通讯传递到了她的耳机中。
“美里小姐，末日即将来临了，你准备好了吗？”一个熟悉的声音在她的耳边响起，让她不由得愣住了。
“三号机驾驶员云启，你，你到底知道些什么？什么末日，我们不是已经阻止了末日的出现了吗？”
“美里小姐，碇源渡的话你也信吗？”
“哼，你一个小孩子，居然会质疑大人，既然你怀疑碇源渡总司令，那为什么我不可以质疑你的话？”
听到美里的质问，云启一下子愣了一下。小孩子？也对，现在他这个身体才十六岁多，还真的是小孩子一个。
无奈的笑了笑，云启接着说道：“好吧，美里小姐，我知道你还有怀疑，我刚刚发给你一封邮件，相信你看完后就会明白我说的话是真还是假了！”
说完，云启就通过秘密通信渠道，将一封加密文件发到了美里的私人邮箱内。
接到通知的美里立刻打开邮箱浏览起来里面的信息。
“这，这不可能，人类补完计划的真面目怎么会是这样？”
看完这封邮件，美里的双手都在颤抖，她完全无法相信，自己信任的NERV欺骗了她，碇源渡也欺骗了她。而SEELE甚至欺骗了整个世界。这些隐藏在幕后的黑手才是最大的BOSS，他们的目的并不是拯救世界，而是为了完成和神的约定。
特别是看到SEELE成立的时间超过了两千年，他们从人类文明诞生之初就在谋划这个事情，这些被宗教彻底洗脑的疯子们结成秘密结社，暗中统治了人类世界绝大部分的力量。他们通过推动整个人类社会的科技进步来完成和莉莉丝的约定，从而完成最终补完计划。
可是这种将全人类献祭，让灵魂回归莉莉丝的手段根本就是毁灭整个人类文明。难道成神就这么有吸引力吗？难道人类凭借自己的力量就不能抵达最终的彼岸吗？
这一刻，美里对NERV的忠诚，对碇源渡的忠诚彻底消失，遗留下来的只有阻止他们拯救人类的决心。
“你能保证这些信息绝对准确吗？”美里脸色铁青的问道。
“当然，不过你现在已经没有时间来揭露NERV，揭露SEELE的罪行了，因为他们已经开始发动最后的献祭仪式。很快就会有不明身份的部队对NERV本部发动攻击，你们抵挡不了多久。”
“你说是SEELE会向我们动手，是吗？”
“不，应该说是被SEELE蒙骗的各国政府，根据我的信息渠道反馈，对方派出了三个特种作战旅，即将对NERV本部进行全方位渗透攻击，同时第十一，第十三联合舰队以及第五，第七联合航空大队也将加入攻击。NERV是对使徒要塞都市，对于人类军队的攻击，是无法抵抗的！SEELE已经在联合国会议上将NERV定义为了毁灭世界的元凶，现在你们全部都被定性了为恐怖分子，遭到全世界的通缉！”
听到了这个劲爆的消息，美里一时间都有些不知所措。拯救世界的NERV瞬间从英雄变为了魔王，而那些暗中准备毁灭世界的元凶却逍遥法外，甚至倒打一耙将自己等人变为了人类的敌人。
“我答应你，无论什么要求我都答应，我只有一个请求，保护NERV，保护住这些拯救了世界却被污蔑的无辜者！”
“我答应你，美里小姐！记住我的要求，一定要修好三号机。不能让初号机被碇源渡或者SEELE夺走！否则一切都将功亏一篑！至于外面的敌军，就交给我了，我会让这些躲在幕后的家伙们看看，什么是人类的力量！”
说完，云启就切断了通信，独自向第三新东京市的外围走去！在哪里，他需要阻挡住对方的大军，为美里争取一点时间。
而同一时间，在第三新东京市的外围，大量的神秘部队正在隐秘的靠近NERV的势力范围。
如此大规模的部队调动居然没有惊动任何人。不，应该说，整个NERV的信息渠道都被某些别有用心的人屏蔽，他们根本没能察觉到联合国军对他们的包围。
一场突如其来的袭击战即将展开。