中国方面的变化日本人是看在眼里的，由于日军早就将中国视为亚洲最大的对手，所以很早就开始了针对中国战争的布局。作为日军侵华的排头兵，日军的情报部门对于中国军政界的渗透十分厉害。
尽管在接手国民政府的军政大权之后，陈锋对国民政府的军统部门、原第八战区的情报机关以及延安方面的情报部门进行了资源整合，在此期间揪出了大批的敌伪特务.即便是如此，陈锋依然坚信在国共双方的内部依然有大量的日伪间谍特务。
事实上也正是如此，从重庆发出的军政命令很快日本方面就会听到一些风声，虽然有些时候只会探的一丝一毫，但是这却让中国方面的很多事情不再成为秘密了。
随着了解的越多，日本方面越是惊讶越是担心。他么虽然成功刺杀了老蒋和阎锡山，但是中国却没有像他们想象的那样乱起来，虽然早先时候前线的军队有过一些混乱，也致使中国各个战区损失了不少军队和地盘，但是日军攻占重庆，彻底消灭中国政府的企图落空了。
更让日本方面感到恶心的是，他们做了这么多的努力，最后最大的受益者竟然是死对头陈锋。这位中国的抗日名将塞北地区最大的军阀竟然从一跃成为了中国的领袖，力压亲日派将领何应钦。
而陈锋上台后迅速重拳出击，在短短1个月内就收服了中国境内的大小军阀，顺利结账了中国的军政大权，九四式一向与国民政府不对付的延安方面也表示愿意接受重庆的领导，这着实让日本人感到吐血。
距离老蒋身亡已经足足3个月了。在这3个月内中国方面虽然全线后撤了几百公里，但是却站稳了脚跟，而且还迅速完成了大整编，新成立的十一大战区正以令人瞠目结舌的速度发展。
1942年3月20日，日本政府和大本营在东京的皇宫召开联席会议。会上信任陆军大臣东条英机代表陆军方面递交了对华作战的形势评估报告，根据这份报告，日军大本营判断中国的军事力量至少达到了500万，其中陆军占了总兵力的95%。
另外，中国方面的经济在快速回复，社会秩序也在恢复。中国政府似乎与美国政府以及苏联政府达成了某种协议。美苏两国似乎正在有计划地对中国的工业基础进行改造，根据情报部门得到的可靠消息，中国政府准备在四川的攀枝花、河南安阳等地建立数十个大型钢铁厂，而原本就担任中国政府最大的兵工厂的汉阳兵工厂正在接受改造。
这一切的一切无不昭示着一个令人担忧的问题，中国政府的国力正在快速增长，中国国防力量也在快速提升。这对于大日本帝国来说是无法容忍的挑衅，因此大本营陆军部认为有必要在中国战场全线对华发动一场大规模的战役，如果能一举击垮陈锋政权那固然是好的，如果不能，那么也可以在一定程度上阻碍其发展。
东条英机的报告在日本国内迅速引起了震动，原本自从日均成功刺杀老蒋之后，驻华日军连续攻占了大半个湖南。又将第四战区的军队赶出了广东，这让日本高层看到了一个错觉，那就是攻占中国全境指日可待，没想到事实竟然是这样的，因此很多人同意大本营提出的战略设想，集中兵力对华作战。
然而就在这个时候海军部提出了反对意见，由于大日本帝国突然将主要病理调回了中国战场，所以给南太平洋战场上的美英残军以喘息的机会，经过小半年的休整，现在美国陆海军正在源源不断地从美国本土调往澳洲。原本被重创了的美军太平洋舰队也得到了补充，再加上南太平洋地区的那支神秘的中国舰队，这给南太平洋地区的帝国陆海军造成了巨大的威胁，必须立即予以铲除，不然的话很可能影响大日本帝国的安全。
对于海军部提出的反对意见陆军部虽然也很赞同。美军在南太平洋地区军事实力的快速增长确实令日本陆军感到担忧，但是陆军方面确认为美国虽然正在积极组织力量准备反攻，但是由于美军在太平洋上的军事力量基本上已经被摧毁了，所以短时间内根本就不可能发动哪怕一次小的战役，所以理应先解决中国战场上的战事。
然而海军部却认为正因为美军暂时没有反击能力，所以才应该发动对新几内亚以及澳洲的进攻，因为按照海军部的预计，发动对盟军在南太平洋地区最后据点的进攻只需要抽调12个师团的兵力，耗时不会超过4个月，就能一句解决后患。
反之，如果按照陆军部的计划，针对中国政府进行全面战争的话，以陈锋所部的战斗力和兵力，这场战役绝对不是短时间内结束的。如果等中国战场上的战役结束了之后再发动对澳洲的进攻，那时候的澳洲很可能已经羽翼已丰，再想消灭恐怕没有现在这么容易了。
日本的海陆军向来都是争锋相对的，一方说是向东一方说是向西，谁都不肯后退半步，这一次也一样。联席会议进行了整整一天，海陆军方面谁也没能把谁说服，反而使的整个皇宫里火药味愈加的浓郁了，要不是有天皇在场的话，陆海军方面很可能已经动上手了，反正这样的事情他们已经干过不止一次了。就在双方僵持不下的时候，一个意外事件打破了平衡。
1942年3月20日晚，美国派出由16架轰炸机组成的编队，由吉米.杜立特中校指挥对日本本土包括首都东京在内的几座城市展开轰炸。飞机从距东京1200公里处从航空母舰上起飞，最后降落在中国。
空袭给日本造成50人丧生；252人受伤；90幢建筑受损或倒塌。受轰炸的包括日本柴油机制造公司，日本钢铁公司第一钢铁厂，三菱重工公司，交通部变电所。国家纤维服装公司，横滨制造公司仓库，名古屋飞机制造厂，1座军工厂，1所海军实验室。1个机场，1个临时军火供应站，9幢电力大楼，6只大油罐，1家服装厂，1间食品储藏仓库。1家煤气公司，2家其它公司，名古屋第二临时军用医院，6所小学和初中执行任务的。
这次空袭给日本方面造成的损失微乎其微，但是却震惊了日本的朝野。因为在此之前，有能力对日本本土进行轰炸的只有中国陈锋所部的超级战机。根据日本方面对比击落陈锋所部战机的残骸发现，陈锋所部使用的是一种超级庞大的新型轰炸机，这种轰炸机翼展和机长都达到了惊人的三十多米，杭城更是超过了6000公里，可以轻松从中国东部城市起飞，并且在东京滞空两小时再返回中国。
对于这种强大的轰炸机日本方面是无能为力，只能不断地扩大警戒半径。作被动防御。但是没想到出了中国以外，竟然遭到了美国战机的轰炸。更令人本方面感到难堪的是，通过对比吉罗德美军战机，他们发现美国飞行员驾驶的不过是最普通的b-25b米切尔中型轰炸机。
这种中型轰炸机的性能一般，美国完全可以在短时间内集结数千上万架，要是让美国方面摸索到了规律，到时候集中几千架这种战机对日本本土经行空袭的话，那简直是一场不亚于关东大地震的大灾难，因此日本朝野一致决定先对美军发动进攻，彻底打掉盟军在南太平洋上最后一个据点。同时日本海军寻机夺取中途岛，为攻占夏威夷群岛做准备。
1942年3月下旬，日军决定向西南太平洋推进，夺取新几内亚岛的莫尔兹比港和所罗门群岛的图拉吉岛，以掌握该地区制海权和制空权。切断美国通往澳大利亚的海上交通线。
3月25日，日本第4舰队司令井上成美海军中将派高木武雄海军中将率领“翔鹤号”和“瑞鹤号”航空母舰及重巡洋舰2艘、驱逐舰6艘从特鲁克岛出发，原忠一海军少将率“祥凤号”轻型航空母舰和重巡洋舰4艘、驱逐舰1艘从拉包尔启航，掩护登陆船队驶向目标。
但是日本方面不清楚的是，他们的这次行动早已被美军得知了。美军截获日军行动情报后，美国太平洋舰队总司令尼米兹海军上将命令弗莱彻海军少将率第17特混舰队在珊瑚海阻击。
美军太平洋舰队第17特混舰队是由2艘航空母舰、5艘巡洋舰、9艘驱逐舰组成，并且配以144架舰载机。
次日上午，“约克城号”航空母舰舰载机袭击图拉吉岛外海日本舰队，击沉驱逐舰1艘和小型舰艇数艘，日本舰队随即开始在该地区进行搜索反击，珊瑚海海战爆发。
27日，日本“翔鹤号”和“瑞鹤号”航空母舰舰载机击沉美国油船和驱逐舰各1艘。同时，美舰载机攻击日军登陆船队和护航编队，击沉“祥凤号”航空母舰。同一天，日本派出可以夜航的飞行员驾驶27架鱼雷机和俯冲轰炸机轰炸美航母，因迷航损失15架，又有8架被f4f-3“野猫”战斗机击落。
28日上午，双方航空母舰编队在200海里距离上出动舰载机群展开激战。美军出动飞机约70架次，对高木舰队发动攻击。“瑞鹤号”航空母舰逃进雷雨区，免遭袭击；“翔鹤号”航空母舰中弹，失去作战能力。日本出动飞机约90架次，对美舰发动攻击。“列克星敦号”航空母舰中弹沉没，“约克城号”航空母舰被击伤。美国损失飞机约70架，日本损失飞机约100架。
此战，美国海军被击沉一艘大型航空母舰列克星顿号、一艘油轮、一艘驱逐舰、65架飞机、死亡543人，另一艘航母约克城号受伤；日本海军损失一艘轻型航母、69架飞机、死亡1074人、另一艘航母受伤。从数字的角度，日本海军显然取得了珊瑚海海战的战术上的胜利。但是，接下来发生的事情却让日本海军刚刚取得胜利的喜悦小时的无影无踪。