吴神医在天翻教中主要进行两种类型的实验。
第一种，是针对那些武者的实验。吴神医用药物摧毁了这些武者的神智。天翻教的一些高手曾对吴神医说，要摧毁这些人的神智，不用那么麻烦地配药，他们这些高手只要稍微对这些人的脑子用些内力，就让摧毁他们的神智。吴神医说，他们这种手段过于粗暴，如果他想要让这些人变成植物人，他会考虑让用这种手段，他的目的不是让这些变成植物人，而是要让这些人变成机关人。这些武者在吴神医药物作用下，会吃会喝，还会拉撒，但是别的什么都不会了。吴神医又用药物洗清他们体内全部的内力修为。这些准备工作做好之后，这些人就成了吴神医的完美一号试验品。吴神医又给这些完美一号试验品喂下不同的药物，刺激他们修炼内力。吴神医的目的是观察这些试验品，在没有自己主观意识干扰的情况下，在药物的作用下，会生成什么样的内力。吴神医认定，在这种较为内力修炼纯净的环境中，内力的本源会暴露出来。
第二种，是针对那些普通人的实验。吴神医用完美一号试验品传输内力到普通人体内。吴神医当然不会让这些普通人舒舒服服地享受内力。吴神医或是给这些人输入过多的内力，或是让这些人忍受内力瘾的煎熬。吴神医这样做，当然不是为了让这些罪恶之人受到应有的惩罚，而是单纯的为了研究，吴神医认为只有在这种条件下，才能准确地观察出内力对人的真实效用。
事情渐渐地向着脱轨的方向发展了。
天翻教发展的越来越让人看不懂，吴神医也渐渐在研究中迷失了自我。
吴神医在书中用一句话总结了天翻教的变化。在早期的时候，天翻教的目的是探索真理，在后期的时候，天翻教的目的则变成了制造真理。吴神医在书中也承认，或许无名教主在组建天翻教时就包藏祸心，他用探索内力本源的幌子，聚集了一批顶尖高手，然后慢慢地用言语侵蚀这些顶尖高手的思想，让他们成为自己思想的俘虏。吴神医到最后也没有查清楚，天翻教的改变是无名教主推动造成的，还是一种自然的改变。
最开始的时候，天翻教里的这些人专注于内力本源的研究。在内力本源研究没有结果的时候，天翻教里的一些人开始研究江湖运行的规律。他们这些人声称，研究内力本源只是小道，真正的大道是研究江湖运行的规律。在研究了许久之后，也出了一些成果，有人写了《武林盟主必要性与正当性》、《江湖门派与宗教的相互影响——以少林和武当为例》、《家族与江湖》这样的江湖学术论文。这些论文并未能对外流传出来，但在天翻教内部，也是引起了不小的轰动，一时间引发了江湖运行规律研究的一个小高潮。这个小高潮没有持续很久，天翻教里又有一些人开始认为江湖运行规律的研究也只是小道，真正的大道是研究包括江湖在内的，整个人类社会的运行规律。这样一个研究方向，一经有人提出，就引发了众人研究的热情，有人写了《江湖与帝国的相互影响》、《江湖人同时也是社会人》、《帝国背后的江湖人》这些文章。到了再后来，无名教主提出，所谓的社会运行规律，只是人们制定、妥协、默认、约定而成的规律，现在的这个社会遵从的规律在制定、妥协、默认、约定的时候，损害了武者的利益，因为当时的武者只是一个弱势群体，在社会中没有话语权。无名教主这样提出之后，就没有再说什么，但所有人都明白了无名教主的意思，既然之前遵从的规律在出现之初，就带着对武者的歧视，那么武者们应该做的就是推翻现有的规律，制定出更好的规律，他们这些人作为顶尖高手，应该担负起为天下间的武者而战的重任。
在天翻教里的这些顶尖武者们群情激昂，恨不得立刻就拿起武器，冲到皇宫里、官府里大开杀戒，让天下都翻过来的时候，无名教主又出来劝大家冷静。无名教主告诉大家，做任何事情都需要方法。冲进皇宫、官府里乱砍乱杀，虽然也是一种方法，但绝对不是一种好方法。如果用了这种方法，虽然很有可能让大家都感到畅快、开心，但接下来的混乱和狼藉，一定会让所有人后悔、头疼。这些顶尖高手问无名教主有什么好的方法没有。无名教主谦虚地说，自己也没有什么好的方法，但是他坚信一定会有比乱砍乱杀更好的方法，他邀请教中的兄弟一起寻找更好的方法。教中众人或是被无名教主的谦逊和诚恳所感染，放下了乱砍乱杀的念头，更加团结的聚集在无名教主身边，与无名教主一起寻找更好的方法。
在天翻教变化的同时，吴神医也在改变，吴神医的改变更像是一种迷失，迷失在自己的研究当中，忘记了除了研究之外的任何事情。在迷失的时候，吴神医不再遵守自己当初给自己的研究设下的规矩，他的试验品不再只是罪大恶极的人，吴神医愿意接受他们送来的任何一个试验品，甚至要求他们送来符合自己要求的试验品，无论能否找到符合自己要求，并且罪大恶极的人。到了后期，吴神医要他们送来双胞胎武者，父子武者，亲兄妹武者来让给自己做实验用。天翻教的人对吴神医说，没有符合吴神医要求的罪大恶极之人，吴神医说，不管他们是不是罪大恶极，反正他也不是要审判他们，是要用他们做实验。
吴神医开始的还以为这些顶尖高手们不会答应他的要求，但天翻教中很快就有人按照吴神医的要求送来了试验品。再想到天翻教的变化，吴神医怀疑，无名教主在建立天翻教的时候就别有用心，这些现在为他送来试验品的人，是无名教主一直以来的手下，并不是那些后来加入的顶尖高手。吴神医不信那些顶尖高手会就这样答应他的请求，这些高手总要有些高手的自尊。