从厄普西隆元年到厄普西隆五年，并非完全的安定，其中有三年被用来进行战争，镇压抵抗力量。主要对象是苏维埃联盟和天蝎组织。
据心灵终结战争结束后统计，终结仪启动，残存的抵抗力量人数在七十五万左右。
终结仪启动之后，厄普西隆占领了整个苏俄，而在清点俘获人数时，塞缪尔发现少了雷泽诺夫和库可夫，为了巩固政权，塞缪尔开始对整个苏俄进行搜查。最终在厄普西隆元年四月份的时候，发现了位于东西伯利亚的苏军幸存者，大约有一万五千人左右，统帅正是雷泽诺夫和库可夫。塞缪尔亲率十万大军进行征讨，战事在六月底结束，地球上的苏俄部队彻底被消灭。但是令塞缪尔不安的是，清点战场的时候依然没有看到雷泽诺夫和库可夫的尸体，有可能是被炮弹炸的尸骨无存，也有可能是跑掉了。塞缪尔在内心更侧重于后者，他总感觉那两个人还活着。
随后就是对拉丁同盟的清剿。
在终结仪启动之后，美洲大陆的主要城市和八成以上的土地都落入了厄普西隆的手中，但仍然有一些拉丁同盟的幸存者遁入安第斯山，科迪勒拉山系，甚至是丛林之中进行游击抵抗。对拉丁同盟的清剿于厄普西隆元年五月开始，使用了南北美洲总异教的大量军队，总数在五十万左右，同时还调集了空中舰队，导弹舰艇和巡航导弹进行无差别时打击。在抵抗了八个月，也就是在厄普西隆二年三月底，拉丁同盟被基本肃清。厄普西隆统计，所消灭的拉丁同盟部队有八万之多，最后厄普西隆确定，拉丁同盟也被彻底消灭。当然，这是他们以为的。
最后是对华夏的进攻。
事实上，厄普西隆对华夏的进攻在厄普西隆元年二月就开始了，但却是最后结束的。终结仪启动之后，华夏的大片国土沦陷，但华夏军民仍以高昂的意志抵抗心灵控制，与厄普西隆进行战斗。华夏的抵抗区大致分为三个地区，满洲地区的白山山区，有数万华夏军民进行游击战争。帝都地区，有着十二万华夏部队坚持抵抗。最后就是西南地区，包括青藏，蜀州，滇黔。由于这里独特的地形，有很大一片的土地没有被控制，更是有近四十万部队包围。这里也是最大的抵抗区。
厄普西隆为了彻底拿下华夏，也付出了惨重的代价，这也是为什么塞缪尔-罗伯茨对华夏印象深刻的原因。在白山地区，华夏部队利用地形进行游击战，这也是华夏最拿手的作战方式之一，厄普西隆为了拿下白山地区耗时四个月，将近五个月，近十万士兵战死。从元年二月到元年六月。同时开启了对西南和帝都的进攻。厄普西隆元年四月，帝都战役正式打响，厄普西隆帝国大东亚区总异教卡尔-拉塞尔亲率四十万军队进攻。厄普西隆元年九月，西南战役打响。在帝都战场，厄普西隆在最后通牒结束之后就发动了全面进攻，空中是基洛夫空艇，雷神炮艇，伊利卡拉，毒蜥以及最新军备火蜥蜴空中战舰组成的空军舰队狂轰滥炸，地面上由艾布拉姆斯，斗牛犬，犀牛坦克等各类地面装甲组成的钢铁洪流的推进。步兵夹杂其中，步坦协同作战，巡航导弹和制导导弹也不时进行轰炸。但华夏军队也早有部署，防空武器放置到高楼之上，节省地面空间的同时，防空火力也有保证。地面上则是铺设了大量的Emp地雷。同时改装了导弹发射车，将部分Emp地雷拆分，组成简单的Emp炸弹，随后发射出去。虽说也出现了一些失误，造成炸弹爆炸的误伤事件，但是总体上这一策略给厄普西隆装甲部队造成了阻碍。在抵抗了整整一年后，帝都沦陷。厄普西隆也付出了二十万人的代价，得到了一座沦为废墟的城市。
西南，是最大的抵抗势力，无论是军队还是从地域上来说，都是厄普西隆帝国的眼中钉。为了完全将其扼杀，厄普西隆帝国大总理，厄普西隆军总异教塞缪尔罗伯茨亲自指挥战斗。先调集了大东亚区三十万军队进攻川渝和滇黔，命令南亚区总异教调兵二十五万进攻青藏，还调集自己的直属军队和中亚区的部队四十万进行支援，总计部队近一百万人。但是一百万人拿下西南也不是很容易的。
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“真是令人记忆犹新。”晚上，塞缪尔点起今天最后一支烟，发现又是一支华子。