史可法离开扬州之后，商毅也立刻着手安排江淮的布置。虽然从理论在来说，现在整个江北都属于商毅的管辖范围，但实际的控制区域其实只有淮河以南，大别山以东的地区。包括凤阳、庐州、滁州、和州、扬州、淮安六府。总面积大约十五万多平方公里。其余的地方，依然都在清军的手里，不过也比商毅现在控制的浙江省大了近一半。
而商毅也作出安排，命刘泽清驻守凤阳、刘肇基驻守庐州。成进驻守扬州、罗远斌驻守淮安。也就是由商家军控制淮东地区、明军接管淮西地区。
因为现在商毅还一口吞不下整个江淮地区，另外这次作战的主战场在淮西，对这一带地区的破坏十分严重，而由余商家军守住了扬州，淮东基本没有受到什么损害，而且以后清军如杲再度南侵，淮西依然还是主战场，因此商毅只能退而求其次，只是把淮东地区先划入自己的实际控制范围。
淮东地区亦可称为苏北地区，实际就是扬州府、淮安府两个府治，但北接山东、南连江南，可以把商毅目前的势力范围连成一片，而且背靠大海，也有利于发挥商家军的海优势。而另一方面这两个多月以来，商家军在扬州、淮安地区也建立了初步的民众基础，有利于商家军在这里速度建立起统治基础。
扬州府位于长江北岸的出海口，与苏州府隔江相望，而现在苏州府实际也算是商毅的势力范围了，现在江南、江北这两块地区也基本算是连结起来。但目前商家军并没有完全占领整个淮安府，只是控制着黄河以南的地区，淮安府的大部份地区，都还有清军的控制之下，不过由于清军新败，现在这一地区的统制基础十分薄弱，因此商毅的下一步目标就是渡过黄河，发动鲁南战役，收取整个淮安府，打通江淮和山东的连结。
不过江淮之战结束以后，商家军的士兵也十分疲劳，需要进行一段时间的修整，还有损失的士兵也需要补充，而且这一次作战，也需要和山东的商家军配合作战，分从南北两路一起用兵才行。因此商毅也决定，命各路人马暂时休整十到十五天的时间，然后再发动这次战役。
而在休整的同时，商毅也下令到登州，招周少桓到淮安，和自己会面，一方面商议一下两路用兵的计划，另一方面也想详细了解山东战区这几个月以来的发展情况；又命令第五师返回江南去驻扎，第一、三、四师留在江北，一面休整，一面备战。并且又通知杭州的叶瑶瑱和周士奇，马安排调动一批行政人员过去，要在扬州和淮安建立起商家军的行政机构糸统。
接到了商毅的命令之后，周少桓也和唐镇两人立刻动身乘船南下，因为约定是在淮安碰头，路程比到杭州也减少了一半多，因此只用了九天时间，周少桓就赶到了淮安。
这时成进、段鹏、杨武丞、罗远斌、王信等人都在淮安聚齐，周少桓、唐镇和他们差不多有一年没见面了,这次相见，自然都是十分高兴，拍肩搭背也少不了，互相之间都问候一番之后，周少桓和唐镇才见到商毅，两人首先向商毅汇报了在他离开山东之后，商家军在山东的进展情况。
进入弘光元年1645年之后，山东虽然也是战事不断，但基本都是千人以下规模的小战斗，因为周少桓也牢记商毅离开时候的教导，不以夺取大城市为目地，也不发动大中规模的战役，仍然是以小规模游击战为主，把部队分散为以营为单位，寻找机会打击清军的薄弱环节，并逐步向济南府、兖州府的地区渗透。
尽管商家军这样的战术，令驻守阿巴泰十分头疼，但他也不敢冒然进兵，只能分兵把守各处要地，被动的防守，目前总算还是保住山东现有的州府城市，至于县城，也就只好听之任之，因为阿巴泰也实在是力不能及。
到了四月份的时候，商家军的实际控制区域己经大大增加，在青州府境内，只有北面的青州、临淄，南部的莒州、蒙阴等少数城市还在清军的控制之下，而其余的广大地区都被商家军占领。而且商家军还占领了济南府的东北的利津、蒲台、沾化、海丰、阳信等县以及附近的乡镇，现在商家军在山东地区的实际控制面积达七万平方公里左右，约占山东总面积的四成左右，户籍四十二万七千户，人口有一百九十二万四千余人。
在军事建设方面，山东商家军的数目也进一步扩大，除了第二师以外，驻穆陵关独立团己经扩编到八个团，实际达到了一个旅的编制，而在登州地区又新增了两个旅的编制，还组建了一个骑兵团，一个侦察团。此外还有相当数量的民兵编制，正式兵力达到三万七千余人，民兵一万二千余人。总兵力比起山东战区刚刚开始的时候，扩大了一倍有余。
另外在登州还建立了兵工厂、木工厂、服装厂、冶铁厂等一糸列军工工厂，除了少数尖端的技术如火帽、雷汞、线膛枪、重型火炮、地雷和造船之外，其他所有的武器和其他装配、包括粮食，都基本能够做到自给自足了。
而在內政方面，登州府和莱州府已经建立起完整的行政系统，村乡的公社建设，土地清理和重新分配工作也基本完成，大约有三十八万多户的百姓都分配到了自己的土地，因此商家军在山东地区的统治也已深入人心，而且正是有这样广泛的百姓基础和拥护，也是山东战区各方面都能得到迅速发展的最大原因。
当然为了能够向商毅详细的汇报这一段时间山东的工作，周少桓可不仅仅只是口述，也做了经心的准备，带来的各项文件帐册也达到六大本，对毎一项工作，都有详细的记录。
商毅听完了周少桓和唐镇的汇报之后，也十分高兴，山东战区的局面发展，比自己预想中的还要好，而且周少桓也显示出自己不仅仅只能领军打仗，同时在内政和建设方面，也同样表现的十分出色，看来把山东交给他去经营，自己也可以完全放心了。
因此商毅夸讲了他们几句，然后又问道：“唐大叔、少桓，你们在山东做得很好，那么下一步，你们有什么算呢？”
周少桓道：“大人，现在我们遇到的最大问题就是，控制的地方太小，我们治下的人口以经接近了两百万，但大部份都集中在莱州、登州两府，由于我们和清虏互相对持，战争不断，因此大批的百姓都逃离到莱、登两府安居。约占总人口数的八成左右，青州府和其他地区所占极少，但在莱、登两府的耕地数量有限，己经不能再容纳更多的人口了。而现在清虏在山东的兵力不足，因此我们打算攻取青州，彻底占领青州府全境，把青州府也纳为我们真正的统制区域。”
商毅点了点头，山东省在明万历时期的人口数量最多，约为五百六十万左右，经过清军的几次袭劫之后，人口虽然大减，但大约在四百万左右，而莱州、登州的地方只有山东全省的三成左右，而且这两地的耕地面积也并不多，现在却差不多容纳了山东近半数的人口数量，负荷也确实有一点大。因此周少桓建议，彻底占领青州府，扩大完全占领区的建议，也是非常有道理的。
商毅道：“少桓，你的想法不错，如果是在江淮之战以前，确实可以马施行。但……”商毅说着，取过了地图，指着青州的位置，道：“靑州的位置过靠北，而且青州一失，济南必然震动，而济南一但有失，整个山东都难保全，因此一但青州有失，清虏极有可能向山东增派兵力。青州府北面依然不会平静，还是难以稳定下来，让人口定居，安心耕种。”
接看他的手指向下移动，到达青州府南部，接着道：“我们现在己经占领了淮安，如果能够趁着清虏新败，占领整个淮安府，就可以和鲁南接壤，因此如杲你们出兵先占领青州府南部，然后攻取沂州，则可以和淮安府连成一片，这样一来，不仅可以把青州府南部纳为內地，而且还能够与淮安府互相呼应，你们认为怎么样？”
周少桓仔细看了看地图，也点了点头，道：“大人的这个计划，确实比攻取青州要好，但这样一来，却有另外一个问题，虽然可以使山东和淮安连结成一片，但地势却过于狭窄，甴南至北，长达二千余里，而东西最窄，不足百里，如此缺少纵深，形成一字长蛇，首尾难顾，容易被清虏从中切断。这是少桓的一点愚见，请大人参详。”
商毅拍了拍周少桓的肩膀，呵呵一笑道：“什么愚见不愚见，我们过去可不兴这一套，有什么话大家都可以摆到桌面来说，怎么才到山东一年时间，就变得打起官腔来了。”
周少桓也不楚有点尴尬，道：“大人说的是，我…”
商毅笑道：“好了，这次就算了，以后可千万别在这样，在我心里，一直拿你们当兄弟看待，你在山东做得好，能担当大任，我高兴还来不及。”