刘良佐投降了清军之后，沿江东进的阿齐格部的人马总数己经超过了二十八万人。清军现在的兵力分布是，吴三桂部约六万人马在江北作战，现在主力驻扎在庐州，前部己经攻占了和州。而尚可喜部的五万多人马守卫在武昌、九江一线，保卫着清军的侧翼，而阿济格亲率十七万大军，以降将刘良佐为前寻，沿长江南岸，直逼南京，现在大军都己经推进到了太平州一线。离南京不足百里。
而明军的防线也是节节败退，驻守江南的黄得功己经退到了应天府境内的江宁镇，江北刘肇基也退到应天府境内的江浦县，和南京几乎是隔江相望。
在这样的情况下，虽然新年将至，但南京城中却看不到一点新年的喜庆气氛，家家户户都关门闭户，不是准备向城外迁移，就是在家里把门窗加固，然后祈祷天，保佑自己的平安。
算起来这己经是商毅第四次进南京了，第一次还是在南下和李自成作战，当时的商毅不过是初出茅庐的武将；第二次是庆贺朱由崧登基继位，那时商毅刚刚占据了浙江，成为南方的一个地方实力派武将；第三次是陪着朱媺娖到南京分辩北来太子，商毅洐然己是南明一支举足轻重的力量；而这一次进入南京的商毅，已经是整个南方抵抗清军南侵的唯一希望了。
虽然每一次商毅到南京，身份地位都会晋升一级，但南京给商毅的感觉到是一次不如一次，由其是这一次，昔曰繁华热闹的南京城，如今已是冷冷清清，完全是一付萧条破败的样子。也让商毅生出不少物是人非的感慨来。
在正阳门进城的时候，史可法亲自在城门口迎接商毅的一行人马，众人见面之后，史可法也十分激动，拉着商毅的手，道：“以恒，你总算是来了。”说着，忍不住哭了起来。
商毅道：“史阁老请尽管放心，只要有我商毅在此，决不会让淸虏攻占南京城。”
史可法听了，也稍稍安心，道：“快，跟我一起进殿去面见皇，现在等着你来。”
商毅将人马都驻扎皇宫的洪武门前，自己只带了一队卫队跟着史可法进皇宫。
在来南京的时候，商毅就想过，现在南京的局势过于复杂，谁知道东林党还有玄皇教会安什么心，因此商毅丝毫也不敢大意，无论去那里都会穿好防弹衣，带手枪、手雷和双截棍，靴孑里插好匕首，以防万一。同时卫队也随时做好保护他的准备。
商毅的卫队有两个连，一个连是汉族人组成，连长是吴亮，另一个连却全是由黑人组成，他们本来都是奴隶，是商毅给了他们自由，都对商毅都非常感激，十分忠心。而且黑人卫队的另一个好处在于他们不会理中国的规据，完全听从商毅的命令，无论让他们做什么都不会有半点犹豫。而这个连的连长是亚莉桑徳拉的弟弟安德烈。
不过卫队也不可能进入皇宫内部,只能在南京皇宫的正门承天门口等着。不过商毅也和卫队约定好，一但自己发出信号，卫队就向皇宫里面杀入，接应自己。这样分派完之后，商毅才跟着史可法等人，进入皇宫内部，去朝见朱由崧。
南京皇宫也叫紫禁城，主殿的名称和北京皇宫一样，为太和、中和、保和三大殿。朱由崧就是在第一殿太和殿接见商毅和文武大员的。
商毅向朱由崧施礼己毕之后，朱由崧首先赐他平身，然后才道：“商爱卿远路而来南京，一路辛苦了，朕甚是欣慰，前者因为小人为扰，也使商爱卿受了不少冤屈，但如今国事艰难，形式危急，还请商爱卿不要计较，凡事都当以国事为重，大局为重。”
商毅道：“回禀皇，臣与朝中官员，本无私怨，何况现在清虏大军压境，南京危急，臣岂敢以个人私怨，而不顾国事，请皇放心，臣必当竭尽全力，为保南京不失，并驱逐鞑虏，收复失地。”
朱由崧点了点头，对商毅的回答也十分满意，然后又问道：“卿此次入京，不知带来了多少人马？”
商毅道：“臣接到诏之后，立刻出兵，一时也没有耽误，但行走匆忙，这次只带来了约三万人马，但随后还有八万大军，十日之内，必然赶到南京。”
其实现在商毅只带来了一个步兵师和特种旅进入南京，总兵力还不到两万，另一个旅押运的物资在后面，预计会迟一二天到南京。他当然知道，就凭这两万五千人，肯定不能让南京的君臣满意，因此索性也夸大其辞，安定人心，也给自己造成大声势。
朱由崧和官员听了，到也沒有多怀疑，因为大军调动，确实需要不少的准备时间，因此先带少量人马赶来，将大队人马留在后面，也是十分正常的事情。而且有不少人心里都在想，如果等商毅的人马都到了南京，到是足够守住南京了。
就在这时，一个黄门官匆匆从殿外进来，道：“启禀皇，黄得功将军被清军击败，江宁镇失守，清军的前部人马己经杀到了大胜关。现在黄将军率军正在向南京撤退，请救朝廷立刻发兵接应。”
黄门官的话刚一说完，整个金殿顿时一阵大乱，大臣们纷纷交头结耳，议论一片，就连朱由崧的脸色也变了。因为以前的形势无论多么危急,清军都还在应天府的范围之外，因此南京君臣的心里多少还都有一点安心，而大胜关己属于顺天府的范围，离南京不足二十里，这一次淸军可以说是真正的兵临城下了，怎么能叫他们不慌。
幸好史可法到底还是见过大阵仗，立刻出列大声道：“各位大人不必惊谎，现在商督师己经到了南京，必能力保南京不失。”转身又对朱由崧道：“禀皇，为将者当有专断独行之权，方可便宜行事，请皇授权于商毅，让他全面付责南京防务。”
听他这么一说，大殿才安静了下来，全都用其盼的眼光看着商毅，这可是南京的最后一根救命稻草了。而朱由崧这时也稍稍心安，立刻问道：“商爱卿，你看现在当如何拒敌清虏呢？”
商毅道：“回禀皇，清虏现在不过是先头人马，并不足为虑。但守卫南京，事关重大。臣初到南京，尚不知全情，当与史阁老等人计议之后，再作决定。”
朱由崧点了点头，立刻又下旨，封商毅为左都督兼南京守备，付责整个南京的防务，凡事均可便宜行事，并又赐给他尚方宝剑一柄，以后如有阻扰军务者，均可先斩后奏。而又让吴甡官复原职，和史可法一起付责诸事协调，全力支持商毅的军事行动，然后才下令散朝。
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“吴长老，商毅己经到了南京吗？”
墨经纬独自一人站在紫明楼的三楼露台，凭栏而望，头也不回的淡淡问道。因为现在整个南京都十分萧条，大多数酒楼都己经关门歇业，就连因为出了秦淮河畔新一代名妓紫玲珑的紫明楼也不例外。
而这时在墨经纬身后，一共站着五个人，垂手低头，神态都十分恭顺。听了他的问话之后，左边的第一人道：“回禀少主，他是刚刚入城，就被史可法领着进宫去见朱由崧去了。”
墨经纬又问道：“他这次进南京，一共带来了多少人马？”
吴长老道：“居属下估计，应该不超过二万。”
墨经纬哈哈笑道：“二万人马，就想守住南京吗？我看商毅这一次还有什么办法？”
这时吴长老身边的一人也开口道：“二万人马，肯定是守不住南京的，但属下以为，这应该只会是商毅的先头人马，居我们所得的消息，现在商毅在浙江的兵力不下十万，因此他绝不会带这么少的人马进驻南京。属下担心他的大队人马进入南京之后，恐怕就不好办了。”
墨经纬点了点头，道：“马长老说的有道理，现在清军的先头部队是谁？”
马长老道：“是由觉罗巴哈拉率领，大约有一万五千人马，另外还有刘良佐部的一万人马，现在正驻扎在大胜关。”
墨经纬道：“这样的兵力也足够了，派人去告知觉罗巴哈拉，让他加快进军，争取先扫清南京的外围，然后再通告阿济格，让他尽快催促大军前进，争取在商毅的后队大军到达之前，先攻破南京。”
马长老答应了一声，立刻转身离开了露台。
墨经纬又道：“玲珑小姐？她是不是己经去了杭州吗？”
右边的第二人应道：“回禀少主，玲珑小姐是今天早动身去杭州的，还有萧长老和云长老，也随她一起去了。不过她似乎有意避着少主，因此属下有些但心。”
墨经纬淡淡一笑，道：“没有什么好但心的，为了圣门的大业，她不会念及私心，只不过这件事情她不愿意让我插手其中，那就由她去，反正我只要最后的结果就可以了。其他的事情都准备好了没有？”
这时吴长老又道：“都己经准备好了，只等清军的大军一到，我们就可以里应外合，攻破南京。”
墨经纬听了，也不禁放声大笑起来，道：“很好，商毅以为自己这一次还可以力挽狂澜，却不知道现在一切早都己经在我们的控制之中了，恐怕到时侯连死都不知道是怎么死的。而这一次我们圣门复兴的大业就在此一举，谁也阻挡不了。”