姚启圣除了让热气球去投掷火油，火药和炸弹之外，还派遣了一批散兵登上热气球，进入南昌城内上空，居高临下用线膛枪射击清军，专门挑那些盔甲鲜明的军官射杀，把清军军官打得都不敢露头。
在明军多重打击手段之下，城内清军损失惨重，各种守城器械损失惨重。这还不是最致命的，最致命的在于，清军的士气受到沉重打击，民壮都纷纷脱下号衣逃回家里；绿营兵拒绝上阵，连八旗兵都不敢冒头。
任凭董卫国，佟国祯，根特等人组织自己的戈什哈，挥刀砍下了不少人头，还是无法弹压得住。士气崩溃的清兵，就像是水中的皮球一样，董卫国等人带着戈什哈，压住了这个，压不住那个。
接下来的事情就简单了，明军发起了大规模进攻的时候，士气低落的清军难以抵挡。
姚启圣采取了多管齐下的办法，让粤军和闽军扛着简易云梯，发起蚁附攻城，后面跟上巢车，在两丈高的巢车上架起子母炮，对准城头炮击，压制守军火力；天空中有气球，用来摧毁清军的火炮；解除了清军火炮的威胁之后，明军把大批两丈高的望楼顶了上来，望楼上面站着散兵，用线膛枪居高临下射击。城墙下面，一队队火枪手推进上前，不断向城头射出密集的子弹。
在多重火力掩护下，士气高昂的粤军和闽军通过简易云梯，登上了城头，同城头的清军展开了激烈的肉搏战。
与此同时，琼州军自己的精锐铁甲兵搭乘十辆大型云梯车登城。辅兵推着云梯车，冒着不断射来的火箭，靠近了城墙。在云梯车被投下的火油罐和射来的火箭烧毁之前，已经有两百多铁甲兵和一百余名精锐轻甲肉搏兵登上城头。
登城的铁甲兵人数虽少，可是刀枪不入。轻甲精锐肉搏兵则是由蔡九仪等一批高手训练出来的，本身武功高强，又是结阵而战，加上手雷和短铳，在铁甲兵配合下，把城头的清军打得溃不成军。
占据了城头一块地盘之后，更多的琼州军战兵扛着简易云梯，在城头铁甲兵和轻甲战兵的掩护下，爬上城头。肉搏兵先上去之后，火枪手也跟着登上城头。
守城清军被姚启圣的组合拳打得晕头转向，明军很快就控制住了城楼，并消灭了驻守在瓮城上面的清兵，随后打开了城门。
满洲都统根特带着八旗兵负隅顽抗，结果王[辅]臣的骑兵冲入城内，根特遇上王[辅]臣，两人交手不过三个回合，就被王[辅]臣一枪刺死在马下。
绿营总兵赵登举撞上了攻入城内的蔡德忠，赵登举的亲兵被精锐的轻甲战兵一通短铳打得七零八落。蔡德忠杀到跟前，手起刀落，一刀砍下了赵登举的人头。
吴友明被明军包围，见到突不出去，吴友明投降。
绿营副将许盛被一群火枪手打成了马蜂窝，另外一名副将杨以松投降。
见大势已去，董卫国先带人烧毁了仓库，随后回到府内，拔剑杀死了妻儿和小妾之后，自己服毒自尽。但是佟国祯可不想死，他化装成平民，混入百姓之中，东躲西藏了几日之后，等到明军主力撤离南昌，佟国祯这才逃出南昌，辗转逃去了江北。
毕竟佟姓是爱新觉罗的联姻姓氏，深得满清皇家的宠爱，所以佟国祯不怕失土之罪，他逃回去，最多只是被撤职，过一段时间就能官复原职。可是董卫国就不一样了，他不敢跑，又不敢投降，于是选择了自杀。
前后经过了十多天的攻城战，明军收复了南昌城。
从武昌出发的明军攻克了九江和南昌的同时，投诚回归了大明的耿精忠，则带着由汉八旗改编成的闽军，在南洋海军陆战队的配合下，收复了南京附近的城池，之后横扫浙江全境。因为江南残余的清军已经无心抵抗，明军一到，清军纷纷改旗易帜。各府城县城的当地绿营摇身一变，变成了明军。各地方官脱下了清廷的官府，剪掉辫子，换上汉服儒衫，等待明军前来接收自己的府城县城。
城内的清军变成了明军，清廷的县老爷变成了大明的县老爷。地方绿营兵在剪掉了自己的辫子之后，就拿着剪刀，到处给城内百姓，还有入城赶集的村民们剪辫子。
在这个年代，因为清廷统治的时间还不长，剪辫易服的工作十分顺利，老百姓们都很配合的剪掉了辫子，读书人剪掉辫子，换上汉服。
普通百姓的衣服还比较无所谓，很多人还是穿着明朝时期的短打，只要辫子一剪就好了。比较麻烦的是读书人和士绅，有些人家里偷偷收藏汉服的，拿出来穿上便是了。而有些人家里没有汉服，还要拿着布匹找人赶制衣服。
一时间，各地裁缝店生意兴隆，士绅读书人不是拿着布匹来赶制衣服，就是把身上原来穿的长袍马褂拿去拆了改汉服。
各地官员和地方绿营纷纷改旗易帜的时候，一些原本在江南山区活动的山匪盗贼，也趁机打出了明军的旗号。山匪盗贼们剪掉辫子，扯起了大明的旗帜，也摇身一变，变成了大明的官兵。比较老实点的，就等着明军来接受自己。但也有一些山匪盗贼，在想着被招安之前还要捞一把，趁着乱抢劫百姓，祸害乡里。
江南局势一片大好，但又是一片大乱。大好是，整个长江以南，已经几乎找不到一座还挂着清廷旗帜的县城了；但是乱的是，那些所谓的大明官员，明军，大部分都是乌合之众，其中鱼龙混杂，都是一群投机分子，还有不少山贼土匪，江洋大盗，通缉犯。
整个乱局还不仅在江南，汉中一带也乱了。吴三桂的大军同闯营的大军都到了汉中，这两支军队的先头部队开始打了起来。
吴三桂的先锋将领是高得捷，此人是一员猛将，但是脾气暴躁。闯营先锋刘体纯率军进入汉中，同高得捷遭遇。两支军队虽然都是打出明军旗号，可是仇人相见分外眼红，吴军和闯军在汉中山区丘陵中展开了第一场激战。