奈克瑟斯世界，姬矢准和千树怜强强联手，接连挫败异生兽，幕后黑手石掘光彦坐不住了，把黑手伸向了孤门一辉的女朋友斋田莉子。
想要引导斋田莉子走向黑暗，让其变成黑暗傀儡浮士德，一方面对抗姬矢准和千树怜化身的奈克瑟斯，一方面想要使孤门一辉陷入两难的境地，不能完成最后的蜕变。
只不过这个计谋被孤门一辉提前识破了，绝境之下，孤门一辉拔出了进化信赖者变身成了奈克瑟斯蓝色，粉碎了石掘光彦的阴谋。
幕后的石掘光彦再次被震惊到了，暗地里无能狂怒道：“可恶，这到底是怎么回事，为什么会有这么多奈克瑟斯，我是捅了奈克瑟斯的窝了吗，啊啊啊啊啊”！
救下斋田莉子，孤门一辉对人渣罗特充满了感激，要不是有人渣罗特给予的进化信赖者，此刻他和斋田莉子恐怕已经身处两个阵营了。
孤门一辉也终于明白了进化信赖者的意义——守护，守护心爱之人，守护弱者，守护人类。
斋田莉子和孤门一辉拥抱在一起，差点堕入黑暗，与孤门一辉天人永隔，让绝处逢生的斋田莉子做出了重要的决定。
……
一夜细水潺流，孤门一辉从一个纯情小处男，蜕变成了一个真正的男人，看着熟睡的斋田莉子，孤门一辉握紧了进化信赖者，暗道“我将守护这一切”。
失败的石掘光彦把目光放到了西条风身上，因为他发现西条风好像很痛恨奈克瑟斯奥特曼，于是开始诱导西条风。
终于通过几次诱导，西条风被仇恨蒙蔽双眼，堕入到了黑暗当中，化身成了黑暗浮士德，同时催动伽鲁贝洛斯、莱芙丽雅、诺斯菲尔、格鲁格莱姆等四头异生兽肆虐城市，屠杀人类，意图将三个奈克瑟斯全部干掉。
姬矢准、千树怜看到四头异生兽肆虐人间，立刻掏出进化信赖者，化身奈克瑟斯，赶到现场，打开梅塔领域，和四头异生兽斗在了一起。
夜袭队驾驶战机进入梅塔领域中助阵两奥，异生兽虽多，但仍旧不是两奥的对手，被打得满地找牙，就在这时梅塔领域出现了一道空间裂缝，两个黑暗巨人从中走了出来。
一个是西条风所化的黑暗浮士德，另一个则是三泽广之所化的梅菲斯特二代，两人施展黑暗领域，此消彼长，黑暗阵营人多势众，局势瞬间攻守易形。
姬矢准和千树怜毫无惧色，并肩而立，看着对面四头异生兽和两个黑暗巨人。
战机中的勾吕木真也和孤门一辉见状，也不再掩饰了，掏出了进化信赖者，变身成了奈克瑟斯蓝色和奈克瑟斯橙色，降落到了姬矢准和千树怜身旁。
四奥相互点头，开始了心灵传音。
孤门一辉道：“队长，没想到你也是奈克瑟斯的适能者”。
勾吕木真也笑道：“一辉，曾经我也堕入黑暗，幸好得到前辈指点，弃暗投明，这才得到光明的认可”。
千树怜和姬矢准异口同声道：“你也认识前辈”。
孤门一辉闻言笑道：“看来我们大家都得到了前辈的指点”。
姬矢准道：“那就让我们一起并肩作战，消灭这些黑暗巨人和异生兽吧”。
“好，并肩作战”其余三人异口同声道。
四人汇聚能量，梅塔领域压过黑暗领域，笼罩住了光、暗两大阵营，四兽六巨人。
暗中的石掘光彦见状，冷笑道：“既然如此，我便赌上所有，我的命运、奈克瑟斯的命运、异生兽的命运、扎基的命运、人类的命运，都在这一战中了”。
话毕，石掘光彦，溜到了基地深处，将搜集到的人类的恐惧、负面情绪，以及异生兽的能量通通融入到了忘川之中。
然后身体悬浮到了忘川上方，开始与黑暗相融。
片刻后，身体炸裂，黑暗巨人扎基横空出世，整个地球被黑暗笼罩，火山喷发、地震海啸，一片末日景象。
黑暗扎基现身梅塔领域，打散了梅塔领域，同时召唤出了最强异生兽依祖麦鲁。
四对六变成了四对八，优势在黑暗阵营。
四奥浑然不惧，不过梅塔领域是不能施展了，但是对面同样施展不出黑暗领域。
黑暗扎基一声怒吼，五头异生兽，黑暗浮士德、黑暗梅菲斯特一拥而上，对着四奥发起了进攻。
四奥见状，各自挑选了对手，姬矢准对上了黑暗浮士德和伽鲁贝洛斯，千树怜对上了依祖麦鲁这个强劲的对手。
孤门一辉对上了莱芙丽雅和诺斯菲尔，勾吕木真也对上了黑暗梅菲斯特和格鲁格莱姆。
五头异生兽，六个巨人分成了四处战团，打了起来。
黑暗扎基在一旁抱臂环胸，观察着四处战团。
远处，逃离了城市的人类纷纷驻足观看，祈祷四奥能够战胜黑暗巨人和异生兽。
千树怜对上依祖麦鲁，若是以前的千树怜，拖着伤病之躯肯定不是依祖麦鲁这头缝合异生兽的敌手，但是现在嘛，千树怜几乎是压着依祖麦鲁打。
人渣罗特治愈千树怜疾病的同时，也为千树怜进行了洗经伐髓，如今的千树怜早已脱胎换骨，相应的奈克瑟斯蓝色实力也得到了大幅提升。
攻击力强大，速度灵敏，防御力也不错，这就是千树怜所化的奈克瑟斯蓝色的状态，面对这样的奈克瑟斯，依祖麦鲁根本不是对手。
一脚踹飞依祖麦鲁后，千树怜施展弓箭光线风暴，射向了依祖麦鲁，眼看着就要击中依祖麦鲁，黑暗扎基突然来到依祖麦鲁面前，一巴掌就拍散了弓箭风暴。
然后和千树怜打在了一起，黑暗扎基的实力比起千树怜所化的奈克瑟斯蓝色强了不少，很快千树怜就落入了下风。
孤门一辉的对手最弱，很快就解决了两头异生兽，然后就发现千树怜落入了下风，于是纵身一跃就到了黑暗扎基和千树怜的战团，开启了正义的二打一，而此时的依祖麦鲁正在挂机。
黑暗扎基虽强，一时间也无法战胜两奥，于是战况便胶灼了起来。