盗版玩家还在抓狂的试验着乔庄女兵梅丽尔的通讯频段，卡尔父子则已经开心的和梅丽尔取得了联系。
在得知斯内克的身份后，原本乔装打扮的梅丽尔顿时拿掉伪装，露出真容秒变小迷妹，表达着对斯内克这个超级英雄滔滔不绝的敬仰之情。
两人经过一番交谈，斯内克得知了合金装备REx的开发者哈尔博士还在北区的地下两层。
如果想要破坏合金装备REx，少不了哈尔博士的帮忙。
于是在挂断了和梅丽尔的通话后，斯内克决定先去寻找哈尔博士，确定他是否安全。
斯内克离开了刚刚和山猫交战的建筑，慢慢向地面挺进。
而在神秘通讯频道神秘人的提示下，打爆了野外火鸦驾驶的坦克后，斯内克终于来到了废弃核设施的北区。
不过一进门，老卡尔父子都一愣。
只见北区的走廊通道内，到处都是惨死士兵的尸体，显然这里刚刚经历了一场大战。
‘到底是谁？这么残忍的杀了这些士兵？’
正当卡尔父子满心疑惑之时，画面突然一转，只见一个士兵挣扎着、诡异的飘在了空中。
然后随着刀光一闪，鲜血四溅、一命呜呼。
而最终凶手也露出真容，正是那个刚刚砍断了左轮山猫一条手臂的神秘忍者。
‘难道这个家伙是来杀死哈尔的？’
老卡尔看完过场动画，立刻操作着斯内克向着北区地下二次探索而去。
当斯内克终于到达地下二层的实验室时，哈尔博士面对神秘忍者的出现，已经被吓得尿了裤子。
而看着斯内克的到来，神秘忍者却并没有立刻杀死哈尔，而是一脸期待的看向了斯内克：“我等你很久了，斯内克！”
“你是谁？”听着神秘忍者仿佛故人一样的问候，不仅斯内克，卡尔父子也是一脸疑惑。
作为《合金装备》系列的死忠粉丝，两人想破头，也想不出这个人到底是谁。
即使是2d时代画质不过关，但也从来没有一个如此强悍、穿戴外骨骼的神秘忍者。
“非敌非友，我从一个没有意义的世界回来了...”
“我除掉了所有障碍，只为与你决一死战！”
听着神秘忍者的话，卡尔父子更加迷惑了。
难道这个人曾经是斯内克的敌人吗？
斯内克也疑惑着询问着是否是为了‘复仇’。
但却是再次被神秘忍者否定：复仇什么的已经不重要了，与你一绝死战，才能让我的灵魂得到安宁...
你杀了我！或者我杀了你！
听着神秘忍者充满中二的台词，一旁尿了裤子的哈尔博士不由吐槽两人的场景好像霓虹国漫画的情节。
然后飞快的藏到了身后的衣柜中。
神秘忍者再次吐槽了一番哈尔可以留在里面观战后，两人的大战一触即发。
虽然还有些摸不清头脑，但面对诡异神秘忍者的挑战，老卡尔直接操作着斯内克拿着‘终生平等器’对着神秘忍者就‘突突突’起来。
管你是不是仇人，管你中不中二，先打过老子的枪再说。
一路上收集了许多弹药和资源的老卡尔面对只拿着一把武士刀的神秘忍者可是一点也不慌。
十步以外，枪块！
十步以内，枪又快有准！
老卡尔可不相信这个忍者凭借一把武士刀就能对抗现代热武器。
但自信满满的老卡尔很快就被打脸了。
只见神秘忍者轻轻耍了几个刀花，就轻松格挡了所有的子弹，并且还嘲笑着斯内克‘怎么变得这么依赖武器了’。
面对仅仅拿着一把武士刀的神秘忍者，手持各种热火力的斯内克完全落了下风。
一边被对手格挡所有攻击，一边不断被喷着垃圾话，希望能和斯内克堂堂正正来一场对决。
“老爹，这个敌人开来不能用枪来对付呀！”小卡尔在一旁看着老卡尔的各种尝试，不由他提醒道。
“哼，我当然知道了！”老卡尔冷哼了一声，然后收起了众生平等器。
而这时神秘忍者也收起了武士刀，和斯内克堂堂正正的开始了肉搏战。
看到这样有趣的设定，卡尔父子两人不由有些惊喜的瞪大眼。
不过即使收起武士刀，神秘忍者的徒手战斗力也不是轻易能对付了。
在尝试了两次后，老卡尔才控制着斯内克击败的神秘忍者。
又一阵身体失控、接近暴走后，神秘忍者痛苦的用头撞向地面，自残一番后就再次消失。
而老卡尔也把手柄又交给了儿子，自己则默默的点上了一支烟。
通过刚刚一边战斗一边对话，他已经猜到了这个神秘忍者的身份。
游戏中，随着斯内克接通了罗伊上校的通讯频道。
果不其然，这个被改造成生化忍者的战士，就是斯内克曾经的队友、曾经被斯内克亲自杀死的灰狐。
通过和罗伊上校、内奥米的对话，灰狐为何会死而复生的谜题也被揭开。
原来几年前漂亮国国防部曾经对一个士兵进行了基因治疗实验，救活了他的身体，然后对其安装了外骨骼，开始了长达4年的秘密实验，最终把它改造成了一个只知道执行命令的生化机器人...
听着内奥米的解答，斯内克和罗伊上校一阵沉默，老卡尔也深深吸了一口烟。
虽然知道这只是一个游戏，但曾经参军的经历，也让他对这种惨无人道的士兵改造计划充满了反感。
对于国防部的所作所为，他只感觉恶心至极！
本以为只是一个简单的潜入游戏，但没想到故事渐渐展开后，竟然会让自己这个不知道玩过多少游戏的老玩家也感受到了愤怒。
虽然通过刚刚的战斗，让老卡尔感觉自己的操作已经不如年轻时，但对于这个游戏，他也是越发的喜爱了。
继承bIG boSS意志的利奎德·斯内克，秘密开发可以搭载核武器的‘REx’，现在又多了一个生化改造士兵。
不得不说这个故事远比自己想象中的精彩。
不知道接下来小岛秀夫会带给自己什么惊喜，不知道还能否再次遇到灰狐，帮他恢复意识，找回自我。
重新拿回控制权的小卡尔，继续操作着斯内克进行起了游戏。
随着神秘忍者的离开，终于得救的哈尔博士，在得知斯内克是自己人后，也开始介绍起了自己主导的‘合金装备’项目。
相比之前游戏遇到的形形色色的角色，哈尔博士这个御宅族就要单纯多了。
他一直以为这个计划原本一个仿佛核弹头攻击的防御性武器，就像霓虹国的机甲动画那样。
直到研究出‘合金装备’，他也不知道自己开发的这个机甲可以搭载核武器，毁灭全世界。
此时听着斯内克说出‘合金装备’的真相，哈尔博士终于明白了。
一阵懊恼之后，也准备帮助斯内克，直接交给了斯内克一个高级版的通行卡。
看着这个就像是托孤一样的剧情，联想到之前全都死于心脏病的唐纳德局长和贝克总裁，斯内克和卡尔父子不由都紧张起来。
直到再三确认哈尔博士身体并没有出现什么不适后，斯内克和卡尔父子才终于松口气。
身穿着隐身光学迷彩的哈尔博士拖着受伤的腿、穿着尿湿的裤子，快步离开了。
而斯内克也准备去和梅丽尔会合，然后一起去破坏‘合金装备’。