当葡萄牙人经过达·伽马和卡布拉尔指挥的两次远航后，已经基本了解印度洋的季风规律。司令官知道需要赶在夏季结束前利用季风快速抵达马拉巴尔海岸，因此葡萄牙舰队没有在基尔瓦逗留过久。
在横渡印度洋抵达马拉巴尔海岸之前，达·伽马略过其他港口城邦，径直抵达马林迪补给。马林迪苏丹是唯一对葡萄牙人以笑脸相待的东非统治者，他热情地接待老朋友达·伽马的到来，而司令官的态度也相比先前缓和许多。
葡萄牙舰队随后向东北方向开进，先是于8月20日抵达马拉巴尔海岸附近的安贾迪普岛，依托此岛为基地攻击附近的几个港口，随后又于9月初沿着海岸南下至坎纳诺尔附近的一个泻湖，依托这里的有利地形继续进行海盗活动。
在出发时，曼努埃尔给这支舰队以书面形式下达两道命令，第一道是给达·伽马的——“东印度海军司令应该果决地使用最为强硬的手段从卡利卡特扎莫林手中讨到葡萄牙应得的一切。”
曼努埃尔对于扎莫林十分轻视，从他所提出的条件中就可以看出——要求扎莫林对葡萄牙在印度损失的人员和货物进行合理的赔偿；要求扎莫林依照葡萄牙宫廷的指示驱逐所有的mu斯林商人；扩展先前所议定的贸易协定等。
第二道命令则下达给索德雷兄弟，他们奉命“控制红海的出入口，确保麦加mu斯林的船只既不能进入红海，也不能出来，因为自古以来，我们和他们就是不共戴天之仇，他们最为仇视我们，对我们进入印度的阻挠最大。并且他们掌握香料贸易，所有自印度的香料经他们手流入欧洲。”
对于前往卡利卡特途中所进行的海盗活动，随船的意大利商业代理人知趣地装聋作哑，达·伽马也派人通知他们：“不要过问途中发生的任何事，这和你们无关。”
在泻湖旁的海岬上观察附近水域的了望员发现了正在沿岸航行的一艘大船，这件事被迅速上报，司令官下令调遣几艘船只埋伏，舰长和水手们兴奋地执行命令。
令达·伽马意外的是，这艘商船对于拦截他们的“海盗”颇为顺从，几乎没有做任何抵抗葡萄牙水手就控制住了这艘大帆船。
经过审问船长得知，这艘船叫米里号，拥有武装，刚从汉志返回，船上载着的都是朝觐者和他们的财产。其中不乏富裕的商人，包括马穆鲁克在卡利卡特的商业代理人法基，他拥有多艘商船。
对于这些腰缠万贯的富商而言，在印度洋遇到海盗最惯常方便的做法就是交买路钱，这已经形成了惯例，他自信可以用金钱再度买到安全。
他主动提出条件，包括出资为葡萄牙人修复船只、在卡利卡特为葡萄牙人提供香料并免费为他装满最大的四艘船，同时向葡萄牙方交出人质以确保承诺能被履行。
出乎意料的是，司令官对这些条件不为所动，而是命令船上的商人自行交出所有的财产，商人们在受刑之前就交出大批财物。
但司令官坚持认为他们藏匿财物，但令其他葡萄牙人无法理解的事，他似乎秉持着奇怪的原则，他既不肯接受对方主动提出的条件，又直截了当不下令彻底洗劫这艘船只，真是不可理喻：“好好想想那船上的珠宝和货物！”
司令官无视部下的异议，继续自行其是地推行这他自己的计划。
一队葡萄牙水手在他的命令下先是拆除了米里号的船舵和风帆索具，随后又开始安放火药并点燃，如果事情就这样发展下去，船上的数百名mu斯林将会被活活烧死。
米里号的乘客们意识到了事情的严重性，他们扑灭了船上的火焰，并找出一切可以用于自卫的武器。葡萄牙人见这艘商船没有被点燃，于是载着水手的小艇重新靠近米里号。
试图反击的mu斯林随即利用居高临下的优势向小艇射出或投掷一切能够造成伤害的东西。葡萄牙人使用火绳枪和回旋炮回击，但这些火器仅杀伤了寥寥几人，根本无法破坏船体。
“我敢保证，那些mu斯林所展示的财富足以赎回所有被囚禁在马格里布的基督徒，剩下的财物哪怕对于国王陛下来说也是一大笔钱。”一位将全过程记录下的书记官带着明显的疑惑写下这段文字，其他葡萄牙人同样无法理解司令官的动机。
司令官只是透过舰长室的观测孔观察着远处的米里号，没有回应来自部下和对方的任何消息。
丧失动力的米里号就在司令官的放任下在酷热难当的印度洋海面上飘了近一周，直到第六天司令官才下令要“用积极的行动消灭这些mu斯林。”
书记官记录下了米里号彻底覆灭的日期，并称：“我将永远铭记这个日子。”
卡拉克帆船靠近米里号，用火炮轰漏其侧舷，但经过几天的折磨，乘客们士气十分高涨，突然抛出的抓钩和绳索在两艘船之间搭建了通道。
葡萄牙人显然是没想到对方竟然还能主动出击，被打得猝不及防，一下子遭受到暴击，被登上卡拉克帆船的mu斯林打得节节败退。
只是达·伽马派来监视这艘商船的可是足足六艘战舰，另一艘卡拉克迅速加入战局，从另一侧靠近米里号，迫使已经登船的mu斯林被迫回防。
目睹并亲身参与战斗的书记官则在笔端盛赞这些mu斯林的斗志和勇气，认为他们值得尊敬。
尽管随后因为mu斯林的拼死抵抗和风浪，葡萄牙人无法再登船点燃商船，最终还是在有一个乘客主动游到葡萄牙的小艇，告知愿意用绳索将米里号和一艘葡萄牙船只进行固定，并且值钱的财物都已经被扔入大海，基本俘虏这艘船也搜不出什么战利品了。
最终达·伽马还是如愿以偿地烧毁了这艘船，大多数乘客都被活活烧死，葡萄牙人将一些跳入大海的捞了上来，最终仅有领航员和一些儿童幸存，他们都被强制皈依基督教。
这样极端的暴行让诸多葡萄牙人都感到费解，但对达·伽马来说，这仅是一切敌对行为和暴力的序幕，他已经热血沸腾。