但是大明的官吏们，可以说没有一个屁股干净的。只要锦衣卫们稍微查一下，每个官吏都有各种各样的问题，而且都不是小问题，罪名随便一抓都是一大把。
锦衣卫先从那些衙役、捕快之类的小吏们身上抓起。
官老爷们做事，多多少少还有些底线。可是这些贱籍的小吏们，本来社会地位就十分低下，偏偏手中还有些权力，所以他们要是不利用手中这点权力给自己做事，那就是傻了。这些子孙三代不能参加科举考试，社会地位低下的小吏们心里想的是，既然子孙无法参加科举考试，那就多赚些钱里给他们，也当成给后代们的补偿吧。
正因为这样子想，所以这些小吏们干坏事捞钱，可以说是毫无底线可言，鱼肉百姓，祸害乡里，什么坏事都干尽了。
锦衣卫们随便一审，那些小吏们就老老实实招供出了他们所干过的一系列坏事。这些家伙干过了那么多伤天害理的事情，直接管理他们的通判、司狱、经历、知事之类的官员，不可能是瞎子聋子，对他们手下这些小吏们干的事情自然是心知肚明。
既然如此，上司为何对手下的人干的坏事却睁一只眼闭一只眼呢？那是因为下面的人给上面的进贡到位了，只要银子倒完了，还有什么话不好说的？
锦衣卫们顺藤摸瓜，由这些小吏们的供词，揪出了他们后面的那些基层官员。
事实上，某些泼皮混混后面的伞，来头可大了，有些伞甚至还牵涉到了朝着内阁官员。不过这个时候，那些朝中的背后大佬们只求自保了，怎么可能为了几个小混混搭上自己的乌纱帽？于是那些小混混们、小吏们和小官们，就理所当然的成为了弃子。
弃卒保车，幕后大佬们通过威胁利诱的办法，譬如说托人带话给那些弃子，告诉他们，让他们安心认罪下来，自然会有人保证他们的家人衣食无忧。其实这句话还有另外一个含义：如果你们听话，乖乖地抗下来，那么就算是你们掉了脑袋，你们的家人也是安全的，否则，劳资乌纱帽掉了的话，你们一家子都别想活命了。
于是那些小喽啰们就老老实实地认罪伏法，心甘情愿当了弃子，保住了幕后的大佬们。
事实上，赵鹏对这些事都心知肚明，只是他自己不愿意把事情扩大化，所以有意的睁一只眼闭一只眼，否则，以锦衣卫的调查能力，那些人一个都跑不掉。
毕竟赵鹏不是皇帝，他不可能采取雷霆铁腕手段把朝廷中大部分的官员一网打尽，那样大明政斧就要陷入瘫痪了，在接受过新式教育的学生们成长起来之前，赵鹏暂时不会对这些官员大开杀戒，姑且先饶他们一条狗命，等以后再算账。
经过审判，应天府同知被判处杖一百，流放琼州；通判和司狱被判处斩立决，巡检被判处秋后问斩，府衙中被捕的各小吏捕快捕头们，都分别判处流放到死罪不等。
由于应天府经过这场大规模的扫黑除恶之后，府衙人手明显不足了，于是赵鹏调遣了一批锦衣卫军余来应天府衙门，暂时充当起府衙内的临时工作人员。
这些锦衣卫军余虽然暂时接替衙役、捕快和捕头们的工作，可是毕竟他们是锦衣卫，可不是原本的那些贱籍，他们在府衙内暂时工作，就连宋知府都得给他们面子。
按照赵鹏将来的计划，等到第一批中等学堂的学生们毕业出来后，他将会推行官吏制度改革，以后取消了小吏，只要在衙门工作的人们，分为官员和工人两种，捕头、捕快、狱卒、主簿、师爷、衙役之类的全部属于官，但是都属于没有品级的不入流官员，车夫、轿夫、白役之类的，属于衙门内的工人编制，就类似于后世政府机关和事业单位的工人一样。
不过那都是后面的事情了，现在赵鹏要去刚刚完工的大明科学院查看。
赵鹏在一群锦衣卫的簇拥下，走到一座大门口挂着“大明科学院”牌匾的大院子门口，门口站岗的锦衣卫严格查看了证件，才把赵鹏等人放了进去。
走进科学院大院内，只见里面十步一岗，五步一哨，都是手持刀牌，背上背着劲弩的精锐士兵在里面把守，戒备十分森严，严实得就连外面的一只苍蝇都休想飞进来。
穿过了一条两边都是茂密树林，路面铺着一种新式建筑材料（水泥）浦成路面的林荫道，林荫道的两边都是负责看守科学院的士兵居住的兵营，穿过了林荫道，就到了里面第二道大门跟前。
门口的锦衣卫仔细检查了各人的证件，就连赵鹏也不例外，也得交出自己的腰牌，让门口的锦衣卫检查。
走进了第二道大门内，里面是一番别有洞天的园林，第二道大门内，看不到穿着军服，披挂盔甲的士兵了，都是穿着长袍，头戴丝巾的读书人在里面走动，还有不少儒生打扮的年轻人，看起来就是孔武有力的样子。那些年轻人，事实上都是穿着便衣的锦衣卫，负责保护科学院内层的防御。
科学院内的第二道大院内，一栋栋小别墅模样的小楼房和五层住宅楼坐落在园林内，这里是科学院的生活区。
别墅模样的二层、三层的小楼房，是提供给譬如说宋应星、戴仓之类的科学家居住的，宋应星还是科学院院长，正二品官职。
而那些五层楼房则是科学院内研究人员的住宅楼，每一座五层楼房都有两个单元，每个单元的一层楼内，都有左右两套套房式的住宅，住房的式样有两房一厅和三房一厅两种式样，住宅楼的东西两边是三房一厅，中间的是两房一厅。
以三房一厅为例，走进了房间大门内，里面是一间宽敞明亮的客厅，客厅有玻璃窗，客厅的北面是厨房和卫生间，南面是一条走廊，走进去里面有三间房间，其中主卧内还有卫生间。
这些以水泥修建成的楼房，建造速度快，房屋结构牢固，居住在里面舒适。
住宅区内，还有学校、医务室、食堂、图书馆和棋牌室等设施，可以保证科研人员的子女们不用离开科学院，在这里读完中等学校。
穿过了住宅区，通过一座桥梁走过一条河流，里面又是一堵围墙，大门口有锦衣卫站岗。走进了这座大门内，才是真正进入了科学院的核心区域。
走进大门内，里面有三栋大楼，一栋为化学楼，一栋为物理楼，一栋为机械楼。看名字就能看得出来，化学楼是进行化学实验的大楼，物理楼是进行物理实验的大楼，机械楼则是进行各种机械研究试验的大楼。