一、升职
嘉庆七年（1802年），孙玉庭被提拔为广西巡抚，不久后调任广东。当时正值安南（今越南）内乱，国王阮光缵被叛军逼迫，请求进入中国避难。孙玉庭前往广西调查处理此事。不久，叛军首领阮福映击败了阮光缵，并派遣使者向清朝表示臣服，孙玉庭建议接受阮福映的归顺，并提议将安南改名为“越南”，认为这样既符合历史地理，又避免了与中国南方地区名称的混淆，得到了皇帝的认可。
在处理广东海域的海盗问题时，孙玉庭主张加强防范而非一味剿灭，建议增加兵力严密守卫港口，并禁止淡水和粮食出口以限制海盗活动。然而，当时的广东总督那彦成更倾向于招抚政策，这与孙玉庭的观点相左。孙玉庭上书指出，招抚政策实际上是在纵容海盗行为，最终导致那彦成因此事而获罪。
嘉庆十三年（1808年），英国军舰出现在澳门海域，总督吴熊光仅停止了与英方的贸易往来，而没有采取军事行动。对此，皇帝不满其表现，将吴熊光撤职，并调动孙玉庭到贵州任职。随后，新任总督百龄对吴熊光的行为进行了追责，并弹劾孙玉庭未能如实报告情况，结果孙玉庭也被免职，但后来被任命为编修，继续在文颖馆任职。
嘉庆十五年（1810年），孙玉庭被任命为云南巡抚，并代理云贵总督职务，之后又调往浙江任职。到了嘉庆二十年（1815年），英国派遣使节前来，但由于使节不愿按照清朝礼制行跪拜礼，引起了争议。孙玉庭在觐见时提出了自己的看法，认为应当根据外国使节的态度区别对待，对于那些提出不合理要求者应当用大清的法律制度来约束，而对于那些真心归附者则不必苛求他们遵守中国的礼仪制度。
二、治鸦片
这段历史记载了孙玉庭在嘉庆二十一年（1816年）被提升为湖广总督，并不久后调任两江总督期间的事迹。孙玉庭在地方官任上积累了丰富的经验，他的治理风格以安静为主，注重实际效果。在两江地区，他面对漕运、盐务、河务这些重要的政务，由于长期以来的积弊，导致了政务的疲惫不堪。
为了改善这种情况，孙玉庭采取了一系列措施，包括整顿江西、湖北地区的走私问题，通过筹措资金来增加收入，补贴屯田的士兵，减少漕运的委托管理环节，以达到节省开支的目的。通过这些改革措施，使得当地的政务逐渐稳定下来。嘉庆帝去世后，新即位的宣宗特别授予孙玉庭太子少保的头衔，以表彰他的贡献。
当时，由于户部尚书英和提出了清理全国各地不合理费用（俗称“陋规”）的意见，并希望设立明确的限制标准，以此来规范地方官员的行为。这一提案需要各地的地方长官进行讨论并提出长期有效的解决方案。面对这样的改革动议，孙玉庭提出了不同的意见。
他认为，从古至今，关键在于用人而不是单纯依赖法令。如果地方上的督抚以及各司都能选贤任能，那么即使是一些小的不廉洁行为也不会给百姓带来太大的负担。反之，如果选人不当，即使制定了严格的限制，也会形同虚设，甚至会导致更多的弊端。孙玉庭进一步指出，各地的不合理费用本来就是违反规定的，如果允许这些费用存在，反而可能会让官员们更加无所顾忌。等到问题暴露出来进行惩处时，百姓早已遭受了损失。
他还提到，府州县的官员薪俸不高，通常需要依靠这些不合理费用来维持公务运作。然而，从未有过允许官员额外收取费用的明文规定，因为自古以来就没有这样的薪酬制度。基于以上理由，孙玉庭请求停止清理不合理费用的工作，并认为这样做是对全国百姓的大好事。
三、禁私盐
这段历史讲述了孙玉庭在清道光元年（1821年）被任命为协办大学士的同时，仍然保留着总督的职位。这一年，孙玉庭进京觐见皇帝，参加了玉澜堂宴请的十五位老臣宴会。在宴会上，道光帝询问了关于淮盐如何能够更好地流通销售的问题。孙玉庭回答说，汉口是淮南地区售卖食盐的主要集散地，以往船只到达即可随时进行交易，因此销售顺畅。但从乾隆中期开始实施了封轮法，即船只必须按照顺序依次售卖，这给了私盐贩子趁机侵扰的机会。
孙玉庭详细列举了六项封轮法带来的弊端，并建议恢复旧有的交易规则，这一建议得到了皇帝的认可。此外，孙玉庭还提到，漕粮征收过程中存在的浮收现象难以根除，他认为不如公开规定只征收八成，这样可以减少中间环节的腐败现象。然而，这一提议遭到了御史王家相的反对，他认为这类似于增加赋税。同时，侍郎姚文田和汤金钊也提出了反对意见，因此这项改革暂时搁置。
尽管如此，州县官员仍然面临着由于附加费用而产生的压力，浮收现象依然难以杜绝，官吏从中渔利，尤其是针对弱势群体。由于孙玉庭的建议未被采纳，地方官员也不敢再提起这个问题。直到同治初年（1862年），才最终确定了漕粮损耗的标准，这与孙玉庭早年的建议基本一致。
到了道光四年（1824年），孙玉庭被任命为体仁阁大学士，职位仍然保持不变。此时恰逢高家堰决堤，河督张文浩因此被流放，相关部门建议革除孙玉庭的职务。但是，考虑到孙玉庭之前的功劳，皇帝宽恕了他的过失，让他继续留任。然而，不久后由于借用黄河水运粮食的效果不佳，孙玉庭被解除了职务，并被给予编修一职退休。
此外，户部还指责孙玉庭没有实行海运，导致了河道运输受阻，并要求他承担滞留漕运及剥运费的七成责任，命令他留下来疏通运河。工程完成后，孙玉庭回到了家乡。