现在在大明，对于俺答的入寇似乎已经是属于一个非常习惯的状态了。对于怎么应对俺答，也无非就是修建边墙，增加士卒守卫，似乎也就只有这两个办法了。
朱载坖认为，修建边墙当然是现在需要的，毕竟官军骑兵还是远远不如俺答的，不修筑边墙，确实无法阻挡俺答，而且修筑边墙也是节约官军兵力的一个重要手段，依靠边墙，大明可以尽可能节约在一线的兵力。
但是朱载坖认为大明现在修筑边墙的方式不对，大明现在修筑边墙，往往是哪里被俺答破口了之后，就在哪里重点修整边墙，这种修整当然是有用的，但是未免过于滞后了，如庚戌之变俺答从喜峰口破口，蓟镇就一直在加强蓟镇西协四路的边墙，尤其是喜峰口为主的边墙。
而潘家口的边墙早就破败，但是朝廷并没有加以修葺，直到这次俺答破口之后，朝廷才拨出巨款，重点加强潘家口的边墙。这些修筑边墙的方式，完全是头疼医头脚疼医脚的办法。
而且提议修整边墙的，往往是巡按御史，这些人本就不通军务，所上疏要求修葺边墙的地方往往并非兵家要地，所以朱载坖认为，应该以督抚总兵，勘察所辖全境的边墙之后，统筹规划，制定修筑边墙的统一计划，而御史则是负责督修工程和验收，现在的这个制度，其实是反过来了，御史上疏请求修葺，而修建边墙的反而是督抚总兵。
这是朱载坖提出的一个问题。
而朱载坖还认为，大明现在九边兵制也有问题，大明一向奉行所谓大小相制，内外相维的办法，以蓟镇为例，蓟镇设有总兵一员驻镇城三屯营；协守副总兵三员 （分驻建昌营、三屯营、石匣营）；蓟镇全线分为十二路，分守参将分驻路城； 其中山海路、石门路、台头路和燕河路归东路协守管辖，太平路、喜峰口路、松 棚路和马兰路归中路协守管辖，墙子路、曹家路、古北口路和石塘路归西路协守管辖；各路下设游击将军、坐营官、提调或守备管辖本关或数关堡。
看起来形成了一个非常严密的指挥体系，但是其实不然，朝廷仅赋予总兵节制，而非统属部将之权力。相对于统属关系，节制关系较为松散。协守副将和总兵虽然是上下级关系，但是总兵指挥副将和参将，往往都是依靠个人魅力来指挥这些副将、参将。
即便是现在，武将系统中不鸟总兵的也大有人在，仅仅举个例子，神枢营副将署都督佥事孙国臣为署都指挥佥事，充分守延绥东路右参将。时新定营，制改总督为总兵，诸将以其权轻，多不受约束者。国臣尤骄倨，初入营，直驰总兵中路，与抗礼。
孙国臣一个分守参将，就不把总兵当回事。原因也很简单，总兵虽与部将明显有地位高低之分，但并无权力截然高下之别。比如，副总兵虽处总兵之下，但协守副总兵却并不受总兵节制，而是独立镇守地位较总兵驻地稍逊之地区。不仅如此，即使受到总兵节制之分守副总兵以下武将，亦在军事决策上，具有与总兵共同谋议之权。所以一些性格比较倨傲的武官不服总兵节制也是正常的事情。
而且即便是总兵能够摆平自己麾下的副将、参将们，还要面对各级文官的监督，这种情况，连杨博也曾经说过：今一总兵而不与之赏罚之权，监之以巡抚、巡按、守巡、郎中，一有胜负，则府通判、经历皆得监制之。
这样话，总兵根本无法有效行使指挥权，怎么能够领兵御敌。所以朱载坖认为，要想对抗俺答，首先就要从这两点做起，重将权是现在的当务之急。
边关的督抚大员们还好，尤其是这些御史们，他们往往不通军务，胡乱指挥，一旦战败，又将责任完全推给武将们，这样一来，九边官军能够打胜仗才是怪事了。
所以朱载坖具本嘉靖，认为应该改革目前的九边指挥体系，在现有的情况之下，总督节制巡抚和三司，在军政上有决策、指挥的权力，还有一定的监督、司法权。巡抚亦属文官，地位虽低于总督，同样是执行和监察地方军政大事的特遣官吏。在监察方面，还有都察院系统的巡按御史和六科给事中。
对于地方的控制已经是极其严密了，而总兵又不得专其职守，重其将权，如何能够临敌制胜？所以朱载坖还是认为应当重将权。
朱载坖在奏疏中指出：以将用兵，而以文臣招练。以将临阵，而以文官指发。以武略备边，而日增文官于幕。以边任经一抚，而日问战于朝，此极弊也！自古命将出师，最忌中制，若往复奏请，必致坐失机宜。将权不重，至于副参游守贤否去留，主将无权举劾之柄，成功失事，主将无诛赏之权，权轻令沮，何以临敌致胜？至于一镇之中，又分尔我， 副总、参游防秋之际，各承调遣分守地方。但幸本境无事，不肯互相应援，按兵观望，直视其死。是以气势愈分，兵力愈弱，覆败相仍，良由此耳！
同时朱载坖也在奏疏中陈述自己对于九边边墙的看法，由于朱载坖这次并非是密疏，而是直接通过通政司向嘉靖陈奏此事的，很快就经由六科传播开来了，科道当即不干了，他们认为武将都是不可信任的，只有他们这些科道言官才是朝廷的骨鲠之臣，才是大明忠良，朱载坖作为储君，不信任他们，反而去信任这些武将们，思想大大的有问题。
言官于是疯狂上疏，不仅是朱载坖被弹劾了，连讲官们也被弹劾了，言官认为讲官没有尽到教导朱载坖的责任，应当换人，同时内阁作为有责任教育朱载坖的，一样也难辞其咎，连徐阶都被言官们给弹劾了，搞得徐阁老狼狈不堪。