海瑞命人出示各种证据，这几日海瑞、赵志皋、王鼎爵和陆绎、刘守孚已经将少林寺的僧人们审了一遍，获取了一些证据。
首先就是之前少林寺的僧人离奇死亡的事情，在海瑞等人的严审之下，这些僧人的死亡原因也陆续浮出水面，就是正道、悟通等人杀人灭口，为了毁灭证据，将之前和了尘有交往的僧人杀掉，以逃避官府的查问。
面对这些证词，正道等人无话可说，只有沉默以对。
同时海瑞还派人在整个河南范围内要求各州府官员晓谕百姓，凡是之前受过少林寺迫害的百姓，都可以到衙门上告，州县、按察司衙门敢推诿塞责的，可以直接到海瑞处上告，海瑞对于这些失职官员严惩不贷。
海瑞要充分收集少林寺的各项罪证，同时不仅是少林寺，有关僧道恶行，都可以直接向各级官府衙门上告，各级官府不准推诿塞责，务必从公处断。
很快有关了尘和少林寺恶僧勾结的事情就算水落石出了，海瑞还在继续审断有关百姓上告少林寺的各种案件，海瑞对于百姓的上告，基本上都能予以查实，只要能够有所证明的，海瑞就将相关人犯予以严惩，同时动用少林寺银库中的银钱，予以赔偿。
对于海瑞的这个举动，陆绎也劝告过几次，按照大明律律，少林寺的这些银子，都是赃银，按道理结案之后都是要解运道内承运库罚赃库中的，也就是说，这些财物理论上来说已经是朱载坖的私房钱了，海瑞这是在动用朱载坖的银子给百姓。
对于陆绎的劝告，海瑞不以为然，海瑞说道：“圣上江海之量，岂不能容这些事情。何况这些赃银本就是百姓的民脂民膏，这也是取之于民，用之于民罢了，此事由本宪一力承担，与诸位无关。”
在将少林寺的相关案情审断完毕之后，海瑞向朱载坖具奏汇报此案的详细情况，还有各案犯的口供等，都一并呈上了来，送朱载坖御批。
海瑞也在奏疏中坦陈，动用少林寺银库的财物赔偿给百姓们，海瑞认为这些百姓之前遭受少林寺迫害，而州县官府毫无作为，虽然现在朝廷处置了少林寺，但是这件事情本就是朝廷有错在先，若是州县官府能够依法履职，将少林寺的这些恶僧提前法办，哪里至于到这般田地。
而且这些银子占整个少林寺的赃银数量并不大，用些许银钱，而收河南百姓之心，这笔账，怎么算都是合算的。
对于海瑞挪用少林寺赃银的事情，朱载坖并没有加以追究，在朱载坖看来，这并不能算什么错误，百姓受到了侵害，官府就该出头，替百姓主持公道，从少林寺的赃银中拿出部分补偿百姓，也是题中应有之义，现在的问题是应当怎么处理此案。
朱载坖将海瑞送来的卷宗下刑部，责成三法司会审此案。
同时召见了内阁辅臣，商量善后事宜，朱载坖认为，天下的寺院，有少林寺这样的情况的并非少数，他们可能只是没有少林寺的这样夸张罢了。
朱载坖要求吏部和刑部行文地方，要各府州县严查辖区的寺院庵观，有不法事者，立即查办，若有迁延推诿者，责成巡按御史严参，其次就是对于寺院兼并土地问题，之前朱载坖对于寺院的土地是采取清丈的行为，但是经过此事，朱载坖认为这些所谓的寺院庵观，最好是不要拥有土地的好。
朱载坖对阁臣们说道：“诸位，这些寺院庵观，既不从事工农之业，也不教化百姓，彼辈坐拥田土，以地租为食，与蠡虫何异？”
对于朱载坖的这个看法，阁臣们也是认可的，但是骤然没收这些寺院庵观的土地，会让人诟病的，人们会认为朱载坖是为了敛财才这么办的。
朱载坖不以为意的说道：“背地里骂朕的人多了去了，朕要是担心这个，还当什么皇帝。”
朱载坖要求除了御赐土地之外，各寺院庵观的土地一律没官，按照度牒上的人数，人给五十亩耕种，多余的土地一律入官，按律起科，这些其实对于大部分的小寺院来说是有好处的，一些只有几人、十几人的寺院，反而可以获得更多的土地，朱载坖真正打击的就是那些大肆兼并土地的大寺院。
同时对于朱载坖来说，眼下最关心的就是禁绝所谓武僧这样的东西，朱载坖对诸位阁臣说道：“儒以文乱法，侠以武犯禁，此常理也。彼辈武僧，倚仗武力，对抗王法，岂有此理，天下寺院，自即日起不得豢养武僧，违者以谋反论处。”
对于这点，内阁辅臣们还是同意了，寺院拥有武力，这本就是很离谱的事情，天下的武力都要朝廷的手中，断无什么僧兵、武僧之说，若是向武当山这样习武强身健体，自无不可，但是组织僧兵，豢养武僧，充当打手这种行为决不能允许。
按照朱载坖的要求，内阁和翰林院起草了诏书，朱载坖看过之后用印发出，昭告天下。
而三法司也将会审的结果上奏朱载坖了，了尘等一干罪大恶极的恶僧，予以凌迟，悟通、正道等其余僧人，依照罪行的不同，从腰斩到绞立决不等，而涉案的河南通省官吏，却被三法司有意无意的避开了，三法司认为这些官吏们事涉贪墨、枉法等罪，要另案处理。
朱载坖当即将三法司的奏疏给打了回去，并且御批道：“三法司欺朕无知乎？所断朦胧不明，涉案官吏，各照条法，从严处断。尔等若不能断，朕自为之！”
同时朱载坖派人暗示刑部尚书赵文华，要是不行的话就赶紧把位置让出来，想当刑部尚书的人多了去了。
在朱载坖的软硬兼施下，三法司终于再次拟定判决，原河南巡抚、河南布政使、按察使、按察副使、按察佥事、开封知府、登封知县以及收受少林寺贿赂的各衙门吏员等，依贪墨、枉法等罪名，从斩立决到流三千里不等的刑罚。
朱载坖这才御批同意，令海瑞等人将一干人犯立即正法。