经过张守直、刘体乾和海瑞等人督率户部、都察院、少府监，详细清点，逐一辨认之后，假银和成色不足的白银共有十七万两之多，无疑为这次太仓被盗案增加损失，不少人认为这是此案的案中案，但是朱载坖并不这么认为。
朱载坖召集了内阁辅臣、户部尚书刘体乾、少府卿张守直、刑部尚书洪朝选、户部左侍郎提督钞关鄢懋卿、户部左侍郎总理盐政王国光、左都御史海瑞、大理寺卿赵锦、锦衣亲军都指挥使陆绎和太子朱翊釴，商量此案。
现在的问题是户部假银案和太仓盗银是什么关系，刘体乾等人认为是案中案，陆绎、洪朝选等人认为是案外案，朱载坖一样也认为这是案中案，就现在的证据来看，假银案中当然有部分是由老库的库丁干的，因为用假银掉包了老库木鞘中的存银，这种手法确实是很像盗银案的手法，确实很有可能的就是同一伙人所为。
但是外库的银两呢？按理说他们已经在老库盗银了，再去朝廷监管严密的外库盗银或者调换银两，风险未免过大了一点，朱载坖认为这不像是同一伙干的。
刑部尚书洪朝选和缇帅陆绎也认为应该同时存在两个侵吞官银的团伙，从目前太仓发现的假银来看，主要存在两个特点，第一就是零散，假银的分布非常之零散，外库、老库，各年份、各省解来的银两混杂在一起。
这就足以说明一个问题，就是这些银两不是在进入太仓之前被掉包的，因为在验收外省解京银两的过程中，除了成色验收，还有一项重要的程序是对银鞘进行“劈兑”。劈兑之前，由户部知照工部，约定某一时间由工部派匠役劈开木鞘，以检验银两。
户部对于各地和海关、盐税等衙门解来的银两是逐个检验的，如果说假银是在进入太仓之前就存在的话，这些假银应该是固定的在某些年份和某些省份出现的，而且要是这个造假的人有把握能够搞定户部负责验收的官吏的话，绝不会这么东一锭西一锭去造假的。
所以洪朝选和陆绎都认为，问题肯定还是出在户部内部，盗老库银的这伙人肯定也干了调换假银的事情，但是肯定也另有一伙人在外库调换假银。
洪朝选就指出，从嘉靖八年之后，各地解纳太仓库的白银都要倾销成锭并在其上刻记年月及官吏银匠姓名，而太仓中的假银却没有这些，而且形制不一，显然是从外间带入太仓用以调换官银的。
朱载坖要求将两案一起查，此案涉及的人员肯定是非常之多的，时间也会非常之久，朱载坖直接要求陆绎将审不过来的部分人犯送东厂好生打着问，朱载坖直接要求厂卫用刑拷问，对于这些人，朱载坖才不管什么人权，只要不弄死就行，用刑无所谓了，朱载坖现在是搞清楚事情的原委。
同时户部尚书刘体乾向朱载坖请辞，虽然此事和刘体乾其实没有多大的关系，但是言官们弹章纷纷，要求刘体乾为此负责，刘体乾也深知，此事肯定是要有部堂大员来为此承担责任的，朱载坖也没有挽留刘体乾，批准了刘体乾的致仕，同时任命原户部左侍郎鄢懋卿为户部尚书，原户部左侍郎王国光加户部尚书衔总督盐政、钞关事务 。
而在太子朱翊釴的督率下，陆绎和锦衣亲军和冯保的东厂开始抓捕涉案的官吏，不仅是太仓的官吏，还有户部的其他官吏也被逮捕，同时新任户部尚书鄢懋卿请求不仅对太仓银库予以核查，同时对京通仓等户部管辖的其他仓库予以全面核查，查看是否有贪墨的行为。
除此之外，朱载坖也命令科道言官会同司礼监检查内承运库，太仓不干净，朱载坖可不会认为自己的内承运库就是什么白莲花，太仓有的弊端，恐怕内承运库都存在，朱载坖正好借此机会，对内承运库也一道予以清理。
朱载坖让李芳和陈矩两人负责会同户科给事中们，对内承运库予以清查，都察院的御史们会同厂卫对于京通仓、户部下属的甲、乙、丙、丁、戊字库等进行全面的清查。
事实证明，朱载坖的预计是正确的，不管是内承运库还是京通仓、户部所属的其他仓库，都不同程度的存在各种各样的问题，京通仓粮食短少，储存物资的仓库物资被调换，以次充好，太监盗取内承运库银钱等，都存在这些事情。
但是令朱载坖没有想到的，相对情况更好一些的，竟然是朱载坖的内承运库，内承运库短少的银两不足十万两，和内承运库高达千万两储蓄相比，还算能够接受。
不过朱载坖也没有放过这些人，凡是清查出来的涉及盗取内承运库银两的太监，全部移送厂卫严审，同时朱载坖任命陈矩提督内承运库，详细登记账目，一式三份，一本存库，一本存司礼监，一本由朱载坖亲自掌握，防止出现情弊。
而问题严重的是在户部储存物资的各个仓库中，按照规定，甲字库掌收铜钱、布匹、颜料，乙字库掌收衣服、衾帐、纸札等物；丙字库掌收丝绵、纱线；丁字库掌收铜、铁、锡、香、茶、蜡诸物；戊字库掌收毡衫、胡椒并支收军器；这些仓库主要是用于储存朝廷的各种物资的。
由于物资的数目巨大，不像银两那样容易清点，再加上朝廷对于太仓银库盯得紧，对于这些仓库的管理就没有那么严密了，这就给了这些管库的官吏以机会，他们伙同奸商，盗卖物资，以次充好，尤其是朝廷的大宗如布匹、棉花、丝绸等物，是出现大量贪腐的地方。
他们动辄以受潮、被虫鼠损坏为由，将数以千计的布匹、丝绸折价卖给奸商，从中获取巨额利润。桩桩件件，触目惊心。朱载坖揽奏无话可说，诏狱大门打开，北镇抚司茶楼有请。