朱载坖就是要通过一系列的大案，对于卫所、商帮等影响大明稳定的团体予以打散，降低甚至消除他们可能对朝廷造成的风险。
除了打击这些走私的不法商人之外，对于朱载坖来说，还有就是增设和蒙古开市的关口，设置相关的管理机构，尽可能的减少走私的路劲，同时将原本由卫所管理的部分地方设立州县，由州县管理，减少实土卫所的数量，除了沿边一县和军事重镇之外，尽可能的设立州县管理，而不是由卫所代管。
将卫所的主要职责变成管理军户、向官军输送合格兵员、沿边州堡的防御等等，朱载坖同时还下达命令，卫所负责守卫各沿边堡垒，同时按照边堡的大小和重要情况，编设相应的兵员，同时将现有沿边堡垒的兵员也划归当地的卫所管理，卫所主要承担守土的职能。
而朝廷的边镇主要承担支援和征讨的任务，这样一来权责明晰，守土不利则追究都司卫所的责任，支援、征讨不利则是各镇游击、参将和总兵们的责任，将都司卫所和营兵予以区分开，同时卫所中负责守卫边堡的士卒一样也纳入脱产士卒的管理方式，同时这些士卒优先从本卫补充。
大明军法严苛，朱载坖虽然将这些边堡划给卫所管理，但是也再次重申大明的军法，失土者斩，朱载坖打算以山西三镇作为一个试点，厘清大明的军制，大明的军制原本确实是非常之混乱，卫所兵、镇戍兵、营兵、募兵，各种不同的兵制混杂在一起，既难以指挥调度，又弊病丛生。
朱载坖决心改变大明的兵制，统一编制，明晰权责，朱载坖召集练兵军务处的所有参赞军务大臣们商量应该怎么处理这些事情，现在大明的情况是很现实，卫所是显然不能够满足大明的需要的，但是募兵制所带来的财政压力也是大明所无法接受的，所以朱载坖必须在卫所和募兵之间寻找一个平衡点。
卫所制度的优点是相对省钱，但是战斗力差，募兵制的战斗力强，但是对朝廷的经济压力大，所以卫所和募兵要兼而采之，用卫所守土，用营兵击敌。
山西都司和山西行都司一共是二十四卫，还有万全都司辖十一卫和七个守御千户所，他们负责守卫沿边的各个边堡和各州县的城池，按照朱载坖和参赞军务大臣们的商量，三个都司负责大同、宣府、山西三镇各边堡和城市的守备和防御。
朱载坖等人经过计算，除了划归给卫所的边堡士卒之外，各卫所出十分之二的士卒，就可以完成边堡和城市的守备任务，凡是脱产的士卒，其待遇都是一样的，不分卫所和募兵出身。
而宣府、大同、山西三镇的官军，则主要成为野战部队，以营为单位，负责互相呼应和出塞击敌，按照辖区设置相应的游击、参将等军官，负责支援本辖区的所有边堡，在朝廷决定执行大规模征讨任务的时候，也只调用三镇的官军，而不调用三都司的官军。
朱载坖的改革主要是为了提高官军的战斗力，保障官军的待遇，之前由于大明军制混乱，往往出现的情况是：“主兵不足，增以募兵，募兵不足，增以客兵，调集多于往时而坐食愈众。屯粮不足，加以民粮，民粮不足，加以盐粮，盐粮不足，加以京运，馈饷溢于常额，而横费者滋甚。”
各种不同的军制，导致的结果是就是看似朝廷在九边军镇屯驻了六十多万大军，实际上能用的有多少？大部分朝廷的饷银和军储并没有落入士卒的手中，反而被各级将校和官员们层层瓜分了，朱载坖决心要改变这种情况，永乐时九边不过二十四万人，多亦不过四十万，现在大明在九边屯驻六十万大军，其中到底有多少空额，只有天知道。
统一军制的另外一个目的就是统一营制，大明之前的营制混乱，一镇、一协一营到底有多少人，从无定制，全凭总兵心情，需要多少士卒，应该编制多少兵器，步兵、多少、骑兵多少、战马多少、火炮多少，从无一定之规，这是朱载坖要改变的事情。
朱载坖现在就是要统一编制，这样才方便官军的指挥调度和训练，同时诸军兵种合同训练，培养官军步炮骑协同作战的能力，戚继光之前在蓟镇搞的车炮营就很有参考价值，朱载坖的意思以蓟镇车炮营为蓝本，制定一个编制制度，主要是两种编制，步炮骑合编合训的常设协，还有就是单独的骑兵单位，以骑兵为主要的作战力量，编制骑兵、炮兵等作战力量。
朱载坖认为，最大的单位就是镇了，一镇下设若干协和标，骑兵以标为单位编制，骑兵每标为一千五百人，其中骑兵一千二百人，还是兽医、骑炮十八门，骑炮有官军的三斤、四斤火炮改造而来，尽可能的轻便，以能够使得炮兵能够跟随骑兵行动，提高他们的机动能力。
而步骑炮合编的每协，则有六千五百人，由两标步卒四千人，一标不带骑炮的骑兵一千二百人，一标炮兵辖 3 营 1728 人， 计 1756 人。 炮54门和一标辎重兵八百人，大车一百八十辆所构成，协是官军主要的作战力量，一镇官军有各协和独立的各骑兵标组成。
协的长官就是参将，独立骑兵标的长官都是游击将军，若干协和独立骑兵标就构成了一镇官军，这样的话，这一镇官军就全都是野战全训部队，可以随时拉动，不管是支援边堡还是出边征讨蒙古人，都是全部拉动的。
这样一来，镇-协-标-营-队-排-伍的指挥体系就顺畅了起来，在京师，有练兵军务处给五军都督府下达命令，五军都督府负责对各都司卫所进行管理，而各镇官军，直接由皇帝通过练兵军务处指挥，加强朝廷对于军队的控制。