朱载坖召见申时行等人，同时还有太子朱翊釴，朱载坖的想法很简单，就是令太子领衔此事，朱载坖说道：“民为邦本，本固邦宁，固民必先富民，而富民必先兴农，所以朕才在京畿兴修水利，卿等当体朕意！”
申时行、徐贞明等人赶紧领旨，朱载坖接着说道：“虽然朝廷现在对于此事已经定下了方略，但是朕想，这些士绅们必不甘心，所以朕觉得以太子总领其事，卿等襄赞，有阻挠者，置之重典，以正国法。”
朱载坖虽然已经通过各种手段摆平了勋臣、皇亲外戚和太监，但是大量的士绅们未必就可肯甘心，这点无论是朱载坖还是申时行等人都很清楚的，无论朝廷采取什么方式，总会有人反对的，朱载坖对于反抗朝廷政策的，一向就是恩威并施，对于可以拉拢的，予以施恩拉拢，而对于冥顽不灵的，朱载坖就只能予以严惩了。
这次朱载坖让太子总领其事，一来是给申时行、徐贞明等人撑腰，申时行等人本就是太子讲官，现在又有太子总领其事，那就想要对抗朝廷方略的人就得掂量一下轻重的，同时也是锻炼朱翊釴，为政不仅要有深谋远虑，更要有杀伐果断，该处理就处理，这点正是现在朱翊釴所欠缺的。
随后朱载坖下达诏书，任命徐贞明为工部右侍郎兼司农寺丞、督理北直隶屯田水利事宜，铸给关防印信，同时太子朱翊釴总理京畿水利屯田赐天子剑，北直隶地方官府通力配合，有需要的直接向朱载坖奏报即可。
朱载坖这次是完全放权给朱翊釴，让他自己决断应该怎么办。而经略朝鲜倭国兵部尚书徐渭也向朱载坖奏请，现在气候转暖，各项准备工作也已经完成了，官军已经在朝鲜囤积军粮三十五万石，可以出兵，徐渭等奏请朱载坖发兵佐渡岛。
朱载坖予以批准，遣皇次子朱翊钧、定国公徐文壁等祭告太庙，钦天监卜定吉日，正式出兵，朱载坖亲送大军出征。
钦天监择定的吉日是隆庆十二年四月初十日，朱载坖着皮弁服，在锦衣校尉、府军前卫带刀官和羽林左右卫亲军的护卫下，于宣武门命将出征。
朱载坖于当日分遣重臣，以太牢祭告天地、山川、祖宗、社稷，大军于宣武门外肃立，武英殿大学士张四维宣读诏书。
张四维开读道，奉天承运皇帝诏曰：朕受天明命，总理山河十有二年矣！幸赖祖宗遗德，臣工用命，海宇安宁，烽烟不举，四夷宾服，边鄙和乐。
然倭国世居东海，久不恭顺，兴师袭扰，非有一日也。皇考英明睿断，挫其奸谋；念太祖不征之训，体黎庶转运之苦，未加挞伐，示以仁德，欲彼天良未泯，尚存一息良善，则兵戈不用，舟楫不兴，知海澨山陬，皆我赤子，苟非元恶，普欲包荒，皇考仁德之至，古今罕有。
及至朕躬，承皇考之余威，宣谕再三，示以恩德，望其知皇考之苦心，各守疆界，庶几保全此身，何乃怙恶不悛，一至于此？我大明仁恩浩荡，恭顺者无困不援；义武奋扬，跳梁者虽强必戮。朕有施仁之心，亦有用兵之断。
况尔倭国，屡犯天朝；逮自先朝，虐我生民，任意鸱张，专行诡计，衅开自彼，公论昭然。尝以兵戈犯境，至于孝陵震动，南都受惊；倭人渝盟寻衅，无理已极，势难再以姑容。仁至义尽，何以复加！况圣人有言：王道复古，尊王攘夷；十世之仇，尤可复也！彼自为不祥，惊扰陵寝，罪莫大焉！朕为子孙，何其可忍？
而倭人景虎，素称恭顺，奉表内附，以乞王化。适遭困厄，岂宜坐视，若使弱者不扶，谁其怀德？强者逃罚，谁其畏威？况东方为肩臂之藩，则此贼亦门庭之寇，遏沮定乱，在予一人。岂能养痈遗患，至于后世？
遂大召群臣，论之再三，同声一气，皆言必征！朝堂之臣求战于前，边鄙之将请兵于后，群情激奋，朕何敢违？虽欲赦彼，则公论不可；纵不得已，而恶贯满盈。人神共愤，断不可恕。
遂飨之宗庙，卜之再三，命将出师，躬行天讨！
兵部尚书徐渭，洞悉戎韬，久历波涛，可依前制加太子少保、经略朝鲜倭国等处军务事，专制阃外，缉凶镇暴。右军都督府右都督吴惟忠，老成宿将，元戎纯臣，可依前制加征东将军，提督备倭军务事总兵官，其余总协各将，各正名号，以备征讨。
于戏！朕爰兴师旅，以正封疆。拯溺救焚，聿从于民望；执信获丑，即震于皇威。凡尔众多，宜体兹意。诸将必获元凶，槛送京师；以泄人神之愤，以正国法之威，朕何惜茅土之赏？
而倭国或有良人，当知天理，昔辅果绝亲于智氏，而蒙全宗之福，微子去殷，项伯归汉，皆受茅土之庆。此前世之明验也。若其执迷不悟，将助乱人，不式王命，戮及妻孥，罔有攸赦。款塞及时，一身可赎；天兵到日，百口何辞。慎用早思，毋贻后悔。
朕申大义于天下，明法纪于诸国，天地古今，惟一君臣；尊卑高下，岂容凌越？华夷虽限，而来王之化不分内外；风气虽殊，而朝宗之归自同遐迩。顺则绥之以德，先施雨露之恩；逆则讨之以威，聊代风雷之用。故今爰整干戈，正天朝之名分；大彰杀伐，警小丑之跳梁。
番邦属夷，当体朕心；各守封疆，以安王化。若奸谋败露，身膏草野，首悬都门，悔之何及？钦此。
张四维宣读完圣旨之后，兵部尚书经略朝鲜倭国徐渭和征东将军吴惟忠领受圣旨及天子剑、节钺印信等物，朱载坖命皇太子朱翊釴和皇子朱翊钧奉酒以壮行色，徐渭和吴惟忠饮过之后，再次向朱载坖跪拜说道：“臣等谨领圣命，躬行天讨，以振国威，以彰国法！”
朱载坖这才沉声说道：“出征！”锦衣校尉大声重复朱载坖的命令三次，号炮响起，徐渭、吴惟忠及三军将士再次拜谢朱载坖后这才开拔。