而在大明朝廷，针对朝廷在北直隶兴修水利的种种措施，不少的官员也提出了反对的意见，他们主要的观点是认为，朝廷最近在北直隶大兴土木，不仅仅是要兴修水利，还要兴修道路，仓储等一系列的工程，他们认为朝廷要爱惜民力，不能这么滥用民力。
对此，朱载坖予以斥责，首先现在大明的各种工程，已经不再是强制征发百姓了，而是采用的雇佣百姓从事土木工程的办法，这样可以变相的增加百姓的收入，同时朱载坖也很注意农时问题，在农忙的时候都专门下达诏书，要求让百姓归家从事农业生产，甚至专门发给粮食和银钱让这些百姓回家。
但是他们还是坚持自己的意见，认为现在朝廷在北直隶推行的兴修水利遭到了士绅和百姓的抵制，朝廷应该停止这项活动，同时弹劾申时行、徐贞明等人靡费国帑，要求朱载坖将其治罪。
对于这些言论，都不用朱载坖出面，首辅李春芳、阁臣张四维等就对这些言论予以驳斥，李春芳很清楚，这是太子朱翊釴亲自操办的事情，领导此事的又是太子的讲官申时行，此事受阻，不仅是申时行等人政治声望受损，对于太子朱翊釴的政治声望也是极为沉重的打击，所以作为首辅，李春芳等人必须维护太子的权威。
朱翊釴又不是孤儿，人家可是有老爹的，欺负了朱翊釴，你看看朱载坖找不找你算账？朱载坖之所以现在没有反应，那是因为要锻炼朱翊釴，这点辅臣们是很清楚的，但是辅臣们更清楚，朱载坖绝不会使得朱翊釴的政治声望受到打击，谁要敢这么做，朱载坖肯定会立即予以处理的。
所以李春芳召见了左都御史海瑞，要求都察院作出反应，对于这些上疏的官员，要严查其背后的势力，对于有贪墨受贿等行为的，要予以题参。
同时内阁迅速呈上题本，要求朱载坖重申在北直隶兴修水利的工程乃是朝廷的大政方针，不容违逆，要求都察院、北直隶按察使司、巡按御史、地方官府对于胆敢阻扰朝廷大政的地方豪强予以严厉打击，让地方官府明白朝廷的决心。
左都御史海瑞也向朱载坖上疏，请求向北直隶专门派出御史，以督促地方官府对于朝廷大政方针的施行，对于这些奏疏，朱载坖并没有回复，而是留中不发，没有回应重臣们这些上疏。
而另一方面，朱载坖和朱翊釴召见了锦衣亲军都指挥使陆绎，陆绎详细陈述了这些年李家所做的各种恶性，什么贩卖人口，欺男霸女，这些都是基操了，不过朱载坖并没有关心这些事情，而是注意到了一件事情，就是李家是军籍。
朱载坖问道：“李家是哪一卫的？”
陆绎向朱载坖奏报道：“回陛下，李家乃是金吾右卫军籍。”
朱载坖哦了一声，说道：“我大明军法严苛，李家更是亲军军籍，这可是大事啊！”
大明的军法严苛，尤其是军籍，更是大事，按照大明有关军籍的规定，军法必世继，继绝以嫡，嫡绝以支，支绝以同姓，不奉上诏旨，不得自免，户有军籍，必仕至兵部尚书始得除，军籍的豁除是极为难的，即便是很多阁部重臣，也没有豁除军籍，当然，不豁除军籍，他们也有其他的办法解决这个问题，朝廷也不会真的把一帮进士弄去当大头兵，一般来说，能够有功名的读书人都可以免去自己的兵役，中进士之后更是默认的不再追究其军籍的问题，所以虽然大明的军籍看似严格，但是实际上还是有空子可以钻了。
像李家就是如此，虽然李东阳是金吾右卫军籍，但是即便是李东阳死后这么多年，李家也不会有人去服兵役，李家的军籍事实上已经被豁除了，仅仅存在于朝廷的名册上罢了，不过朱载坖认为既然朝廷的名册有李家，就应该去服役，军籍是何等严肃的事情？李家的军籍并没有被豁除，那为什么不勾军？
所以朱载坖当即给兵部尚书汪道昆、左都御史海瑞、卫尉寺卿孙丕扬、京卫都指挥使严绍庭下达命令，要求彻查李家逃军之事，对于李家，朱载坖的定性是非常严厉的，就是逃军，对于逃军，大明的军法可是严厉惩处的。
根据原兵部尚书霍冀编撰的军政条例：其在役正军老疾或逃亡时，须到原籍勾取继丁补役。若正军一家全部亡绝，则到原籍勾取其族人顶充，以保证卫所军伍不致缺额。
李家虽然除了李东阳这个首辅，但是也只能免李东阳本身的服役，其军籍仍在，在这种情况之下，在李东阳死后，他的后代若是没有官身的话，就不能再享受免除服役的特权了，事实上李家除了李东阳，也并没有人再有功名，有司只不过是碍于李东阳的名声，没有继续从李家勾取军士罢了，像这种情况，李家明明知道自己家是金吾右卫军籍，但是拒不服役的，这就属于典型的逃军了。
大明对于逃军的处理是非常之严厉的，逃军是可以即行正法的，兵部尚书汪道昆首先上疏，经兵部核查，李家确系金吾右卫军籍，这点也得到了京卫都指挥使严绍庭的证实，是军籍而不服役，又没有相应的理由，这显然是逃军嘛。
朱载坖随即命令，将李家逃军一案，移送卫尉寺严审，由于李家的特殊性，不但要卫尉寺严审，而且要三法司会审，务必要审明查实，将一应情况做实。
其实大家都很清楚，这就是朱载坖在收拾这些和朝廷对着干的士绅们，同时朱载坖还命令都察院派出御史，巡视北直隶，命令吏部将水利兴修纳入北直隶官员们的考成中，要是不能达到朝廷的规定，就要依照考成法严惩不贷。
随后，朱载坖命令太子朱翊釴代天巡视北直隶，督促水利工程的兴修。