而朱载坖则是督促太子和申时行，加快进度，趁朝廷的注意力在藩王们身上，加快对于北直隶的水利兴修，在厂卫的弹压之下，迅速将兴修水利所需要的土地征收到位，以县为单位，开始兴修水利工程，所需要是各种物资，由工部、京通仓予以调拨。
同时朱载坖还命令五军都督府，动员北直隶的军户参与水利工程的兴修，照出征支给行粮。敢有阻挠朝廷兴修水利的，一律由厂卫严办。
而对于李家的案子，经过卫尉寺审断之后，认为李家确系金吾右卫军籍，但是从成化以来就没有应役，其中因为李东阳出仕之后可以免于兵役的主要在成化、弘治、正德三朝，而在李东阳和其子死后，李家并没有官府，按照军法，李家应当出丁一人到金吾右卫应役，但是李家并没有并没出丁到金吾右卫应役，依照大明军法，这就是逃军，应当追究责任。
而且李家逃军，年深日久，实属情节严重，所以卫尉寺卿孙丕扬上奏，应当以逃军之罪追究李家的责任，应当流放，而刑部、大理寺、都察院会审之后，同意了卫尉寺的意见，但是却被朱载坖打回来了，理由很简单，虽然李家的逃军之罪已经审理清楚了，但是李家还有还有其他的事情啊。
朱载坖命令锦衣亲军将李家涉嫌的其他事情也都移送三法司，指令刑部尚书洪朝选依律严审，要好生打着问。李家是顺天府大族，这么多年以来，不管是家族内部的腌臜事情还是他们李家欺男霸女的事情，都是不少的，锦衣亲军早就掌握了相关的事情，同时朱载坖还命令顺天府将历年以来百姓状告李家的状子一道移送刑部。
之前顺天府畏惧李家，当然是委屈百姓了，现在这些事情都被朱载坖翻出来了，要严惩李家，同时，因为李东阳毕竟是前朝首辅，朱载坖在邸报中特意向天下公布李家的罪状，以昭示朝廷大公无私的态度。
对于李家的严惩使得北直隶的士绅们有所收敛，同时朱载坖还命令都察院向北直隶派出御史，受理地方百姓状告这些士绅们的案件，借此严惩士绅们。
而后朱载坖召见了魏国公徐邦瑞，朱载坖将魏国公从南京调到京师来，但是一直没有给他安排实际的职务，这次朱载坖准备给徐邦瑞安排个差事，朱载坖在召见完徐邦瑞后，发布诏书，任命魏国公徐邦瑞为中军都督府右都督、北直隶总兵官兼直隶都指挥使，指挥北直隶下属的各个卫所，配合太子在北直隶兴修水利。
而在家守制的张居正的奏疏也抵达了朱载坖的案头，对于朱载坖准备对于藩王的土地予以整治，张居正是全力支持的，他的老家湖广也是藩王比较多的地方，而且湖广的楚王还是比较不当人的藩王，烂事一大堆，在地方除了人事不干之外，其他的事情都要干。
所以张居正认为，对于这些藩王，必须加以限制，尤其是藩王无节制的兼并土地，确实是应当予以限制，但是毕竟藩王们也是宗室，朱载坖作为皇帝，太过于苛待宗室毕竟对于名声不好，而且藩王的土地中，有不少是历代先帝钦赐的，这些土地不能全部予以没收，尤其是太祖御赐的土地，如果朱载坖也予以没收的话，对于朱载坖的名声还是有很大的影响的。
所以张居正向朱载坖提出的建议是对于藩王的土地分门别类予以处理，首先就是藩王强占、购买、奏讨的土地，根据皇明祖训，太祖有明文规定，藩王不允许购置土地，就是为了防止藩王兼并土地，百姓生计无着，这部分的土地本来就不合法，既然不符合祖训，这部分的土地就应当予以没收，由朝廷予以分配给百姓和卫所的军户。
而对于太祖和历代先帝赐予的土地，就不能这么简单予以处理了，毕竟是皇帝钦赐的，尽管其中有很多是不合法的，但是朱载坖作为后世皇帝，如果对于前代皇帝的决定直接予以推翻的话，总归是不好的，而且藩王们也可以有部分土地，用于补贴王府之用。
所以张居正的处理意见是按照等级规定一个藩王们可以拥有的土地数量，多余的部分由朝廷予以分配，而不足的部分，也由朝廷予以不足，而且藩王们也不能直接拥有土地，按照朝廷分封而不锡土,列爵而不临民,食禄而不治事的藩王政策，这些藩王们所拥有的只是土地的产出，而非土地本身，这些土地由地方官府予以掌握，成为实际上的官田，藩王们只能享受这些土地的赋税，也就是说，按照张居正的办法，如果朝廷准许亲王拥有土地三千顷的话，实际上就是地方官府将三千顷土地所对应的赋税按时交给藩王们就行，藩王们不能实际控制土地和佃户。
这样一来，能够最大程度的限制藩王们兼并土地的行为，同时舒缓民力，使得百姓能够不至于沦为流民，同时重申祖制，不允许藩王以各种名义拥有土地，避免藩王们与民争利。
朱载坖认为张居正的这个建议是很有操作的可能性的，于是将张居正的奏疏下阁部商量，对于张居正的奏疏，大部分人都认为还是合理，很多藩王们，尤其是小藩都予以支持，因为按照张居正的设想，亲王三千顷，郡王一千顷，其实很多藩王是没有三千顷的，如郑王就只有不到四百顷，真正受到很大损失的是周、楚、秦、晋等大藩，对于大部分藩王来说，反而能够增加收入，所以一些藩王反而是支持的。
而且之前蜀王、辽王的遭遇也使得这些藩王们不敢轻易和朱载坖作对，朱载坖明确暗示这些藩王们，现在哈密也可以移镇，要是谁跳的太高，朱载坖就将他移藩到哈密去，好好吃红柳羊肉串。