潘季驯劳堪等人一面向朱载坖奏报此事，一面严审这些运军还有漕帮好老、纤夫头目，而在京师的朱载坖，也已经收到了锦衣亲军和陈矩的密报。
对于发生这种问题，朱载坖早就不稀奇了，当了这么多年皇帝，朱载坖对于大明官吏们在贪墨上花的心思和胆量是极为佩服的，他们只要为了贪墨，可以无所不用其极，这点朱载坖是很清楚的。对于他们贪墨漕粮，朱载坖也早就有所耳闻，之前只不过一直没有找他们算账罢了。
现在朝廷减少漕运数量，与漕运有关的各个利益团体肯定是都急了眼，他们不愿意自己的利益受损，搞出种种动静来，也是正常的事情。
朱载坖下令召见阁部重臣们，将这些奏疏给他们传阅，朱载坖向这些重臣们询问他们对于此事的看法，其实这些重臣们久历政务，对于下面的人是个什么情况也都是很清楚的，朱载坖现在想知道的就是他们不惜制造这么大的案子，到底是意欲何为。
朱载坖就此事和重臣们商讨，户部尚书鄢懋卿倾向于认为是毁灭证据，鄢懋卿认为，朝廷之前每年通过运河转运大量的漕粮，不仅仅有要交解京通仓的漕粮，还有为了转运这些漕粮而向百姓征收的加耗，还有东南数省的起运钱粮及其加耗，都要通过运河转运到京通仓，这其中的猫腻可就是多了去了。
鄢懋卿认为，最大的可能就是通过制造漕船倾覆的事故来毁灭证据，因为之前这些运河上的蠡虫早就伙同地方上的豪强大户，将本该解运到太仓的优质漕粮予以调换变卖了，他们原本的打算是等到今年的漕粮到了之后再发运的，没想到朱载坖命令大幅度减少漕运数量，原本应该由运河漕运的漕粮，大部分转移到了松江府通过海运转运。
而他们早就把本该解运到京师的漕粮给私吞贪墨了，现在要他们拿出来再转运到京师去，自然是不太现实的，所以唯一的办法就是制造事故，让这些漕粮消失掉，这样的话，他们贪墨漕粮的事情才能够一笔勾销。
朱载坖也认为这事是很有可能的，如果是这样的话，事情就很麻烦了，背后牵涉的势力就很多了，地方州县的官吏、地方豪强势力还有与漕运有关的衙门，这可不是小事。
朱载坖问道：“首辅怎么看此事？”
张居正说道：“陛下，臣以为要是处理得当，也许是个机会。”
朱载坖和在场的臣子们都很清楚张居正所说的机会是什么，张居正一向就是主张进行大规模折银的，而现在本色运输出现如此大的弊案，对于张居正的折银计划自然是好事，但是朝廷应该怎么处理这么大的案子，尤其是牵涉到地方、漕运两个庞大的体系，这是很麻烦的。
张居正的意思首先查明真相再说，然后主要打击的对象应该是这些地方的所谓粮长，也就是地方豪强，所谓粮长，就是朝廷在浙江、直隶、江西、湖广、福建等地，纳粮1万石左右的地方为一区，指派大户世充粮长，征收和解运田粮。此后还规定粮长须拟订科则、编制图册、申报灾歉、检举逃税、催办粮差。粮长初为大户承充的优差，可凭借职权欺压乡民，中饱税款，当然有些地方由于百姓大量逃亡，粮长不得已要包赔税粮，甚至于倾家荡产。
但是在苏松等东南数省，粮长已经和地方豪强是一个意思了，他们负责征解税粮和加耗，并且直接将应该起运的部分和本该支付给运军的运费，都是由他们缴纳到官仓然后支付给运军们。但是实际上他们私设仓廒，私吞钱粮这些事情早就有官员上疏向朱载坖奏报，朱载坖并非一无所知。
鄢懋卿说的这个确实是很有可能，左都御史海瑞也认为这种可能性很大，他在苏松任职的时间不短，对于当地的情况还是很了解，这种事情，这些地方豪强们是绝对做的出来的。
朱载坖冷笑一声说道：“朕知道了，不就是郭桓旧事吗？这不稀奇。”
关键是应该怎么处理此事，之前朝廷派遣的钦差都是以处理漕运问题为主的，现在看来，此案牵涉的范围远远不止漕运问题，还涉及到这些地方豪强，也就牵涉到地方官府了，朱载坖命令浙直总督杨继盛与潘季驯、王宗沐、劳堪等人一道查察本案，对于涉及到地方官府和豪强的，由杨继盛予以处理。
张居正认为要以此案为契机，彻底废除粮长制，由朝廷直接征收赋税，不再假手与地方豪强，这个建议得到了朱载坖的支持，在朝廷实行吏员考选之后，朝廷的官吏人数增加了不少，对于地方的控制力也加强了不少，不再需要这些地方豪强再来征收赋税了，由朝廷直接征收，官收官解，可以避免这些豪强们借帮助朝廷征收赋税盘剥百姓，转嫁税粮。
而鄢懋卿等人也建议，趁此机会，对沿运河的水次仓予以全面的清查，查清楚其中的情弊，朱载坖于是以密旨的形式诏令王国光等人，对临清、德州、徐州、淮安等地的水次仓予以检查，查明其中情弊，将此次漕船倾覆案的真相穷就到底。
此次清查的重点主要是南直隶的淮安、徐州两水次仓，这里是南方粮食运送的起点，户部在此地还有分司，所谓司内宰之分职，而外方伯之事，尤其是淮安仓，是大明漕运的中心枢纽，漕运的要害，大明漕粮总数为六百万石，其中运军兑运者达三百八十万石，主要由淮安仓转运存储， 支运粮仅占十分之三四，由徐、临、德等仓转运。淮安水次仓的地位大大增强， 不仅是江南漕粮转运的起点，而且收粮数目巨大，江南数省的漕粮几乎都是从此处装船北运。
朱载坖命令潘季驯等人对这些水次仓予以检查，同时命令浙直总督杨继盛查照隆庆十三年漕粮和起运钱粮数目，与水次仓的数目进行比对。