除了武宗之外，世宗的配享功臣，也是争论的焦点，朱载坖和内阁之前拟定的是张璁，但是不少的官员们都上疏要求将杨一清也列入配享名单之中，杨一清当然也是颇有功劳，博学善权变，为政通练，尤晓畅边务，曾一夕占十疏，悉中机宜，但是朱载坖认为杨一清主意是在武宗朝活动的，并不是世宗朝的重臣，所以朱载坖认为杨一清还是罢配享之议。
朱载坖等人将大体的名单确定之后，就谈到了一个事情，就是大明的祠祭体制问题，朱载坖即位以来，陆续建立了悯忠祠、贤良祠等祠祭，以祭奠为国牺牲的士卒官佐和朝廷的忠良官吏，这次借由高拱的身后事，完善了功臣配享制度，但是朱载坖认为，大明还是要缺乏一整套国家的祠祭体系。
朱载坖准备借由此事在大明建立起一整套的祠祭体系来。大明原本在礼部确实有祠祭司，按照朝廷制度，祠祭司的职能：“分掌诸祀典及天文、国恤、庙讳之事。凡祭有三，曰天神、地只、人鬼。辨其大祀、中祀、小祀而敬供之。饬其坛壝、祠庙、陵寝而数省阅之。蠲其牢醴、玉帛、粢羹、水陆瘗燎之品，第其配侑、从食、功德之上下而秩举之。天下神只在祀典者，则稽诸令甲，播之有司，以时谨其祀事。督日官颁历象于天下。日月交食，移内外诸司救护。有灾异即奏闻，甚者乞祭告修省。凡丧葬、祭祀，贵贱有等，皆定其程则而颁行之。”
但是大明礼部的祠祭司所管辖的范围实在是过于宽泛了，而且对于文武官员们没有足够的祠祭激励体制，朱载坖认为是不对的。
朱载坖说道：“明赏罚以示劝导，此则祠祭之用也。赏罚者，国之大权，人君操赏罚之权以御天下，一主于至公，故有功者虽所憎必赏，有罪者虽所爱必罚，赏以当功上不为德，罚以当罪下不敢怨，不以小嫌而妨大政，不以私意而害至公，庶有以服天下之心。”
朱载坖认为要将之前的旌表、恤典与祠祭结合到一起，形成一整套激励、表彰官员的体系，以起到祠祭的劝导作用，用以整顿官场的学校的风气，大明对于谥号的控制还是比较严格的，按照礼部所制定的规则：“文武大臣请谥，礼部取旨，行吏兵部考实绩。礼部定三等，行业俱优者为上，颇可者为中，行实无取者为下，送翰林院拟谥。有应谥而未得者，抚、按、科道官以闻。”
同时还有恤典，也有很严格的管理制度，但是朱载坖认为，这种管理制度很多的时候是根据品级来的，过于死板，如有关恤典的规定是：“其特恩，如侍从必日侍讲读、军功必躬履行阵、东宫官必出阁讲授有劳者。据嘉靖中事例，祭葬加一等，无祭者与祭一坛，无葬者给半葬，半葬者给全葬。讲读官五品本身有祭，四品及父母，三品及妻。军功四品得祭葬，三品未满及父母。讲读年久、启沃功多、军旅身歼、勋劳茂着者，恩恤加厚，临期请旨。”
大明现在的恤典，主要是根据品级，而非是功绩来的，朝廷要加强对于旌表、恤典、祠祭的管理，形成一整套的管理体系，现在的礼部祠祭司显然不足以胜任此事。
朱载坖认为将这些职能转移给太常寺，同时将悯忠祠、贤良祠等一应祠祭、功臣庙等都交由太常寺管理，同时提高太常寺的地位，以礼部右侍郎兼太常寺卿，专门负责管理这些祠祭，同时扩大祠祭的范围，凡是死于国事者，不分官民品级，士卒百姓，都要入祀悯忠祠，由朝廷予以缉私，官员有治绩、有德行者，经礼部提请，亦可以入祀贤良祠，这样的，充分发挥祠祭的劝导作用，鼓励官员们忠勤王事。
朱载坖将此事交给了申时行负责，要求申时行拟定详细的条款，将祠祭予以规范化。
而徐学谟回去之后，也以礼部尚书的名义向朱载坖上疏，认为王守仁就不必配享太庙了，同时朱载坖召见锦衣亲军都指挥使陆绎，命令他以扇惑人心、妄议朝政为罪名，缉捕何心隐、颜山农等所谓的大侠，朱载坖倒是想要知道，是这些大侠厉害，还是厂卫的番役缇骑厉害，但是朱载坖也命令陆绎，要好生对待这些人，千万要将他们或者送入京师，否则的话，将会引起轩然大波的，到时候朱载坖都不好保他。
徐学谟的奏疏上来之后，朱载坖随即就将徐学谟的奏疏下阁部商议，徐学谟在奏疏中认为，王守仁已经入祀孔庙了，在配享太庙，显然是于理不合，要么以功臣身份配享太庙，要么以儒学宗师身份入祀孔庙，不能同时入祀，因为太庙和孔庙都是大明最尊荣的祠祭，王守仁一人独享，是从未有过的事情，再加上现在王守仁已经入祀孔庙，将其撤出显然不妥，所以徐学谟的意思是罢配享之议，而存入祀之礼。
徐学谟以大宗伯的身份上疏，份量是很重的，首辅张居正也立即上疏予以支持，张居正在奏疏中说道：“旷典不可以不重，祠祭必得以专一。”
张居正认为既然王守仁已经入祀孔庙，对于儒臣来说，已经是天大的荣耀了，朝廷肯定了王守仁儒学宗师的地位，至于配享太庙，就不必再议了。
内阁也都是持这个意见，而朝廷之上反对王守仁配享太庙的官员们也纷纷上疏，要求如果是要商议王守仁配享太庙，就应该先将其从孔庙中迁出，这显然不是王门弟子们所希望看到的，在这种情况之下，朝廷之上关于王守仁配享一事的各种争论就更大了，所以内阁提请将此事先搁置，不能因为此事而影响朝廷的大典。
朱载坖也同意了内阁的提请，亲自下旨：“王守仁配享一事，众论纷纭，莫衷一是，姑容再议，速备大典。”
在大明，再议的意思不就是搁置嘛，朱载坖和内阁、礼部通过这种方式将此事予以搁置。