对于这个问题，朱载坖亲自召集重臣们一道商讨，主要的目的有两个，第一点就是解决各级衙门，尤其是督抚衙门的属官、吏员问题，第二个就是禁止各级官员私自聘用所谓幕宾、师爷等人，并且让他们越俎代庖处理政务，这是朱载坖所决不允许的。
对于第一个的问题，朱载坖首先就和重臣们商量起来了，增加官员和吏员，这点也被重臣们所接受了，现在各地的督抚衙门确实是没有一定之规，往往都是随心所欲的配置官员、吏员，甚至直接让他们所聘请的幕宾来代行朝廷命官的职权，这点是不能容忍的。
之前由于时常要用兵，所以对于这些督抚们有些放任了，现在趁这个相对比较安宁的时候，朝廷对于督抚衙署的编制要予以重新拟定，将佐贰官、幕府官、属吏等予以配齐，尽可能的减少这些所谓幕宾的生存空间。
对于州县正印的师爷，也要坚决予以禁绝，朱载坖认为，身为朝廷命官，代天子牧民是职份所系，如果连这个都做不到，怎么配吃这份俸禄，穿这身官服的？虽然之前各级官员聘请师爷、幕宾等确实是有一定的道理，但是在朝廷配齐了各级官员之后，这种事情就不能够容忍了。
所以朱载坖和重臣们商定，以三年为期，补齐各级衙门的编制，同时逐步从衙门中将这些所谓的师爷、幕宾全部予以清除，同时提升大明官员的行政能力。
首先就是先确定各级衙门的执掌和编制，之前已经对于州县的编制做了一定程度的调整，现在就是对于地方的监司进项调整了，朱载坖首先是和重臣们确定了地方应该有哪些监司。
大明原来的省一级设立布政使司、按察使司和都指挥使司三司，其中布按二司是朝廷控制地方的主要监司，但是现在朱载坖在地方还有大理寺分司等衙门，负责处理司法等事项。
朱载坖先命吏部将现在布政司的架构予以介绍，大明现在的一个布政使司，除了主官左右布政使之外，还有左右参政数员，从三品；左右参议数员，从四品。 参政、参议分司诸道：督粮道一般一人，主要负责征收田赋、督册道则人员不限，设立情况依据本布政司情况而定、分守道人数亦不限，主要负责向各府、直隶州传达、催办布政司的公事。
经历司：经历一人，从六品；都事一人，从七品。
照磨所：照磨一人，从八品；检校一人，正九品。
理问所：理问一人，从六品；副理问一人，从七品；提控案牍一人。
司狱司：司狱一人，从九品。
库大使一人，从九品；副使一人。
仓大使一人，从九品；副使一人。
杂造局、军器局、宝泉局、织染局大使各一人，从九品；副使各一人。
以上就是一个布政使司现在有官员数量，朱载坖和重臣们商量之后认为，现在的布政使司已经不再具备司法功能了，地方的司法由大理寺分司、按察使司所负责，所以布政使司内的理问所和司狱司可以撤销，将其移送给按察使司，布政使司不再承担司法职责。
而布政使司的主要职责是管理民政、财政、土地、户籍、钱粮、官员考核、沟通督抚与府县，而这次对于布政使司的改革，就是要使得布政使司能够回归到主业来。
对于各道，要予以合并，除了督粮道仍旧保留，并且按照每个布政使司的实际情况予以设置之外，将分守道和督册道合并，负责清丈田亩，核实黄册，同时传达政令。
而布政使司本衙，最重要的事情是民政和钱粮，所以在布政使司下设课税、常平、藩库、预算、道路、水利、矿冶等司，分司管理一省的各项事务，而左布政使为长官，右布政使协助左布政使管理相关的各司，同时提高司的品级，将各司主官升为从四品的布政司参议，司下设各案，负责具体事务的管理，案有主事，为正六品，负责具体事务的管理，根据实际情况设置官员和吏员。
布政使司的主要职责就是督促府州县按时按量征缴赋税，核实黄册数据，清丈田亩，打击土地兼并，编制通省预算，负责存储留存钱粮，起运应该交解户部钱粮，对于府州县官员有关民政、赋税事项予以考核，上陈吏部，负责组织本省内部的道路等基础设施的建设，对于下去的矿冶、工商等赋税的征收。
除了布政使司之外，就是按察使司，作为朝廷在地方的治安、监察、司法机关，按察使司的职能是很明确的，就是纠官邪，戢奸暴，平讼狱，雪冤抑，以振扬风范而澄清吏治。
按察使司的架构也比之布政使司要简单一些，按察使司有按察使、副使，掌一省刑名按劾之事，兼具司法和监察职能。按察使一人正三品，按察司副使一人正四品。下设佥事，正五品，员数无定。副使、佥事，分道巡察。其兵备、提学、巡海、清军，驿传、屯田等事，各设专职人员，亦用佥事等名义。
除了按察使之外，副使正四品，佥事正五品。副使、佥事为按察使之佐贰，助理按察使处理司务。此外，也被遣差分道按察，人主一道。除副使、佥事外，按察使还有经历、知事、照磨、检校、司狱等属官。
而按察使司的属官有按察使属官有经历司经历秩正七品、知事秩正八品，照磨所照磨秩正九品，司狱司司狱秩从九品，各一人。知事掌勘察刑名。司狱掌检察系囚。
朱载坖改革之后，除了原本的按察使司衙门之外，按察使的权力被得以加重了，按察副使专领一省巡检，下设巡检参将和省内的各巡检司，负责治安、人口管理、户帖的登记等等事务，同时还有大理寺分司予以制衡司法权。按察使司下面最重要的道就是兵备道了。