这些所谓的妖书、谣谚等，一向被视为所谓的民意，用以裹挟朝廷，这是朱载坖所不能容忍的，朱载坖很清楚，这些妖书、谣谚很多时候都是被这些人制造出来用以裹挟朝廷的，对于这些事情，朱载坖是极为清楚的，他们想要制造这些东西，逼迫朝廷或者是朱载坖就范，但是朱载坖并不是这样的人，朱载坖是不会轻易就范的。
在朱载坖的严厉打击之下，京师还算是比较安稳的，但是其他地方就不是如此了，虽然朱载坖已经提前有所准备了，但是在南京、淮扬等地仍旧有不同程度的谣谚传出来，这也是没有办法的事情，对于这些地方，朝廷本来就要慢一步，而且这些地方本来就是这些盐商的大本营，即便是官府想要禁绝，也是很难予以禁绝的，在这种情况下，各种谣言四起也是很正常的。
督师南京大学士沈鲤向朝廷以急递奏报，南京和淮扬等地，最近出现了很多的流言，甚至涉及到了朱载坖和太后，这些妖书、流言等，和在京师所查获的妖书、谣言大同小异，基本上可以断定是同一伙人所为，对于这些情况，朱载坖下令地方官府予以严惩，防止流言的散布，他们造谣朱载坖不孝或者是朱载坖整顿盐政是为了捞钱，这些东西对于朱载坖来说其实杀伤力并不大，背地里骂朱载坖的人多了去了，并不差他们一个。
而真正令朱载坖担忧的是盐商们开始以食盐供应来威胁朝廷了，最先起来搞事情的是两淮和两浙运司的盐商，他们集体向运司衙门上疏，称朝廷对于盐政的改革使得盐商受到了巨大的损失，往常盐商购买盐引之后，直接到盐场收盐，然后运走贩卖即可，而现在朝廷不允许盐商直接向灶户购买食盐。
而是要由盐政分司从灶户手中将食盐收集起来，然后盐商缴纳引价和盐价之后，再凭借盐引提出食盐贩卖，他们认为这样一来盐商的成本增加，盐商贩盐根本没有利润可言，在这种情况之下，这些盐商通过运司衙门向朝廷请愿，如果朝廷不保证盐商的利益话，他们就无法行盐了。
说白了，他们就是利用自己掌握这食盐的运销渠道，来胁迫朝廷，幸好朱载坖还有所准备，否则的话还就真的被这些盐商给拿捏住了，朱载坖立即召见了内阁辅臣还有户部尚书王国光、总理盐政庞尚鹏、户部左侍郎杨俊民、刑部尚书王世贞，还有都察院的两位都御史一道商量对策。
首先就是两京各地所出现的流言，虽然朱载坖并不认为这些流言能够对他的权力构成威胁，但是朱载坖也绝不会放任的，对于这些流言，朱载坖命令厂卫和地方官府一道，想办法肃清流言，对于南京锦衣亲军，朱载坖也极为不满，他们在南京无所作为，朱载坖决定任命骆椿为南京锦衣卫指挥使兼锦衣亲军都指挥使司都指挥佥事，负责整顿南京锦衣亲军，同时从京师锦衣亲军中抽调精干力量，充实南京锦衣亲军，加强南京的力量，还有南京京营、警巡院等衙门，也要加强缉捕，整顿南京和东南的治安形势。
还要行文南京礼部和南直、浙江等处学政，对于生员聚众闹事或者是散布谣言的，一律重处，决不宽纵。当然对于朝廷来说最重要的还是保证盐运的畅通，这是朝廷现在的当务之急，对于朝廷来说，保证盐政的通畅肯定是很重要的，现在必须选拔优秀官吏担任运司长官，整顿盐政了。
吏部和户部商议之后，报请内阁请求调绍兴知府石昆玉担任两淮盐政，起复原浙江按察使朱炳如为两浙盐政，加强朝廷对于这两大食盐产区的控制，石昆玉是以户部郎中出知绍兴府的，在知府任上，按治豪横，剖析狱讼，舆论翕服，作风非常强硬，之前有豪强准备构陷他，但是都被朝廷查明了，现在两淮盐政急需一个强项令来整顿这些盐商，石昆玉就极为合适。
而朱炳如则是高拱担任首辅时所任用的官员，当时高拱也准备整顿盐政，选拔进士出身的朱炳如、王基担任两浙运司运使和同知，二人皆素有清名， 同心合调，清操耿节，相砥弥严，使得两浙盐政大为改观，不过朱炳如和张居正不太对付，所以升任浙江按察使之后就辞官了，这次要整顿两浙盐运，还是请他再次出山，朱载坖当即批准了这两人的任命，要求尽快赴任，整顿盐政，保障朝廷的食盐供应。
朱载坖还询问南直总督劳堪和直隶山东三省总督王之垣什么时候能够上任，朝廷虽然已经下令他们两人赴任，但是劳堪远在缅甸，恐怕还需要时间，朱载坖要求他们二人尽快到任，以整顿盐务。
当然现在两淮和两浙盐商公然和朝廷对抗，朝廷需要晋商的帮助，所以朱载坖今日特地把杨俊民叫来，就是为了此事，朱载坖直接问道：“要是这些盐商真的罢市，晋商能否承担起食盐的运销。”
若是平时，这简直是求之不得的事情，但是现在朱载坖亲自过问，杨俊民还是比较谨慎的，晋商在两淮运司还是有一定实力的，杨俊民认为在两淮运司，晋商还是有相当的力量，能够帮助朝廷稳定盐价的，但是在两浙运司，杨俊民认为晋商的实力相对比较弱小，要想帮助朝廷，确实是力有不逮。
这点朱载坖也是明白了，而且虽然现在朝廷要利用晋商来稳定食盐价格，但是朝廷也要防范晋商借机做大，而且两浙运司的行盐范围不大，辖区内水陆交通发达，便于运输，朝廷自己负责也不是不行，而且这次和朝廷对抗的主要是大盐商，地方的坐商是不敢和朝廷对抗的，但是他们缺乏运销渠道，朝廷正好可以鼓励他们购买盐引，运输食盐贩卖。