朱载坖遣使土默特部，主要是说明两个问题，第一就是大明要征讨鄂尔多斯部，朱载坖希望土默特部保持中立，不要轻易掺和进大明和鄂尔多斯部的战事中来，第二就是一旦鄂尔多斯部向东逃，土默特部要出兵予以阻止，不让鄂尔多斯部东逃和土蛮部合流，这点是大明所不能容忍的。
随后朱载坖同意了王崇古和李成梁的奏疏，任命兵部尚书王崇古为经略河套等处军务事，调动榆林、延绥、宁夏、甘肃、山西、大同等镇兵力，有玄菟侯李成梁担任提督，指挥官军捣巢，朱载坖很清楚，虽然看起来官军阵势很大，但是实际上官军只是希望将鄂尔多斯赶跑就行了。
朱载坖在给王崇古的密旨中也说的很明白，驱赶为主，歼灭为辅，只有对那些不愿离开的蒙古部落，才采取剿灭的态度，因为现在活跃在西域的蒙古部落是瓦剌部，大明希望鄂尔多斯部去把水搅浑，为大明经略西域创造条件。
而朱载坖已经在查看朱翊釴从山东发来的书信，朱翊釴从北直隶南下，一面送端王就藩，另一面巡视地方，朱翊釴现在关心的仍旧是山东的盐政和运河，和长芦盐场不同，山东盐场主要采取潮浸的方法法来取卤制盐。
朱翊釴在给朱载坖的奏疏中说：“山东之制盐，与长芦有所异。其煮盐之法，大略有三，一法高堰地潮波不没者，地可种盐，种户各有区画经界，不相侵越，度诘朝无雨，则今日广布稻麦藁灰及芦茅灰寸许于地上，压使平匀，明晨露气冲腾，则其下盐茅勃发，日中晴霁灰盐一并扫起淋煎。一法潮波浅被地，不用灰压，候潮一过，明日天晴，半日晒出盐霜，疾趋扫起煎炼。一法逼海潮，地先堀坑，横架竹木，上铺席苇又铺沙于苇席之上，俟潮灭顶冲过，卤气由沙渗下坑中，撤去沙苇以灯烛之卤气冲灯既灭取卤水煎炼总之。”
但是这种通过煮盐得到的食盐品质不好，吃起来味苦口感差，性燥伤阴，含有的碱重，所以百姓不愿意食用，百姓所喜欢的，仍旧是晒盐得到的海盐。现在山东也开始淘汰煮盐，推广晒盐了。晒盐推广的原因也很简单，一方面因为海势东迁，海水中盐分降低，卤水的浓度往往达不到理想的要求，需要增加更多的燃料煎制，另一方面原有的近海草荡地逐渐被开垦为熟田地，用来耕种粮食作物。缺乏荡地迫使灶户们采用晒盐法。
除了制盐方式的不同之外，还有票盐法的实施也是朱翊釴所关心的，山东是实行票盐法最早的地方，从嘉靖年间起就在山东部分推行票盐法，隆庆二年时题准：“详查灶户贫富，分别上中下三等，除额办正课外，每年上丁纳票银二钱，中丁一钱，下丁五分，其票户各执三张以便行盐地方发卖。”
但是在票盐法实施的过程中，也出现了一些问题，其中最主要的就是食盐质量和价格问题，据朱翊釴的了解，一方面济南、青州盐价上涨，达到每票银一钱五分，另一方面登州、莱州盐区盐价却十分便宜，每票银才为七分，登莱两州盐价低且盐货品质不佳，发黑且苦，致使无人问津，只能降价出售。
除了这些问题之外，票盐法在实施过程中仍然有一些问题，因为票盐比引盐损失了一些盐税，所以盐政衙门想把这些盐税加到灶户们身上来，但是实际操作中这样的行为直接导致了私盐的大量产生，朱翊釴在奏疏中说道：“盖灶丁之贫富不同，上丁毎年课银八九钱，中丁五六钱下丁一二钱，量力征科岁有定额。今毎票银二钱五分，无论丁力之等则，无问盐货之多寡，立限追票，一概取盈，为力既难孰能强之，且灶丁领票一张，畏避纳银。经年不缴，虽驱而之州县，势必不能也，况一入官门便有苛索，彼何乐而受制官吏耶。往往减价贱售私通盐徒，而府卫州县廵盐官复以私盐比较追捕。”
除了这些问题之外，山东盐政和长芦、两淮还是有所区别的，其中最大的区别就是盐场分布的范围广，长芦、两淮盐场相对比较集中，但是山东盐政则不然，下辖两个分司，一个是管理南部盐场的的胶莱分司，一个是治理北部的滨乐分司，同时还设立了一个位于济南府附近的泺口批验所，分布在胶莱分司的盐场可以说是一个县府管理一个盐场，相对还是比较分散的。而滨乐分司所辖盐场分布则相对集中，这就加大了朝廷管理的难度。
除此之外，山东港口众多，但是官军水师薄弱，海防不强，朝廷将海防的重点都部署在北部和山东半岛上，整个山东的海防都是为了拱卫京师而设立的，朝廷在登莱修筑了炮台，山东水师的驻泊地也在登莱，导致其他地方的防备空虚，这确实是个值得注意的问题。
同时朱翊釴还注意到随着朝廷实施开海之后，山东的渔船增加，百姓生计有所改善，但是沿海官府对于这些渔船也要征收赋税，搞得百姓苦不堪言，朱翊釴认为应该将这些赋税予以取消。
对于朱翊釴的上疏，朱载坖也大致有所了解了山东的情况，和北直一样，山东也是要承担很多朝廷的额外摊派，所以搞得州县困顿，朱载坖对于这点是很清楚的。
朱翊釴还提到在实施赋役折色之后，民间的假币数量增加，往往坑害百姓，还有就是在实际征收赋税的时候，虽然朝廷制定了粮食的最低价格，但是很多州县无法实施下去，粮商压低粮价，逼迫百姓贱价销售粮食，以完赋税的现象仍旧是存在的，百姓的生活状况虽然有所好转，但是仍旧非常之窘迫，尤其是在山东，运河徭役对于百姓来说伤害极大。