朱载坖则是对内阁阁臣们加以安抚，朱载坖当然知道朝廷要休养生息，而且大征瑶人也要等到两广的道路修通之后才高动手，既然要征，就要一劳永逸的解决这个问题，决不能遗留给子孙后代，而且广西和云南的处理办法是不同的，对于广西，朝廷是予以先征讨后安定的，但是对于云南，可以采取相应怀柔的办法。
之前鉴于缅甸巡抚李贽颇有治绩，考绩优良，经吏部提请，朱载坖特旨升李贽为兵部尚书兼南京右都御史总督云贵，同时升原右副都御使、巡抚贵州李化龙为中南总督，李贽到任之后，详细考察了云贵的土司情况，认为云贵等地实施改土归流的时机已经成熟，可以进行改土归流了，但是要循序渐进。
李贽在给朱载坖的奏疏中认为，云南、贵州的土司，已经是熟夷了，再加上朝廷之前在西南用兵，对于这些土司们来说也是一个极好的震慑，他们现在对于朝廷还是比较恭顺的，循序渐进的进行改土归流的时机已经成熟了，李贽在奏疏中称：“一视同仁， 顺者抚之 ， 逆 者 杀之 ， 惟在安民。”
李贽认为云贵等地的土司：“蛮夷之人，性习虽殊，然其好生恶死之心未尝不同，若抚之以安静，待之以诚意，谕之以道理，彼岂有不从化者，此所谓以不治治之，何事于兵也？”
他们久事朝廷，对于大明还是比较忠诚的，大明要采取相对温和的方式加以统治，逐步的进行改土归流，首先就是推行文教，治国之要，教化为先，教化之道，学校为本，视学校为育贤之地，所有兴礼乐，明教化，贤人君子之所自出，要使得这些土司和他们的继承人接受大明的教化，才能够为朝廷推行改土归流创造条件。
以云南为例，现有二十二府、三十九州、三十一县、五直隶州、九宣慰司、四宣抚司、一直隶安抚司、七直隶长官司、五安抚司、二十七长官司，但是整个云南辖区之中，官学仅有不到三十所，而贵州就更惨了，仅有十四所，文教缺乏导致这些地方蛮夷得不到教化。
李贽认为，首先是要加强文教，教化这些蛮夷，同时为朝廷的改土归流创造条件，李贽在奏疏中请求：“当此怀远习狂焊之余，沦于夷貊，不知礼义久矣。兹者，地方荡平。正其改观易听之时，可以兴礼施教之会，设置社学，使夷风丕变。合将县内外各立社师，择其嗜学敦行者，凡土民八岁以上，俱入学听其教诲。其子弟内有谙晓文字者，县官申请学道，给予衣巾，以示激劝。其社师果训迪有方，亦听本县申请提学，准其充附帮补。若子弟不率教及社师虚冒名目者，亦听县申处。”
这样的话，才能够实行“以武功定天下，文教以化远人，此古先哲王威德并施，遐迩咸服者也。”
朱载坖将李贽的奏疏下内阁及礼部等衙门予以讨论，内阁认为李贽的看法既有好处，土官于三纲五常之道，懵懂莫知，让土司子弟入学学习儒家的传统礼仪及纲常伦理，通过教化使其明礼，待土司地区“斯文渐兴，风俗渐化”之后，便可以实现“教化行而驯服易，伦序明而争端可息也”。这样的话，对于朝廷来说，不需动兵就可以收服这些土司地区，当然是一件美事了。
东阁大学士、礼部尚书罗万化就向朱载坖上疏，认为李贽此本极为高妙，当年太祖时，就曾经令各地土司派遣自己的子弟到国子监来学习，曾经下旨给普定土司道：“王者以天下为家，声教所暨无闻远尔，况普定之君密迩中国，慕义来朝，深可嘉也。今尔既还，当谕诸酋长，凡有子弟，皆令入国学受业，使知君臣父子之道，礼乐教化之事，他日学成而归，可以变其土俗同于中国，岂不美哉！”
朝廷在云贵等地方推广文教，其目的是为了使得这些土司使知君臣父子之道，礼乐教化之事，为朝廷推动改土归流提供条件，礼部是极为赞同的，同时罗万化还提出了一个新的主张，就是文德绥怀，用罗万化的话说就是：“兵威宜先震慑，恩信尤加绥怀，必先得土司苗蛮之心，而后可为一劳永逸之计。”
罗万化向朱载坖上了一本奏疏，名为重文教以化导安辑疏，在李贽提出的方案基础了详细予以完善，罗万化在奏疏中说道：“云贵土司，狡性叵测，叛服无常，欲其归附，最难固结。然以威慑之，勉强一时；以德绥之，永戴百世。在昔黔宁王，始闻滇疆，克普克芒，不一而足。至越酋阿资降而复叛，王必麾兵击之，杀戮殆尽，其威行百蛮，诚赫赫矣。迨承平之后，筑城垣，设卫御，修惠政，简官僚，即土官子弟亦令其入学肄业，使知礼仪。且于朔望释菜毕，延师生于堂，设广席，坐土舍于侧，烹羔羊以食之；又于冬夏，制时衣以衣之，此岂虑各酋跳梁？故羁縻子弟以牵制乎。诚见各土酋梗逆，皆从幼失学，不知奉法尊王为何事，是以恃险逞强，敢行称乱，今在彼弱龄，复纵其桀骜而不之砥习与性成，异日好为不轨，于以覆宗灭祀不难矣。盖为滇、贵两省弹丸疥癣之虑浅，而为土属祖宗爵土之虑深，且饥而予食，寒而予衣，体贴土情，周到毕备。如此何患其叛也？”
罗万化认为，对于这些土司，要采取教化的手段，一方面，推行儒学教化，令土司子弟入学习礼，荡涤匪气，另一方面，注重缓和民族关系，如若逢年节，令师生共聚于堂，设以广席，土司子弟坐于侧，烹羔羊以食之，州县正印也要出席，使他们知道朝廷的恩义，对朝廷感恩戴德，才能够将改土归流以一种相对平和的方式逐渐予以推广下去，否则的话，地方板荡，对于朝廷来说也不是好事。