对于张四维等人所提出了现在大明朝廷所征收商税的种种不合理之处，而且朝廷上下对于此事的讨论也非常之热烈，唯独次辅申时行一言不发，朱载坖于是将申时行召到西苑来，询问申时行为什么不发一言，其实朱载坖很清楚申时行为什么不发一言，在征收商税的这件事情上，申时行是很矛盾的，申时行自己就出身于商贾世家，而且又是大明商贸最繁盛的苏州府人，对于商贾之道，他的了解并不比张四维少。
但是申时行可能面对很多的说项，希望申时行能够发声，但是申时行一直保持了沉默，所以朱载坖将申时行召到了西苑，君臣两人单独奏对，朱载坖问道：“申学士对于工商之税怎么看啊？”
申时行说道：“此系朝廷大政也，上干百姓之生计，下连朝廷之国课，不可不重也。”
朱载坖问道：“满朝臣子，都在就此上疏，申学士为何不发一言啊？”
申时行只得苦笑着说道：“眼下关市不征之说，甚嚣尘上，臣以为不可，但是朝廷皆以伍袁萃等为臣之乡党，臣不便言也。”
朱载坖当然知道伍袁萃这些人说的什么，但是朱载坖并不在乎，朱载坖在乎的是申时行对于此事的看法，作为当朝次辅，他还是具有很大的能量的，而且很多苏松出身的官员团结在申时行的周围，所以朱载坖要知道申时行的态度，申时行说道：“陛下，臣以为工商之税必征，而商税之弊亦必去，否则朝廷徒征税，而商人不获利，非善法也！”
对于申时行的这个说法，朱载坖是同意的，同时申时行还向朱载坖举荐了一个官员，他也是苏州府吴江县人，名叫沈季文，隆庆二年进士，现任河南左布政使，申时行认为他精于理财，而且地方经验丰富，对于商税之道有独特的见解，能够帮助朱载坖推动工商赋税的改革。朱载坖御于是召沈季文到京师来。
同时申时行对于朝廷现在的所谓关市不征的风潮深感担忧，作为朱载坖的近臣，他很清楚朱载坖的心思，但是这帮人未必明白朱载坖的意图，而且他们即便是明白，也未必会同意朝廷的工商赋税制度，他们心中只有自己的利益，哪里管什么国家朝廷，申时行私下里已经劝说过他们的，申时行的看法也很简单，工商税是肯定要征收的，但是朝廷可以在这次修订工商税的则例中将之前不合理的一些条款予以修改，这样的话，朝廷和商人之间就能够达成一种平衡了，但是他们显然不是这么想的，他们抱着所谓的关市不征不放手，想要逼迫朝廷让步。
申时行对此也是极为无奈的，朱载坖并非不可以谈的人，但是朱载坖对于官员之间的抱团结伙行为一向是非常之厌恶的，而且是抱团结伙想要逼迫朱载坖让步，申时行很清楚，这是绝不可能的，肯定会招来朱载坖的严厉打击，胡汝宁的下场就是例子，但是要是申时行现在就上疏明确自己的立场，他们肯定就会把矛头指向申时行，这不是申时行愿意的事情，所以申时行采取的办法是一言不发，不表明自己的态度。
但是对于朱载坖，申时行必须要说明自己的态度，并且提醒朱载坖，否则的话，日后清算起来，申时行就说不清楚了，所以申时行向朱载坖说明了此事，朱载坖对于他们私底下的活动也是很清楚的，朱载坖只说了一句：“且自由他！”
在申时行走后，朱载坖下达了一系列的诏命，对于人事进行了调整，朱载坖升原协理京营戎政兵部左侍郎赵锦户部尚书兼提督税务总署，起复原宣大总督陈其学为兵部尚书协理京营戎政，加中军都督府左都督、锦衣亲军都指挥使陆绎少保兼太子太保，赐忠诚伯，不予世券，忠诚伯也是当年嘉靖追赠陆炳的爵位，朱载坖变相实现了陆家的爵位世袭，虽然陆绎的忠诚伯也是流爵，并非世袭，但是厂卫以缉捕功劳封爵，已经是很不得了的事情了。
同时朱载坖特旨升前首辅张居正长子张敬修为顺天府少尹，升原首辅徐阶之孙徐元春为顺天府尹，原兵部左侍郎吴兑升兵部左侍郎兼户部左侍郎，提督海关总署，原大理寺卿吴时来升刑部左侍郎提督律例馆，原兵部右侍郎兼右佥都御史，巡抚贵州曾省吾调巡抚保定等处。
同时对于北直隶的行政关系再次予以调整，原本京师附近的兵防有蓟辽总督负责，但是现在蓟辽总督所管辖的面积实在是太大了，所以朱载坖在和内阁以及相关部院商量之后，撤销总督蓟辽、大宁、吉林等处军务事，改为两个独立的总督辖区，负责京师防御的直隶总督，和负责东北防御的辽宁总督。
原蓟辽总督凌云翼仍以兵部尚书衔总督辽东、大宁、吉林等处军务事，兼督理粮饷，以兵部尚书徐渭总督直隶，兼提督京师兵防，将直隶和京师的兵防牢牢控制在朱载坖的心腹手中，朱载坖对于官员进行了一系列的调整，但是京师内外和朝廷上有关所谓关市不征的议论确实越来越大了。
京师附近现在有一本名为江湖奇闻新书的手抄本在到处流传，上面说的是：“朝廷听言利之臣妄言，名为征商抑末以重农本，实则商税重而转卖之处必贵，则买之价增，而买者受其害，商不通而出物之处必贱，则卖者受其害。利民仅取及商，而四民皆阴耗其财，以供朝廷之暗取，尤甚于明加田税也。”
同时伍袁萃、高攀龙、安希范、刘元珍、钱一本、薛敷教、叶茂才等官员，持关市不征之说，向朱载坖上疏称：“生财本自有道，取民在于有制，人君不患财用之不足，而患用财之不节，取民之无制也。重加商税，是夺民之利也。”