朱载坖很久没有出现在朝堂上了，但是朱载坖用自己的行动表明了，朱载坖虽然将日常事务的处理交给了太子，但是一直在沉默的注视着整个朝廷，一旦朱载坖要出手的话，依旧是绝对不留情面的，对于这些想要倚仗宗族势力对抗朝廷的，朱载坖绝对不会轻易放过，胆敢挑衅朝廷的，朱载坖是觉不容忍的。
同时，原闽浙总督自陈不职，朱载坖也直接将其罢官永不叙用，调南京吏部左侍郎王篆加南兵部尚书总督闽浙等处军务事兼督理粮饷，要求王篆严厉惩处敢于抗税的行为。
而朱载坖则是在西苑召集太子和内阁辅臣、部院重臣，商量工商赋税的事情，朱载坖首先是要求对于现在工商赋税征缴过程中出现了各种弊端予以总结，而针对这些弊端，也要予以处理，阁部重臣们认为，现在从工商赋税的征缴实际情况来说，主要的问题还是对于各种赋税的打击力度不足，因为现在各地的课税司局人力不足，同时缺乏监督，税务分司毕竟是在省城，对于各课税司局的监督是有限的。
这就给了各课税司局弄虚作假的可能了，毕竟他们很多也是当地人，在接受贿赂之后睁一只眼闭一只眼也是很正常的事情，同时即便是课税司局或者是税务分司发现了一些偷税漏税的情况，移送地方官府或者是按察使司处理，速度也是很慢的，对于税务总署，重臣认为确实是需要有一支独立的查缉力量，来惩治各种的偷税漏税行为了。
这点得到了朱载坖的同意，朱载坖决定，在税务总署下设稽查总局，专门负责侦查偷逃税款的行为，各省直和重点地方则是要设立稽查局，归辖区的税务分司管理，他们专门负责侦办抗税、偷税、漏税等案件，不仅仅有大量文职的吏员负责查照证据，核算账目等，同时还有一支精干高效的武装力量，用于处置严重的抗税和偷税漏税，这样以来，涉及到税务的各种案件，由税务总署的稽查局侦查之后直接移送大理寺分司审断，无需再有地方官府插手，这样的话，巩固中央政权、强化税收征管，避免出现抗税和偷税漏税得不到惩治的情况。
同时也要加强对于地方各课税司局的管理和监督，对于这些课税司局的账目也要严格审核，实施更调制度，不光是官员，相关的吏员也要定期轮换，防止日久生弊，稽查局不仅仅要侦办各种抗税和偷税漏税，也要侦办税务部门内部的各种贪腐案件，所需要的各种的人员从国子监算学、明算科中选拔任用，同时从锦衣亲军中调派人员给稽查局，提督稽查总局加锦衣亲军副都指挥使衔，可以利用锦衣亲军的驿传渠道，直接向朱载坖奏报。
同时在各省直设立转运使，由各省直税务分司长官兼任，其职务全称为某省转运使兼提督税务分司，负责通省的非农业赋税的征缴和各种物资的解运，同时针对南直、浙江、江西等省，在省转运使之上还有驻节松江府的东南发运使兼漕运使，负责将东南各省直的赋税以及朝廷所需要的各种物资，通过海运和漕运转运到京师来。
朱载坖还命令户部，制定详细的赋税征收、解运流程，保证朝廷的赋税如期征解，在朱载坖的严旨之下，朝廷征收工商赋税的政策开始得以推行，同时朱载坖通过诏书昭告天下，百姓可以直接到各课税局、稽查局举报各种偷税漏税的行为，朝廷以查实的百分之五奖励给百姓，同时对于曾经偷税漏税但是主动自首的，可以补缴赋税之后免予处罚，偷税漏税被查获了，能够补缴税款并且罚款之后，也可以免予处罚，但是对于第二次偷税漏税，不仅要加重处罚，还有抄没家产。
这些诏书，不仅通过邮驿系统还通过皇明时报予以传播，对于朱载坖严厉打击这些行为，朝廷上下认为朱载坖处置的手段过于严酷了，但是朱载坖根本不为所动，朱载坖很清楚，能够被查出来的偷税漏税能有多少？以朝廷现在的能力，有很多偷税漏税的情况朝廷是无法掌握的，在这种情况之下，为了保证朝廷的赋税征缴，朱载坖不得不采取严刑峻法。
不过对于朱翊釴这次的处置，朱载坖还是很满意了，隆庆二十四年是一个相对比较好的年份，从隆庆十八年开始的连续旱灾在隆庆二十四年终于有所缓解了，这次干旱地域广、变化大，大范围干旱持续6年。干旱事件可分为前后两段，前段呈北旱南涝的旱涝分布格局，后段旱涝分布格局有改变，北方开始多雨，干旱区扩大并南移至长江流域及江南。由各省逐年受旱成灾的县数量不少，前段受旱最重的是河北、山西，后段受旱最重的是南直隶和湖南，旱灾持续最久的则是河南。
虽然有引进的各种作物和朝廷的储备，但是民变和流民问题一直是悬在大明君臣上的一把利剑，这也是之前为什么朱载坖对于物价上涨这么紧张的原因，隆庆二十三年的大旱最厉害的一年，各地河湖井泉干涸记录可旁证干旱程度，例如，南直“淮河竭、井泉涸、野无青草”；浙江“运河龟坼赤地千里，河中无勺水”等。幸好朱载坖在之前大力的加强仓储，有了常平仓和京通仓以及各地备荒仓的支持，还有从暹罗、占城能地海运而来的粮食，同时朝廷实施大规模的移民政策，将这些受灾地区的灾民迁移到辽东、大宁、台湾、河套等地，才勉强度过了。
而在隆庆二十四开春，各受灾省份都奏报今年还是风调雨顺，能够正常开展农耕了，正对于朝廷来说无疑是一件好事，因为朝廷的仓储也已经快要见底了，要是再继续持续下去的话，朝廷的仓储一样支撑不了。