朱载坖虽然已经下旨命令锦衣亲军优待余懋学等人了，但是对于释放他们，朱载坖一直没有松口，朱载坖对于他们，既没有说处分，也没有说释放，朝廷上下对于此事还是非常之关注的，内阁的压力也是很大，在这种情况下，申时行等人亲自请求朱载坖召见，为余懋学等人说情。
申时行等人的意思也是很明确的，就是希望朱载坖能够放过余懋学等人，平心而论，朱载坖对于余懋学的观感，并没有对于丘云章、杨四知那么坏，余懋学、于慎行等人，虽然也是在弹劾张居正的，但是基本上还是能够据实弹劾，并没有说胡编乱造，朱载坖当然知道张居正不是完人，为了推行新政，张居正有些时候是对于政敌甚至是异己势力的打击同样是很残酷的，但是朱载坖不能因为这些事情就否定张居正，因为张居正现在是和新政联系在一起的，朱载坖为了维护新政，必须要维护张居正的。
对于之前被张居正打击的一些人，朱载坖可以酌情予以起复，但是对于张居正的一些过失，朱载坖不能因此来追究张居正的责任，这点内阁已经领会了朱载坖的意图，所以虽然申时行向朱载坖提请起复了一批官员，但是绝口不提他们之前被贬谪的事情，这次申时行等人来，主要是希望朱载坖将余懋学等人予以开释。
朱载坖将太子、皇长孙等人也叫来一起旁听此事，申时行说道：“陛下如天之德，泽被万民，余懋学等无知小臣，轻信妄言，已被惩戒，陛下何妨宽恩，将其开释，以彰陛下之仁也。”
朱载坖听了申时行等人的话之后说道：“申学士的意思是将其开释，朕意未尝不可，然开释之后，作何处断啊？”这确实是朱载坖一直在考虑的问题，释放他们两人其实并不是什么难事，朱载坖也早有此意了，但是释放之后怎么处理，却是一个很重要的问题，他们是因为上疏言事得罪的，朱载坖要是将他们就此开释，是否会在朝廷之中引起波澜，这才是朱载坖关心的问题。
申时行也明白朱载坖的意图，对于这些事情，申时行早就想好了对策，他也很清楚朱载坖的意图，就是不能够动摇朝廷新政，所以申时行等人认为，再开释之后，将他们外放地方，不准朦胧推升，以示惩处，明确朝廷的态度，同时开释也以朱载坖特旨的名义下达，表明这些天恩浩荡，同时申时行还呈递了张敬修的奏疏，他也为这些因为上疏言事的臣子求情，希望朱载坖能够减轻处罚。
朱载坖思虑再三之后说道：“且看张师傅面上，将余懋学等人开释，降三级外调。”除此之外申时行等人还想为丘云章、杨四知等人亲属求情，但是这事被朱载坖一口回绝，朱载坖对于此事仍旧不松口，对于此事朱载坖断然予以拒绝，在这点上，朱载坖绝对不会松口的，朱载坖直接说道：“朕这是为了诸位好，这点诸位要清楚！”
朱载坖将话说死之后，申时行等人也不好说什么，只好告退，朱载坖将王锡爵单独留下，和太子、皇长孙一道在无逸殿内，朱载坖问道：“王锡爵怎么看此事啊？”
朱载坖之所以将王锡爵留下就是因为他和申时行不同，这点朝廷上下是有公论的，申时行生性柔和，而王锡爵性刚负气。从某种意义上来说，王锡爵和张居正才是最相似的的人，从某种意义上来说，王锡爵是很能够理解张居正的，原本在张居正被清算的时候，王锡爵也是少数敢于帮张居正的发声的人之一，王锡爵就曾经说过：“江陵相业亦可观，宜少护以存国体。”
对于王锡爵来说，他也是自张居正之后少数真的想要有所作为的首辅之一，所以朱载坖才将王锡爵留下来询问他对于此事的看法，对于朱载坖的询问，王锡爵当然知道这是一次考验，朱载坖和王锡爵都很清楚，申时行固然能够调和鼎镬，维持朝廷的团结，但是这既是申时行的长处，也是申时行的弱点，朱载坖担心的是申时行过于圆柔，无法坚守底线，所以内阁中必须有一个能够坚守底线，同时有相应的政治谋略和权术的人，即便是朱载坖不在了，也能够坚持新政，继续推动下去，朱载坖看好的人选就是王锡爵。
面对朱载坖的询问，王锡爵也提出了自己的看法，这次这些官员们上疏，有部分官员是抱着匡正得失的想法上疏的，他们主要是对于张居正等人在执政过程中的一些弊端予以上疏的，他们的起心动念并不能够算坏，主要是对张居正政策上一些具体措施有所不满，还有就是对于张居正对于政敌的酷烈打击提出了异议，他们并不能够算和朝廷或者是朱载坖作对。对于王锡爵所说的这点，朱载坖还是认同的。
而另外一些人，如丘云章、杨四知等人，他们主要是和张居正有个人恩怨，以丘云章父子来说，就是一个很扯淡的人，当年他担任巡按的时候，时任湖广巡抚方廉私下赠与丘橓五两银子，丘橓竟然奏报朝廷，说方廉是私相授受，违法乱纪。实话说，虽然方廉的行为确实有私相授受之嫌，虽然私下往来不收钱确实是高风亮节的体现，但是五两银子，恐怕只有在洪武年间才会有人当回事，但是这事出了，朝廷也不能不管，最终的结果是方廉去职回，老家闲住。
要知道，方廉好歹也算是和丘橓一条战线的人了，丘橓尚且如此做，可见其心性了，而在被罢官回乡之后，其他官员的往来馈赠，他概不接受，就一个人穷着。但是他也以此为由不向朝廷缴纳赋税，当地的县令也是个妙人，眼见丘橓欠的账越来越多，一不做二不休，直接奏报朝廷，请求用丘橓拒绝的赠银抵偿他拖欠的税，积所却数百十金请抵所逋赋，可见此人的怪癖了。