拜巴噶斯自然是不这么看的，他认为和硕特部怎么能够放弃这边土地，去往北方呢？自己刚刚为父报仇，在卫拉特四部中树立起崇高的威信，这个时候拱手将这些自己的住牧地让给了大明，自己以后怎么做卫拉特的盟主，但是他母亲阿海哈敦制止了拜巴噶斯的想法，她想的很简单，部落的存亡是最大的事情，只要和硕特部仍旧存在，就有东山再起的可能性。
而且她也仔细权衡过利弊，如果三部来援，打不过官军还好，大不了大家已经流浪在北方，要是瓦剌人击败了官军，那他们的实力和威望就会大幅度的上涨，和硕特部才是面临生死存亡的威胁，而现在和硕特部实力尚存，即便是到北方去，也仍旧是卫拉特四部中的强者，要是大明真的能够支持和硕特部的话，和硕特部是可以继续称雄卫拉特部的。
这点也得到了很多和硕特部贵族的支持，因为和硕特部和俺答还有土默特部之间关系密切，是很清楚土默特部现在的情况的，在封贡之后，土默特部的日子好过了很多，大明和土默特部也能够和平共处，所以她决定和让出乌鲁木齐，北上，首先和硕特部向李成梁通报了他们的决定，请求李成梁不要再阻拦他们取水和采取了。
李成梁和和硕特部的使者商定了和硕特部每天取水和樵采的数量，还有和硕特部北上的日期之后，和和硕特部达成了协议，同时李成梁还出钱从蒙古人手中换取了一批牲畜，蒙古人长途跋涉，很多牲畜是无法带走的，不如留给官军作为战利品，在商定好这些之后，李成梁保证不会在袭击北上的和硕特部之后，和硕特部在经过一番准备之后离开了轮台故城，北上转移，失守八百余年的轮台故城被收复了。
官军就利用轮台故城作为越冬的大营，驻扎于此，同时向朱载坖报捷，而在京师，入冬以后，朱载坖的身体肉眼可见的变差了，两次风寒使得朱载坖不得不卧病在床，连批答奏疏都是是司礼太监念过之后，朱载坖口授再用印发出的，翰林医官们已经多次劝说朱载坖静养，但是朱载坖说道：“苟以天下之大，四海之扰，岂可有闲暇乎？在昔若非唐玄宗怠政，岂有天宝之祸也？”
朱载坖在病情好转之后，除了礼仪活动由太子和定国公等人恭代之外，还是照常批答奏疏，召见重臣，同时就是皇太孙待在身边教导了，原本每年冬至前后，朱载坖都会车驾巡城，一来是向京师的贫苦人家赏赐米麦、煤炭等物资，二来就是向京营、禁兵、亲军诸卫发放冬衣，加以赏赐，但是今年翰林医官们力劝朱载坖只宜在西苑静养，内阁辅臣们也纷纷上疏请求朱载坖静养，而太子则是要处理日常政务，无法脱身，所以这个任务就到了皇太孙的身上了。
朱载坖于是仔细的交代皇太孙要做的事情，虽然户部、内廷还有兵部、五军都督府、练兵军务处等衙门早就拟定好了相关的条陈，但是朱载坖还是不厌其烦予以教导，要仔细查看朝廷施粥的情况，每日粮食、柴炭的用量，还有翰林医官院施药的情况，对于士卒们的冬衣是要尤其重视的，不管是京营还是亲军诸卫、御马监禁兵，在发放冬衣的时候，都要亲临现场去看看，仔细检查冬衣的质量，随机询问士卒们的饱暖情况。
同时在羽林左右卫吃两顿饭，不管军中伙食如何，不准面有难色，笑着吃完，和士卒们谈谈，不必所深，问问他们的姓名、年龄、从军几年了，家中的情况，军饷、被服等是否够用，这些都要一一予以询问，皇太孙都答应下来了，朱载坖说道：“皇爷爷老了，以后这些事情就要你来做了！”
皇太孙说道：“皇爷爷不老，李师傅说皇爷爷万寿无疆。”
朱载坖听罢只是笑了笑，让皇太孙去准备，同时朱载坖叫来了司礼监张宏，说道：“给皇太孙天子仪仗，具卤簿法驾，去办吧。”
皇太孙走后，朱载坖还是照常在无逸殿内批阅奏疏，现在朱载坖比较关注是各种常平、备荒仓的仓储情况，所以之前朱载坖命令各地上报仓储情况，同时要派遣巡按御史等予以监察，同时再度拨出部分存粮，平价卖给百姓，同时对于今年受灾的府州县蠲免赋税，加以赈济。
除此之外，朱载坖关心的就是安南的战事的，在朝廷增兵安南并且采用了俞咨皋的办法之后，吴惟忠指挥的安南官军终于将形势稳定下来了，官军接连在安南大胜，阵斩安南叛军以万计，但是由于官军要迁移部分安南百姓，导致了官军和这些安南百姓的冲突，不过总体来说，官军还是在逐渐的将安南的形势稳定下来。
而安东都护方逢时和征东大将军刘綎则是向朱载坖奏报了现在倭国的情况，在安东都护的支持之下，这些年以来倭国朝廷的地位逐渐做大，现在对于地方有了压倒性的优势，但是他们现在有些不知道轻重了，一些倭国的公卿认为大明驻军倭国是对倭国的侵略，同时大明每年从倭国运走大量的金银，使得倭国成为大明的金银产地，大明的棉布、白糖等物行销整个倭国，使得倭国的麻布没有市场，大量的农民破产，为了糊口，不得不到大明的金银矿区充当矿工，为大明开采金银。
他们为此有些异议，希望能够和大明签订一份更加公平的条约，方逢时认为要严厉打击这种情况，对于这些人也要严厉镇压，朱载坖叫来了锦衣亲军都指挥使陆绎，问道：“现在锦衣亲军中有没有老诚可靠，心思缜密的人？”
陆绎向朱载坖推荐了骆秉良，他也是当年嘉靖从湖广带来的亲信后代，当然是相对比较可靠的，朱载坖于是决定，加骆秉良指挥佥事，率领精干校尉到倭国去详细侦查之后再做区处。