这些行都司可以跨省配置，不受行政区域的限制，同时在编制上归属了中军都督府管理，是朝廷配置在一定区域内的战略预备队，在指挥上直接受朝廷的指挥，由练兵军务处负责考核军事训练，所有的物资、军器和装备的配置和京营一致，这些行都司虽然是都司卫所的编制，但是屯田军士和脱产军士的比例是五五开，同时脱产军士的训练和编制也与京营和亲军诸卫一致，没有任何区别。
在指挥权限上，由必须由皇帝特旨才能够调动，但是在上谕的情况下，地方督抚在特殊情况下可以调动行都司的兵力在特定的辖区遂行任务，同时行都司和镇协官军一样，实施更戍法，各行都司与中都、兴都留守司一样，士卒和部队会实施轮换制度，同时和京营也要进行交流，防止出现抱团的情况。
至于到底应该设立多少行都司，则是要兵部会同练兵军务处和五军都督府一道予以确定之后再上报朱载坖御批，除此之外还有一支武装力量值得重视，就是巡检官军，这支具备警察性质的官军，现在人数也不少了，按照宋金旧制，巡检司属州县管辖，通常为管辖人烟稀少地方的非常设组织，品秩最低且军事属性突出，无常设主官管辖，典型代表为隶属晋江县的澎湖巡检司。
但是大明的巡检司显然职权更重，设于关津要道稽查行人、缉捕盗贼，职能扩展至盘诘奸细、查禁私盐及管控流动人口。大多数州县不仅设有巡检司，而且在许多州县内还设有多处巡检司。更为重要的是，大明巡检司已经制度化、规范化。巡检司一般设于关津要道要地，归当地州县管辖，巡检统领相应数量的弓兵，负责稽查往来行人，打击走私，缉捕盗贼。
不过对于巡检司和其麾下的弓兵到底属于刑部还是兵部管理，其实一直都是有很大的争论的，刑部认为：“至于巡司，虽系兵防，然府县所属，故并不入纪事，固各有统类也。”因为巡检司官军所承担的业务更多是归刑部管理，所以一直是由刑部和各省直提刑按察使司直接管理指挥的。
之前由于弘治之后，各地巡检司大量裁革。朝廷是节省了一笔费用，但是地方的治安状况急剧恶化，各种土匪强盗层出不穷，这种情况极大的影响了经济的发展和商贾的贸易，朱载坖即位之后，对于这些好汉的态度是很明确的，既然要当好汉，不如去哈密、缅甸、交趾、安南、辽东、吉林这些地方去，这些地方显然更需要好汉们。
所以多次调动官军剿除匪患，然后就是大量恢复巡检司，加强朝野对于地方治安的管理，现在地方的匪患确实是得到了很大程度的遏制，巡检司在其中作用还是很大的，但是关于巡检司的归属问题，刑部、兵部等相关衙门仍旧在不断的争吵之中。
首先就是巡检司的性质，刑部认为巡检司主要维护治安，只不过就是武装的衙役罢了，和官军还是有区别的，不属于大明官军的建制，仍旧是由地方府州县和提刑按察使司到刑部巡检总署予以管理的，但是兵部显然不是这么认为的，兵部认为巡检司配置军器，承担剿匪等职能，很显然就是属于官军，虽然巡检司的配置的军器不如镇协官军，一般也不配置甲胄、战马和火炮，但是毕竟是经过训练的，应当将巡检官军移送兵部管理。
刑部当然是不干的，刑部的理由等很简单，巡检司所承担的任务都是刑部的活，难道你兵部想要越俎代庖吗？朱载坖询问朱翊釴的看法，朱翊釴也比较支持刑部的看法，毕竟巡检司所承担的任务确实是和刑部相关的，同时巡检司配置分散，在地方由各府州县予以管理，收归兵部也显然不现实。
朱载坖于是问道：“那太子知道现在天下巡检官军有多少人数吗？”
这些数据太子还是有数的，据刑部的奏报，天下各省直的巡检司一共是员额是三十二万余人，这个数字已经非常之庞大了，尽管巡检司官军的数量、装备和战斗力并不能够和官军相比，但是也已经是一支非常强大的武装力量了，朱载坖认为不能够等闲视之。
当然，从现在看来，刑部管理巡检司官军还是比较合适的，因为这样也便于调动使用巡检官军的力量，毕竟巡检司的主要作用就是维护地方治安秩序，但是朱载坖认为兵部和朝廷也要加强管理，首先就是将巡检官军纳入军籍，方便朝廷的管理和核实人数，各省直的巡按御史和清军御史都要负责清理各地巡检司的实有人数。
同时就是对于巡检司的各种职能的划分，现在提督巡检总署的职权还是很重的，不仅仅负责户籍的登记管理，还有治安维护，刑事侦查，打击私盐等，而随着大规模匪患的解决，巡检总署要将主要的经力放在治安维护、侦查和户政管理上来，剿灭地方叛乱的巡检职能则要相对上收。
朱载坖命令在各省直按照实际情况配置相应的巡检游击营，直接受巡检参将的指挥，专司机动打击大规模的叛乱和民变、土匪等，这部分的巡检官军，虽然在管理上仍然由刑部和地方按察使司、府州县负责，但是其训练、装备保证等事宜，由兵部负责，他们也是地方官府手中的一支武装力量。
同时将内地督抚对于卫所、镇协官军的指挥权予以解除，不再向内地督抚再发放王命旗牌了，各都司和镇协官军都直接听命于朝廷，尤其是内地的官军，只要沿边沿海的督抚，由于要承担边海防的重任，给王命旗牌，用于在限定的区域调度指挥限定的官军，不得超越职权范围，不得随意弹劾、处置军官。这点也是很重要的。