对于朱载坖的这个看法，太子和重臣们也认为是有些道理的，对于朝廷来说，钱粮始终是朝廷和地方博弈的重要问题，围绕着钱粮问题，朝廷和地方是不断在博弈当中，地方希望为自己争取更多的钱粮，而朝廷则是希望尽可能的将更多的赋税收归朝廷支用。
在这种情况之下，户部在其中所发挥的作用就是十分之重要的，户部和其下属的各个衙门，必须具备足够的权威，能够在相关的事务上贯彻朝廷的意志，这点也是很重要的，而且户部所辖的下属部门过多的话，尚书和侍郎们也无法有效的进行管理，这点也是非常之重要的。
对于户部的改革，首先是要从确定户部的职权范围做起，对于户部来说，现有的职权确实是过于多了，要将其中的一部分职权从户部本衙中拿出来，减轻户部的压力，使得户部更好的行使朝廷最高财政机关的职能。这点是非常之重要的。
朱载坖在和重臣们商量之后，决定首先将仓储以及农业相关的部门从户部移出，设立专门的衙门予以管理，农业是现在大明最重要的事情，这点不光朱载坖很清楚，重臣们也是十分清楚的，农业和仓储，是关系到大明的国祚的，这点别说是朱载坖，就是重臣们也不敢懈怠，之前虽然有总督仓场，后来朱载坖又恢复了司农寺，但是都是在户部的管理下运作的。
但是现在总督仓场衙门和司农寺本身的业务就十分之繁杂，总督仓场负责管理朝廷直属的各个大型的储备仓库和边镇的军储仓储，之前户部所属的管粮郎中和主事也是由总督仓场衙门所管理的。
而司农寺的职责就更多了，按照会典，司农寺的职责是：“掌分储委积之政令，总苑囿库务之事而谨其出纳，少卿为之贰，丞参领之。凡京都官吏录廪，辨其精粗而为之等；诸省直岁运至京师，遣官阅其名色而分纳于仓庚，藁秸则归诸场，岁具封桩、月具见存之数奏闻；给兵食则进呈粮样，因出纳而受赂刻取者，严其禁；有负欠者，计其亏数上于仓部。凡诸省直奏雨雪之阙与过多者皆籍之。凡苑囿行幸排比及荐飨进御、颁赐植藏之物，戒有司先期办具。造麹蘖、储薪炭以待给用。”
司农寺负责大明的农业管理，地方仓储和赈济等事务，事务也是非常之繁杂的，这点朱载坖也是很清楚的，所以为了加强朝廷对于仓储、农业的管理，朱载坖决定将这些事务从户部拿出来，将司农寺升格为司农院，负责整个大明的仓储、农业、赈济等事务的管理，而在户部仅仅保留一个广储司，负责对于这些仓储进行监察的职能，原总督仓场也并入司农院。
新成立的司农院，职权就相对比较大了，负责朝廷仓储管理、农业发展，赈济以及粮食价格的调控等事务，还有新作业的选育和推广，是大明分管农业的相关部门，由原总督仓场杨俊民出任司农院卿。
同时明确户部的相关职能，根据朱载坖和重臣们的商量，户部是朝廷管理财政的重要的部门，而管理财政的首要问题，就是度支，朱载坖之前是在朝廷和地方建立了预算决算制度，但是在户部并没有建立起相关的制度，但是在前宋的三司制度上，就是度支、盐铁和户部，所以朱载坖认为户部的一项重要的职能就是度支，要建立专门的度支机构，负责管理朝廷和地方的预算与决算。
而由于度支的重要与复杂，以一个清吏司来进行管理显然是不合适的，这点不要是朱载坖，就是重臣们也很清楚，所以在朱载坖和重臣们商量之后，决定在户部下设度支总署，专司度支事务，下设承政、参议二厅及田赋、漕仓、税课、莞榷、通阜、库藏、廉俸、军饷、制用、会计等十司与国库经历司。
按照度支的各项职能，各司分掌职务，田赋司掌土田财赋，稽核大明全国庄田地亩。漕仓司掌漕运以及仓储运输事务，核销仓谷委积，各省兵米数，并对其账单、簿籍进行核对。税课司掌商货统税，审核海关，常关盈亏。莞榷司掌海法杂课，盘查道运，各库振敛、禁榷专卖之税，均审校核实。通阜司掌矿政币制，稽核银行、币厂的公续。库藏司掌国库储藏，典守卫颜料、缎匹等库。廉俸司掌核给官禄，审给百司职钱、文钱。军饷司掌核给军饷，审核各省投解协饷。制用司掌核工程经费、京协各饷，兼司杂支例支。会计司掌国用出纳，审计朝廷和地方的收支，编制收支报表。
这些部门分门别类，以专门职能进行对口管理，这样才能够保证朝廷的度支事务顺利，除了度支之外，重要的就是审计了，之前朱载坖将审计的职能是放在都察院的，目的是为了加强监察，在都察院内设立有审计总署，各省直有审计署，负责对于各省直和朝廷的预算决算进行审计，但是都察院毕竟是专门的监察机构，审计总署在都察院也有不便之处，一些发现的小问题无法得到及时处理，同时由于是都察院下设部门，户部对于审计署一向是十分防范的，审计总署之前的工作开展的并不顺利。
所以朱载坖和重臣们商量了之后，决定将审计总署和各省直审计署转交户部管理，审计署对于大明内外官署、官军、工场的一应账目都要予以稽查核实，对于所发现的问题，户部能够处理的自行处置，金额过大的以及涉及违犯大明律的，由审计总署直接向都察院呈报，由都察院予以题参。
同时都察院也要专门派遣一名佥都御史和相应的御史驻审计总署，查看审计总署的各项审计结论，对于可能有贪墨的行为，都可以予以题参，各省直审计署按季度向巡按御史呈报审计报告，供巡按御史监察，同时在司农院、五军都督、练兵军务处等衙门也要设立审计署，负责审计财务。