除了这些事情之外，朱载坖还启动了对于提督、总兵防区的重新划设，厘清整个朝廷的兵防体制和官军的驻防配置等事项。
首先就是明确朝廷官军的职责，不管是镇协官军还是各都司的脱产军士，都是朝廷的经制之兵，备守战，兼征伐是官军的主要任务，而对于地方安定等事项，则是主要由地方巡检官军负责，只有出现大规模的叛乱等地方无法处理的事情，朝廷才会调动镇协等官军予以镇压，加强地方官府实力。
对于边疆防御的调整，主要是根据实际任务来确定的，要详细的审查大明现在的国防情况，根据所受到的现实威胁来确定各边镇的辖区，同时区分外边和内边，还要加强海防等建设，对于九边，将部分边镇予以裁并，以减少朝廷所直辖的军镇数量，同时为沿海省份总兵官加海防，全称为镇守某地总兵官兼理海防，加强大明的海防，同时南北两直隶由于地位重要，所以不是镇守总兵，而是由提督军务予以镇守。
在东北方向，主要是两镇官军，也就是原辽东镇和大宁镇，同时将吉林都司划归辽东镇管理，镇守辽东总兵官由广宁移驻沈阳，方便指挥，在两镇三都司之上，是辽东总督和辽东提督，专门负责朝廷在东北方向的防务。
而在京师当面，蓟镇、真保镇、昌平镇、宣府镇地理较近，同时又是京师的门户，所以合并到一起，由直隶提督指挥，同时撤真保和昌平两镇，将这两镇的辖区交给蓟镇和宣府镇，同时两镇之兵也回归各镇和直隶提督直辖，在天津设立直隶海防总兵，负责管理直隶水师和岸防炮台，和北洋水师一道拱卫京师。
而本次改革的重点就是宣大山西等镇了，这里之前是朝廷的重点设防的地方，也是防备蒙古的前哨，这里驻防的官军数量众多，是朱载坖即位关注的地方，朱载坖认为，现在和蒙古实现了封贡，朝廷不必在山西屯驻重兵了，而且山西边镇数量太多，地方供应也非常之困难。
朱载坖在和军机处商量之后决定将原大同镇、山西镇合并为山西镇，同时从东胜卫到开平卫的大明塞外卫所、原万全都司各卫所等统一整编为山西行都司，设立万全镇，以万全镇为外边，山西镇卫内边，统一山西境内的兵防体制，同时将原宣大总督和提督改为山万总督及提督，负责山西和万全的防务，直接负责防御北虏。
而比较麻烦的是三边等辖区，之前朝廷在这些地方所设立的军镇不少，宁夏镇、固原镇、延绥镇、甘肃镇等，朱载坖认为要予以裁撤省并，同时由于设立了甘肃布政使司，原本陕西是边镇，现在不再临边了，成为内地军镇，同时青海作为朝廷日后经略乌斯藏的重要据点，地位也相应上升，所以朱载坖决定将原来的三边予以裁撤合并，设立新的甘肃镇和宁夏镇、青海镇，陕西镇退出边镇序列，原来三边总制和三边提督仍旧保留，但是辖区有所变化。
三边总制管辖甘肃、青海和宁夏三布政使司，三边提督则统帅甘肃、青海、宁夏三镇，陕西布政使司和陕西都司、陕西镇都退出边镇序列，成为内陆省份，这点的变化是很大的，而西域则成为单独防区，由总督、提督和相应的总兵、都指挥使负责。
而在内陆省份中有，也有各种不同的情况，如湖南、广西、四川、云南等省份，虽然是内地，但是由于其辖区内有大量的土司，所以也要予以关注，增强兵力，防止这些土司作乱，沿海的海防也是极为重要的，所以军机处对于整个大明的兵防都有予以重新规划，调整。
而新编制的实施也在京营和亲军诸卫中开始试点了，朱载坖在广泛征求了军中将领和朝廷官员们的意见之后，决定以团营作为大明的基本单位和战术编成，之前的团营是大明京营的一种编制，在土木之变后，由兵部尚书于谦从京军三大营中选拔精锐组建十团营，旨在强化训练与指挥统一，宪宗皇帝即位之后，选拔三大营中的精锐十二万，成立十二营。包括四武营(奋﹑耀﹑练﹑显)、四勇营(敢﹑果﹑效﹑鼓)、四威营(立﹑伸﹑扬﹑振)。各营又分为五军、三千、神机三营。由十二位侯爷掌军，各部都由勋臣做提督或都指挥来辅佐，由内臣做监军。其军士称为选锋。
虽然用团营之制，但是朱载坖的团营显然和当年的团营有所不同，营是大明官军的基本战术单位，通常由主力兵种和一些辅助部队所构成，朱载坖在和军机处大将们商量了之后，认为步卒一营四百六十人，长官为把总，下辖步卒三队三百人，炮队和其余辎重部队以及营直属队。
马军一营三百二十人，骑兵三队二百四十骑和营直属队、辎重部队等组成，还有炮兵营，一般以十八门火炮编为一营，这样由若干个营组成团，就构成了官军的基本战术单位，团的兵种相对齐全，有一定的自持力，能够独立作战，就构成了官军的基本作战单位。
按照朱载坖的设想，在北方步卒一团由步卒三营、骑兵一营、直属炮队、辎重队、工兵队和团直属部队组成，南方步卒一团由步卒三营、骑兵一队、直属炮兵两队、辎重队、工兵队、和团直属队等组成，一团步兵在二千三百到二千五百之间。
骑兵一团由骑兵三营、轻炮一营、尖哨二队和辎重二队和团直属队构成。
而由若干个步兵和骑兵团以及炮兵营、辎重营、尖哨营等直属部队就组成了一个师，师是镇守要地的主要的作战力量，也是一镇的主力，直接由总兵指挥，而在各分守辖区，以团为基干，扩充兵力成为旅，负责分守要地，由参将直接指挥。