对于官军的事情，朱载坖一向是极为上心的，即便是现在朝廷的一应政务朱载坖都基本上交给了太子负责处理，但是对于官军的调度，朱载坖一向是亲力亲为的，当然朱载坖也开始逐步放权给太子了，尤其是边军的调度，朱载坖已经逐渐让太子开始介入，同时在朱载坖的介入之下，太子也开始参与军机处的会议，和军机大臣们商量军国重事并且作出决定。
而朱载坖的重心也从朝政事务向其他的事情转向了，朱载坖现在主要就是两件事情，第一就是教导皇太孙，第二就是和朱载堉、赵士祯一道对于科技方面的问题予以处理，朱载坖命令将文思院、格物院、军器监等衙门在西苑内设立办公场所，而当年万寿帝君用于炼丹的场所现在都被这些机构所占据了，而无逸殿则是内阁辅臣、军机大臣们值守西苑的地方。
一旦这些机构有什么发现或者是新的进展，朱载坖总会和内阁辅臣们和军机大臣还有皇太孙等人一道去查看，朱载坖希望用这种潜移默化的影响，来一点点纠正皇太孙和重臣们的看法，在改定了武散官制度之后，朱载坖还明确要求对于文散官进行改革，同样设立从正一品到从九品的文散官官阶，不仅仅是文官们可以获得，同时对于一些技术人才等也要授予文散官。
而在朱载堉和伽利略等人的努力之下，成功建立了大明的度量衡体系，同时测定了大气压力等，这对于日后的蒸汽机的发展是有极大的好处的，在格物院的努力之下，将测定气压的原理交付文思院，用于制造能够使用的气压计，为蒸汽机所使用，而之前的蒸汽机也能够实现部分的实用化了，在一些工场已经开始作为动力使用了，而伴随着蒸汽机的增加，自然就是对于煤炭的需求激增，这点朱载坖还是很清楚的，现在朝廷也在加大对于各种矿产的勘探力度，虞部作为专门负责工商矿冶事务的部门，自然是要解决朝廷的这些问题的。
除此之外就是运输的问题了，对于煤炭这种大宗物资来说，最大的问题就是运输了，煤炭沉重，要想运输就要花费很大的成本，一旦煤炭的使用地和煤炭的产地距离过于遥远的话，运输成本就是很高的，这也是煤炭现在没有办法大规模推广使用的主要原因，朱载坖也在思考解决此事的办法，虽然现在大明已经有了蒸汽机，但是要想大规模实用还需要很长一段时间，这点朱载坖是很清楚的，但是这并不妨碍朱载坖开展一些研究。
朱载坖和文思院的工匠们商量了之后，认为可以使用轨道运输，这个技术难度并没有这么大，可以使用畜力牵引，这点是非常之重要的，大明现在还是拥有很强的技术储备的，使用轨道这个并不难，主要是要生产标准化的车厢，还有对于道路进行的改造，这些都是要予以改造的事情。
而除了这些事情之外，朱载坖比较关注的就是后膛燧发火铳的研制和生产，这点是朱载坖一直很关注的事情，但是军器少监赵士祯虽然是火器专家但是对于后装火铳依旧是不看好的，赵士祯认为，后装火器都存在气密性差的缺点，影响了射程、杀伤、精度，这点是其天生的弊端，当然后装火铳也确实是有一些好处的，后膛装填在射速方面能碾压前膛枪。毕竟前膛枪在装填的时候还得将枪竖起来，倒入火药，然后从膛口塞入裹着毛布的弹丸，然后再抽出通条将弹丸捅进去。而后膛枪只需要开闭后膛直接装填火药和弹丸就行，这点确实是一个很吸引人的问题。
现在大明官军的火器化程度是很高了，但是还是没有达到朱载坖的要求，朱载坖很清楚现在官军的火器射速不够，所以无法用火器完全取代冷兵器，而后膛装填确实是能够极大的提高官军火器的射速，尽可能的减少冷兵器的装备数量，赵士祯在朱载坖的指示下率领军器监的工匠们进行了很多的研究，后膛庄田最大的缺陷是枪机与枪管间的缝隙会导致过多的火药燃气泄出，并且存在火药漏入枪机机构的安全隐患。
这点朱载坖当然的知道的，甚至朱载坖都知道应该怎么解决，就是使用金属定装弹药和击发方式，但是眼下大明还没有达到这个条件，这点朱载坖是很清楚的，所以后装燧发就是现在唯一适合官军所使用的火器，赵士祯设计了一种后膛装填的机构，这个机构包括枪机、击发机构以及连接在机匣上的钢块。装弹时，按压枪托下方一个扳机状弹簧挂钩，打开枪机，然后将枪机向上抬，使膛口向上倾斜。之后向弹膛内装填一定量的发射药，用手指将弹丸推至弹膛的最深处。将枪机闭锁，枪械即处于待击状态。
军器监也试制了一些出来使用，这种燧发火铳设计其实并不复杂，它有一个可以起落开闭的方块，呈30°角开启时，子弹从膛口塞入，然后放平，在药池放上一定黑火药，拉开燧石击锤后即可待发，但是这种后膛装填无法解决的问题就是火药气体的泄露，这会导致弹丸的威力和射程不足，而赵士祯的解决办法就是大力出奇迹，用大口径和大量装药量的方法来解决推力不足的问题，但这样会导致后坐力巨大，试用过的士卒们都觉得这玩意后坐力太大了。
同时这种后膛枪加工难度也是不小的，最主要的就是一整个铸造的药池，要求加工精度很高才行，成品率并没有多高，尽管现在一些蒸汽机已经能够在朝廷的官营工场当中使用了，但是加工这些零件，仍然是非常费时费力的，成本确实是不低的，要大规模的装备的话，赵士祯认为财政很难承担。