在朱载坖接受了格鲁派所上的尊号之后，朱载坖也进行了一系列的宗教活动，以加强大明皇室和格鲁派的活动，首先就是绘制金刚手菩萨和斗罗菩萨的画像，颁赐格鲁派，作为帝后支持格鲁派的一个重要举动，帝后绘像，自比菩萨等，在前代也是常有的事情，通常被认为是佞佛的一个重要表现，但是朱载坖显然不是什么佞佛的人，但是为了配合朝廷对于蒙藏地区的经略，朱载坖也不得不装神弄鬼一下了。
朱载坖和李皇后都绘制了金刚手菩萨和多罗菩萨的绘像，对于两位菩萨的画像，朱载坖还亲自过问了画像的绘制情况，修改了原本的画像，原本的金刚手菩萨，为一面三臂三目，身黑蓝色，头戴五股骷髅冠，发赤上扬，须眉如火，獠牙露齿卷舌，三红目圆睁，十分怖畏，右手施期勉印，持金刚杵，左手忿怒拳印，持金刚钩绳当胸，以骨饰与蛇饰为庄严，蓝缎与虎皮为裙，双足右屈左伸，威立在莲花日轮座上，于般若烈焰中安住。修金刚手菩萨法，有无量无边之不可思议功德。金刚手具足威势权力，制服诸魔外道，消灭地水火风空所生之灾难，信众一切所求，无不如愿成就。
朱载坖显然不需要这么的恐怖的形象，被修改之后的画像，一手持剑，一手持金刚杵，闭门端坐，以示不怒自威的形象，而李皇后的画像则修改不大，因为多罗菩萨乃是观世音菩萨的女性化身，尊称救度佛母。其形象常呈绿色少女相，头戴五佛宝冠，右手施愿印持乌巴拉花，左足蜷屈于莲花月轮，右足下垂踏莲座，象征随时救度众生，具有消灾延寿、破除魔障、断生死轮回的功德，乃是慈悲之化身，坐在白色的莲花座上，依其本誓，是观世音菩萨因慈悲天下众生，伤心时掉下眼泪的变化身。
帝后以本相绘图，在大明历史上还是不多的，但是朱载坖也为之后的皇帝划定了红线，皇帝和宗教的关系是利用关系，不是信仰关系，朱载坖接受尊号也罢，帝后绘像也罢，都是为了政治利益，而不是真的佞佛，皇帝只能以“护法君主”或者是菩萨化身被承认，严守世俗君王不等于佛的边界，皇帝乃是天子，不管是什么宗教，都必须匍匐于天威之下，利用宗教达成政治目的，而不是信仰宗教，这点是极为重要的。
之前武宗皇帝的那种做法是绝不可行的，他自封大庆法王佛，以君王为法王或者佛，这是会极大的挫伤君主权威的。
在接受尊号之后，朱载坖和顺义王以及格鲁派的高僧们进行了商量，第一就是大明会继续支持格鲁派在蒙藏地区的传播，同时格鲁派也必须以历代大明皇帝为尊，大明皇帝就是格鲁派在世俗的护法，信奉格鲁派也就必须臣服于大明皇帝，这是一体两面的事情。
第二就是大明承认顺义王在蒙古的大汗地位，支持顺义王为蒙古大汗，统一整个蒙古，同时顺义王也要统帅蒙古诸部，效忠于大明，这点也是极为重要的，大明支持土默特部，就是要用土默特部来统御蒙古诸部，同时加强对于蒙古的控制。
第三就是在对于卫拉特和喀尔喀部的问题上，不管是格鲁派还是土默特部，都要积极配合大明，争取通过外交手段解决这些问题。
朱载坖现在首先要解决的就是卫拉特部的问题，李成梁之前已经揍了和硕特部，应该是给和硕特部长了记性，但是卫拉特其余三部还没有挨打，所以他们对于大明不够敬畏，尤其是瓦剌三部，他们对于大明是有些心理优势的，还以为是正统十四年呢？
朱载坖在和吴兑、李成梁等人商量之后，决定先拿准噶尔部开刀，一来是因为准噶尔部游牧于巴尔喀什湖南部、伊犁河流域，这里是天山水草最丰美的地方，控制了此处，对于朝廷控制整个西域以北都是极有好处的。
二来就是准噶尔部控制天山南北，在西起巴尔喀什湖，北越阿尔泰山，东到吐鲁番，西南至吹河、塔拉斯河，不仅地理位置重要，而且实力也比较强大，在和李成梁等人商量之后，朱载坖决定给准噶尔部搬搬家，让他们到更北边去放牧，同时也是敲山震虎，明确给瓦剌三部展示官军的实力，要么臣服，要么灭亡，图们汗反正在京师也比较孤单，朱载坖不介意给他多弄几个邻居的。
朱载坖密旨命令李成梁相机用兵，不必奏报，只要抓住战机，就要果断出兵，而在卫拉特四部，关于怎么应对大明的问题，各个台吉们也是争论不休，和硕特部在土默特部使者的劝说下倾向于接受大明的条件，效仿土默特部，和大明达成封贡，但是这遭到了杜尔伯特和准噶尔两部的坚决反对。
杜尔伯特与准噶尔同宗同源，都来源于绰罗斯部。绰罗斯便是“大元天圣可汗”也先的直属部落。同时现在的实力也比较强大，现在杜尔伯特部征服哈萨克和吉尔吉斯，在额尔齐斯河中、上游住牧，而且杜尔伯特的游牧地在四卫拉特的最西方，远离喀尔喀、土默特等部的侵扰，非常适合休养生息。
而之前杜尔伯特部的首领达赖台什于是尽量避免无谓的战争，着力于发展生产、繁衍部众。在与其他三大部的关系上，他以联姻方式缓解了各部之间的摩擦。与和硕特部首领一起迎娶了土尔扈特部首领和鄂尔勒克的姐妹为妻，这样一来，与和硕特部成为连襟，而与土尔扈特部成为亲家，再加上本身与准噶尔是堂兄弟关系，从而使卫拉特四部团结更为紧密。
他们不愿向大明通贡，因为一旦接受封贡，他们就成为了顺义王的属下了，也就是瓦剌必须臣服于鞑靼，这对于瓦剌三部来说现在是无法接受的。