1861年（咸丰十一年）10月, 李蓝义军在牛佛渡会师后，李永和以铁山为根据地, 由蓝朝鼎率部北上, 围攻绵州、成都, 曹灿章率部挺进川东, 围攻重庆，蓝朝鼎在绵州、丹棱战役被清军击毙，叛军余部至鹤游坪会合, 向清廷统治薄弱的鄂陕边界地区转移。蓝朝鼎余部邓天王和蔡昌龄分别率领残军率先进入陕西。丹棱突围后, 邓天王与主力部队失掉联系, 率部北撤，于1862年（同治元年）2月,由川北进入陕西宁强阳平关,蓝朝柱丹棱突围后, 北上江油、平武, 转战川东。1862年4月，攻克太平厅( 今四川万源县) ，郭刀刀与蓝朝柱在太平厅分兵，东走湖北竹溪、竹山等地。蓝朝柱继续北上入陕, 到秋梁坡。
这时魏宣武派张云顶与邓天王、蓝朝柱、蔡昌龄结洽，邓天王、蔡昌龄降了魏宣武，部下被分编入地方部队，邓天王、蔡昌龄进入教导营学习。蓝朝柱不愿归魏宣武，与扶王陈得才联络，获封文王，魏宣武划盩厔与其驻军，并要求其不得在内地打粮，又划渭南、高陵与陈得才等太平军驻扎。
1861年太平天国福将循王魏超成奉命率部驰援安徽宁国府，然而，令人大跌眼镜的是，他竟然率部五千多人远来河南，投了魏宣武，魏宣武送他入了教导营。
咸丰十一年(1861)二月张芾奉诏督办陕西团练，会同陕西巡抚瑛棨恢复陕西，张芾想利用陕西汉回矛盾招回民为勇，于五月初六(6月2日)带着临潼知县缪树本、绅士蒋若讷、回绅马百龄等偷偷潜入临潼油坊街，煽动回民与汉人械斗，召集回民劝谕、安抚，让回民交出云南逃回叛逆任武归顺清廷共抗汉人政权太平天国，并污蔑天道教为邪教，玷污了神圣的回教，试图通过宗教矛盾使回民反对天道教政权，从而为他的团练提供优质兵源。结果，在五月初七晚上的谈判中回民不交出匪首任伍，谈判失败，叛军遂将张及其随员绑至仓头镇，并于五月十三日(6月9日)将其杀死于镇南渭河滩。任武是回民伊斯兰教阿訇，曾参加过云南回民叛乱，叛乱失败后逃匿渭南仓头镇，秘造武器，待机再起。1862年6月任武杀死张芾后本应告诉当地太平军地方部队，他却领导渭南、华州、同州（今大荔）一带回民叛乱，起兵攻克华州、高陵等地，抢夺武器辎重，杀死太平军地方官吏，对当地汉人烧杀掳掠，严重破坏扰乱当地社会经济次序。
魏宣武召集陕西省刺史贾臻、总教黄得功、统制刘铁柱、锐王府各司研究汉回问题。18世纪末至19世纪初，回民在陕西地区人口比重较高，他们在经济、文化和军事等方面扮演着重要角色。然而，有一部分回民与汉族人之间存在着长期的宗教、文化和民族差异，这在一定程度上导致了两者之间的矛盾和冲突。关中地区长期以来存在汉回仇恨的问题。历史上，汉回之间的矛盾经常在陕西地区引发冲突和战乱。现在，任武等就是利用这一点通过煽动回民屠杀汉人来达到其控制陕西政权的目的。贾道远认为，对回民进行政治宽容和经济扶持，同时也加强对他们的管理和监督。可以取得一定效果，但仍存在一系列深层次的问题和矛盾，难以彻底解决。关中汉回矛盾是复杂而深刻，在当时的社会环境中，汉回之间的隔阂和对立已经深入人心，只有通过持续的改革和调整才能实现全面的社会和谐，但是当下太平军面临清军的全面剿杀，已不可能有太多时间来做这些事情了，所以只能采取镇压、驱逐、安抚三管齐下的策略解决汉回问题。魏宣武见大家都觉得贾道远说得有理，也陷入了沉思。这时，门子来报：“扶王陈得才到！”魏宣武眼前一亮，忙和众人迎了出去。陈得才是英王陈玉成的叔父，此时带着启王梁成富、遵王赖文光、祜王蓝成春一齐来见魏宣武。大家进了屋，几王分宾主坐下，其余人都站立伺候。魏宣武先开口：“扶王殿下，近接探子报，令侄被苗沛霖诱捕了。”陈得才霍地一下站了起来：“此言当真？”魏宣武道：“定然不假。”陈得才一下跌坐回去，大骂苗沛霖，其他几王也摩拳擦掌，要起兵回师去救陈玉成。骂了一会儿，陈得才道：“锐王殿下，我等欲回师去救英王，能否发兵与我等同去？”魏宣武道：“我这回乱甚重，后方不稳不敢远行。”赖文光道：“这个好办，最近我们驻地也深受其扰，回乱我等来平，到时我们一同去救英王。”魏宣武忙点头儿：“回乱一平，我就发兵与诸位一同去救英王。”当下几王定了平回方略，陈得才几人回去了，路上，梁成富问：“魏宣武其实不想去救英王，只是借我等平回，难道我等就真要替他做嫁衣裳。”陈得才道：“我也知其意，但是我们要救英王，首先要有战力强的军兵，其次要借魏宣武的道，还要魏宣武提供火药器械粮草，我等与几大回民领袖都有交情，平灭几个凶顽不难，还可借机收编回民军队，扩充兵力，然后助魏宣武平了回乱，就算他不出兵，粮草器械总归会为我等提供的。”众人听了皆服。
陈得才回到大营，就限任武等人三日内来见，有要事相商，因陈得才与金积堡马化龙交好，高陵兵力又厚，任武不敢不来。任武刚一进帐，陈得才就喝令绑了，押出营外，细数罪状，就地斩杀。然后，太平军包围了高陵回军，全部缴械，蓝成春攻下华州，赖文光扫清渭南，陈得才又给马化龙等各回民头儿去信，言明任武品格恶劣，回汉皆恶，不得不除。1862年7月21日，陈得才得了任武十八营回军，又招文王蓝朝柱，回师安徽攻打寿州去救陈玉成。魏宣武提供粮草，又已库存洋枪、火药、弹子相赠，陈得才与马融和、倪隆、邱远才等部太平军会师于河南舞阳、裕州（今方城）一带时，探马又报，陈玉成已于6月4日被清将胜保凌迟处死，陈得才哭晕于地，大军乃止。此后，陈得才在舞阳驻扎，魏宣武不允其一兵一卒入南阳重地。陈得才在舞阳驻扎两月，见魏宣武部天道教与拜上帝教大相径庭，魏宣武只是划地安置并无合兵击清之意，就离开舞阳入了湖北，在湖北枣阳、随州一带活动。
陈得才带走了陕西造反的回民，陕西回乱算是暂时平定下来，但是汉回矛盾还在，汉人和回民不时还有一些小的摩擦发生，俗话说，星星之火可以燎原，不定哪天又要乱起来，魏宣武正为这事儿发愁呢，张云顶笑嘻嘻地带了一个回族打扮的人进来。原来这人是甘肃灵州金积堡一个阿訇，奉回族伊斯兰教门宦哲合林耶第五代教主马化龙之命，到陕西号召回民起事的。这人是张云顶早年游历时交的朋友，对张云顶十分佩服，因此闻听张云顶在陕西，特去相见，两人相谈甚欢。这人从小在汉民堆中长大，汉化日久，对回民、汉民相杀甚感惋惜，却又无能为力。张云顶见他有善念，就带他到开封来见魏宣武。魏宣武见了这个阿訇，听他愿回汉和平相处，又听他说马化龙在积草屯粮准备造反，心生一计，对阿訇面授机宜，同时许诺，办成此事，阿訇全家可迁来渭南，太平军提供住所，给牛一千头，羊一万只，白银一万两，草地一千顷。阿訇高兴地领计而去，四处散布真主降世，回民当兴，并以金积堡教主马化龙特使的身份号召回民举家前往甘肃护教，参加圣战，凡愿去者皆给盘缠路费，当然这盘缠路费是太平军给的。一时间，大批回民拖家携口赶着牲畜往甘肃而去。马化龙本有异志，见大批回民携财来归，大喜过望，重赏了这个阿訇。待到1862年12月，陕西已很难见到回民了。