席宝田复受命专办贵州军务。统湘军万人至沅州，击退进攻会同、沅州的苗族起义武装而进入贵州。同年冬进军石阡，进逼苗军要寨荆竹园。同治七年元旦攻克荆竹园，杀起义苗军首领萧桂盛、何瑞堂等。同年夏围攻寨头、天柱等地，斩苗军首领桂金保、陈大六等。同年十一月，命部将唐本有、荣维善攻破抱金，入抚松柏洞，在清江南岸合击苗军。同治八年正月，与黄润昌、邓子垣会师进攻镇远。同年二月，令部将荣维善连破董敖、公鹅两隘，攻克清江厅城。后又令荣维善与黄、邓军合击苗军于黄飘，被苗军设伏击败，黄、邓被击杀、荣维善及其所率之军，亦被全歼。席宝田为报复苗军，亲驰至巴治，与张臭迷决战，杀苗军数千人，烧其屯粮十万石。
曾国藩与手下重要幕僚赵烈文商议，以浙江巡抚曾国荃带湖南副将成大吉，记名提督萧孚泗、总兵朱洪章、朱南桂、萧庆衍、李光久、潘运璋、欧阳胜美，参将袁国祥，游击陈胜辉，都司杨治三、刘传愈、王步云等一百营湘军围困全椒，江宁副都统辉布带五千马队与湖南提督周宽世部绿营兵二万人、记名提督易良虎部湘军十营、张诗日部湘军十营负责打援，苏淞太兵备道丁日昌及江宁盐巡道庞际云各带十营湘军遮护粮道。浙江提督欧阳利见率湘军水师二十营及水师陆战三营入滁河攻取全椒县城西南四十公里的古河集。黄翼升的长江水师在山东堵捻，闻曾国藩率湘军进剿安徽，就拨长江水师舢板一百艘由潮州副将孙昌凯带领下交彭玉麟协助江南水师，彭玉麟就率长江水师这些舢板搭载陆步军二营入全椒县襄河，夺宝林桥，围宝林门。记名总兵唐义训带湘军十营攻清流关。
太平天国安徽刺史柳述莆、总教司徒登、统制郑伦已侦知清军动向，命全椒县长西门林、传教祁宝与统领华子峰在全椒县各关隘添置大炮、挖筑壕垒，严密布防。魏宣武得报，也知全椒重要，特拨二十磅城防炮五十门及炮弹一万发、四十磅城防炮二十门及炮弹五千发、八十磅城防炮十二门及炮弹三千发、一百二十磅城防炮八门及炮弹二千发给全椒县，并特拨六百七十支三代宣武步枪及枪刺、一百支三代宣武马枪及精钢马刀、三百五十支短枪、六磅宣武野炮九门及炮弹二千发、一千五百把短刀将全椒县卫所有刀矛都进行了更换，又拨各类枪弹二十万发、粮食三百万斤、盐二万斤、手榴弹一千枚、地雷五百个、喷火筒二十个、火箭筒三十个、炸药二千斤，所有物资动用了一个辎重旅，所以很快送到。接着，关保又送伤愈野战部队士兵一百名到全椒县城担任地方部队骨干。
1867年7月15日，曾国荃带领大队人马直扑全椒县，在全椒县城外五里处按照一定标准，环绕营地挖出两道深沟，沿着沟再筑起两道高墙，先把自己保护起来。湘军陆军在全椒县城外各处陆地大挖壕沟，水师又通过全椒县襄河、滁河进攻太平军，到1867年8月5日，整个全椒县已被湘军围了个水泄不通。记名提督戴盛宽率副将陈炳文、王梦麟以湘军五十营从淮安府出发进攻泗州城，江南水师提督李朝斌率水师五十营入洪泽湖，卸任陕甘总督的杨岳斌自募水师陆战湘勇二十营随往，攻盱眙县城。湖北提督何绍彩部绿营兵一万五千人从黄州攻六安英山牵制河南太平军。曾国荃督师攻了几次，太平军火力很猛，损失了几百人，就退回壕垒，不再进攻，只是挖壕逐渐逼近城墙。浙江提督欧阳利见率湘军水师二十营入滁河炮击古河集，太平军古河集乡长、布教、屯长带领古河屯丁在古河集壕垒中躲藏。清兵炮击已停，清兵水师陆战营登陆，太平军伏于壕垒，用五十余支步枪及一些弓弩杀伤清兵，待清兵群聚一处冲击时，太平军又用三门六磅宣武野炮猛轰，清兵伤亡百余人，退回。太平军见湘军陆战队退回，立即转移人员、火炮，方才转移，一阵震耳欲聋的炮声传来，湘军水师舰炮发射的炮弹铺天盖地袭来，覆盖了太平军的阵地。炮声一停，清陆战士兵又呐喊着杀来。太平军又进入阵地，用火器杀伤清兵。一些清兵近前，太平军长矛、刀兵一跃而起，与清兵展开肉搏，清兵又退了下去。如是者三次，时已近晚，清兵停止攻击，太平军接到命令于当晚撤回全椒县城，清兵占了古河集，古河集百姓早已转移入城，一无所获的清兵把古河集所有的房舍都点火烧了，一时烟焰熏天，大火烧了两天才熄。一营清兵占住古河集，两营清兵向全椒县城而来，离城十里挖壕沟、筑营垒。彭玉麟用长江水师舢板炮轰击宝林门，宝林关上太平军用二十磅城防炮十门、四十磅城防炮五门、八十磅城防炮二门还击，关内两个炮台上还有一百二十磅城防炮二门，也开炮轰击舢板。彭玉麟未料到太平军炮火如此凶猛，措手不及下，被重炮击沉舢板二十多艘，余艇只好后逃到重炮射程之外下锚屯扎。曾国荃挖壕二月已近城二里，城外营垒中太平军也相向挖壕横截，壕通，双方在壕内互击，太平军平时就注重实弹射击训练、三代宣武步枪射程也远、后膛装填快，清兵不重视实弹射击训练，只求打得出不求打得准，所持洋枪型号不一且射程短，前膛装填慢，两军互射，清兵吃了大亏，伤亡千余人，退回营垒。一时全椒城无战事，双方都想困死对方。