众人在山谷中稍作休整，林羽的身体也在同伴们的照料与自身顽强的恢复力下，日渐痊愈。然而，每个人心中都清楚，这短暂的平静不过是风暴前夕的假象，宇宙深处暗流涌动，那被封印的黑暗之主残魂与神秘水晶，犹如悬在头顶的达摩克利斯之剑，时刻提醒着他们危机从未远去。
林羽率先打破沉默，站起身来，目光坚定地望向众人：“此次与黑暗之主交锋，虽险胜半招，但也暴露了我们对这股黑暗势力了解的浅薄。我提议，我们兵分几路，探寻这黑暗力量的起源、其背后隐藏的势力脉络，以及可能存在的解除封印之法，以防万一。”
众人纷纷点头称是，经过一番商议，很快便确定了各自的路线。林羽决定孤身前往宇宙中最为神秘古老的遗迹 —— 混沌深空古域，传说那里藏有开天辟地之初的隐秘，或许能从中找到克制黑暗力量的关键线索；影尊则凭借其对暗影之力的精通，潜入各个黑暗角落，刺探黑暗势力近期的动向；上清通天教主带领着玉清元始天尊等道门高人，前往那些古老的修行圣地，查阅浩如烟海的典籍，期望从先辈们的智慧中觅得应对之策；西方佛教的阿难尊者一行，奔赴各个佛国世界，借助佛光普照之力，净化那些被黑暗气息沾染的区域，同时向诸佛菩萨请教降魔之法。
林羽踏上征程，一路上凭借着高深的修为，穿越重重险阻，终于抵达混沌深空古域。眼前的景象让他震撼不已，古老的星辰残骸、破碎的时空乱流交织在一起，仿佛诉说着宇宙诞生之初的惨烈与辉煌。林羽小心翼翼地深入其中，凭借着敏锐的感知，探寻着每一处可能隐藏线索的角落。
数日之后，在古域深处的一座破败神殿中，林羽发现了一组神秘的壁画。壁画上描绘着一场远古大战，似是盘古大神在开天辟地后，曾与一股神秘的黑暗之源有过激烈对抗，那黑暗之源形态与此次遇到的黑暗之主竟有几分相似。画面中，盘古大神运用一种神秘的七彩光芒将黑暗之源暂时封印，光芒中蕴含的符文若隐若现。林羽心中一动，赶忙凑近仔细端详，凭借着对盘古传承的领悟，竟渐渐解读出部分符文的奥秘，这似乎是一种能够强化封印、甚至彻底净化黑暗力量的神通。
正当林羽潜心钻研之际，古域中突然一阵剧烈震动，一道熟悉的黑暗气息扑面而来。林羽心头一紧，暗忖莫不是那黑暗之主残魂冲破封印而来？抬眼望去，只见影尊身形狼狈地闪现而出，身后跟着一群形如鬼魅的黑暗追踪者。
“林羽，快走！这古域不知为何被黑暗势力知晓，他们派了大批爪牙前来，我好不容易才摆脱纠缠找到你。” 影尊急切地喊道。
林羽眼神一凛，深知此时情况危急，当下不再犹豫，与影尊并肩作战，二人施展出浑身解数，向着古域出口突围而去。一路上，混沌之力与暗影之力交织碰撞，与黑暗追踪者们展开殊死搏斗。好不容易冲出重围，二人却发现，宇宙中许多原本安宁的星球此刻竟都被黑暗气息笼罩，百姓生灵涂炭，呼救声此起彼伏。
原来，在他们探索线索之时，黑暗势力已然发动了一场突袭，趁着众人分散各地，对各个星系展开了疯狂的侵蚀。林羽与影尊心急如焚，立刻传讯给其他同伴，召集众人齐聚受灾最为严重的银河星域，准备与黑暗势力展开一场生死决战。
众人迅速赶到，望着满目疮痍的星域，心中悲愤交加。上清通天教主怒发冲冠：“这黑暗势力如此猖獗，今日必让他们付出惨重代价！” 说罢，诛仙剑阵再次布下，光芒闪耀，杀意四溢。
阿难尊者率领众佛子口诵 “大悲咒”，金色佛光如烈日当空，驱散着黑暗气息，为受苦受难的生灵带来一丝慰藉。玉清元始天尊双手舞动，“混沌乾坤封禁大阵” 全力运转，试图困住不断涌来的黑暗生物。
林羽深吸一口气，将在混沌深空古域领悟的符文神通融入自身混沌之力，双手结印，大喝一声：“混沌灵虚 —— 圣耀净化！” 一道蕴含着七彩光芒的强大力量向着黑暗气息最为浓郁的区域轰去，所到之处，黑暗生物纷纷灰飞烟灭，黑暗气息竟也被缓缓净化。
众人见林羽施展出如此强大的神通，士气大振，纷纷配合着他向黑暗势力发起总攻。一时间，银河星域内光芒璀璨，各种神通法术交织在一起，奏响了一曲守护宇宙的激昂战歌。
这场大战持续了数日之久，双方你来我往，互有伤亡。黑暗势力虽源源不断地派出援军，但在林羽等人的顽强抵抗下，始终未能占到上风。最终，随着林羽再次施展出强化版的 “混沌灵虚 —— 归元灭世”，将黑暗势力的核心指挥区域一举摧毁，黑暗生物们如无头苍蝇般四散逃窜，这场大战才渐渐落下帷幕。
战后，林羽等人望着逐渐恢复平静的银河星域，心中五味杂陈。此次危机虽暂时解除，但宇宙已然千疮百孔，重建家园、守护和平的重任压在肩头。林羽望着同伴们疲惫却坚定的面容，开口道：“这一路，我们历经磨难，可守护宇宙的信念从未动摇。未来，或许还有更多的挑战等待着我们，但只要我们携手共进，定能让宇宙重归安宁。”