小智和阿罗拉众人的关都度假旅行终于接近尾声，他们站在关都机场的候机大厅里，周围是熙熙攘攘的旅客和广播中不断播报的航班信息。
小霞从包中拿出一些精致的小盒子，递给每个人：“各位，这些给你们，虽然是徽章的复制品，但是留作纪念吧。”她的笑容温暖而亲切。
小霞和小刚两个人来到小智面前，小刚的声音带着满足：“小智，今天我们很开心。”
小霞也附和道：“就好像回到了以前的日子呢。”
小智看着两位老朋友，心中充满了感激：“如果有下次，你们可以一起来阿罗拉来找我。”
小刚和小霞异口同声地说：“嗯嗯，一定会去的，小智你也为了你的梦想接着加油吧。我们会在你身后支持你的。”
小智感动地说：“谢谢你们，有你们真好。”
库库伊博士也加入了他们的谈话：“经过这次度假活动，我准备在阿罗拉也举办一个宝可梦联盟。你们都要多多提点意见哦！这是联系地址!”他递给小智一张名片。
小刚接过名片，承诺道：“好的，没问题。”
随后，小智他们上了飞机，飞机飞向了阿罗拉。透过窗户，小智望着越来越远的关都地区，心中充满了不舍。众人在阿罗拉机场下机之后，便回到各自家中。
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小智梦中，他和皮卡丘来到一座神秘的遗迹。突然遗迹的两侧飞出来两只巨大宝可梦，它们的身影在夜空中交织，然后互相碰撞，出现了一只新的陌生的宝可梦。
“小智快起床!不然要出问题啦!”小智突然被惊醒，他揉了揉眼睛，还有些迷糊。
小智：“啊？怎么了。”
库库伊博士的声音带着笑意：“你今天就没有正事了嘛，太放松了小智。”
小智突然想起了什么：“哦对哦，我还要接着接受诸岛巡礼呢。”他赶忙爬起来，去洗漱了。
早饭期间，小智回忆起这几天的经历：“这几天真的好兴奋啊，和之前的朋友们见了面，还进行了对战。”他突然想起了那个梦，“但是我好像做了一个很奇怪的梦啊。”
库库伊博士好奇地问：“奇怪的梦？”
小智描述了梦中的情景：“我梦到了一个狮子样的宝可梦，一个蝙蝠样的宝可梦，两个碰撞之后又出来了一只云状的宝可梦。”
库库伊博士沉思了一下：“这可是一个奇怪的梦呢。”
此时库库伊打开了电视，电视上正放着阿罗拉奖项的颁发得主。库库伊博士惊讶地发现：“芭内特？”
小智也注意到了电视：“这是你认识的人吗？”
库库伊博士解释道：“她是我的研究伙伴，怎么我出去这段时间，她就得奖了啊。”
小智感叹道：“真厉害啊。”
库库伊博士自豪地说：“是啊，她确实很厉害，身为研究人员也很优秀!”
小智好奇地问：“那她在研究什么呢？”
库库伊博士回答：“究极之洞!”
小智和博士来到了集市，突然火斑猫经常去的那家水果摊摊主叫住了小智。小智走了过去：“奶奶，怎么了？”
摊主关切地问：“小智啊，你这几天去哪了啊。”
小智解释道：“学校组织去关都地区实践了，所以我一直在关都。”
摊主点了点头：“怪不得，我告诉你哦，这几天有三个女生来找你，我听到了之后，给了她们你住的地址，但是既然你在关都，她们肯定也没能找到你。”
小智疑惑地问：“三个女生？是谁呢。”
摊主建议道：“如果想起来的话，就给人家回个电话吧，毕竟看起来像是外地人。”
小智答应了：“好的，谢谢你奶奶。”他心中充满了疑惑，“是谁呢？”
库库伊博士猜测道：“你说会不会是你之前打电话的那个小姐呢。”
小智想了想，摇头说：“应该不会吧，她们都在为自己的梦想努力呢。”他决定回家后再好好想想这件事。
此时卡噗鸣鸣突然叫唤了一声，来到小智面前，它的眼中闪烁着一种神秘的光芒，似乎在示意小智跟它走。
小智有些疑惑：“卡噗鸣鸣？”他不知道卡噗鸣鸣想要带他去哪里，但还是决定跟随。
库库伊博士看到这一幕，也感到好奇：“我们快跟上去。”他和其他人一起跟随着卡噗鸣鸣。
小智和库库伊跟着卡噗鸣鸣来到森林的深处，但突然卡噗鸣鸣的踪影消失了。他们只看到了一只云朵状的宝可梦正躺在草地上睡觉，它的身体散发着淡淡的光芒。
小智惊讶地认出了这只宝可梦：“博士，这就是我晚上做梦梦到的宝可梦。”
库库伊博士也感到惊讶：“这是，科斯莫古!但是具体数据什么的都没有记载呢。我们回去问问大木校长。”
他们小心翼翼地将科斯莫古带回了学校，来到了校长室。
库库伊博士询问大木校长：“校长，对于科斯莫古您知道些什么吗？”
大木校长看着科斯莫古，摇了摇头：“我也是第一次亲眼见到。”
就在这时，科斯莫古醒了，它见到了陌生的人开始大哭。小智立刻感到不安：“怎么回事啊!”
库库伊博士猜测：“是不是饿了，给它整点吃的吧。”
库库伊博士将各式各样的宝可梦食物放在科斯莫古面前，但是都没有它喜欢的。小智见状，连忙跑到教室，向众人借食物。
卡奇好奇地问：“怎么回事小智，你怎么要借宝可梦食物啊。”
小智焦急地说：“这些先不着急解释，有没有宝可梦食物。”
玛玛内给了点金平糖，玛奥给了点餐点，莉莉艾给了点蛋糕。小智将借到的东西拿到校长室。
经过一段时间的挑选后，科斯莫古终于选择了金平糖。大木校长笑了：“找到它喜欢的食物了啊。”
库库伊博士也松了口气：“看来要在家里多准备几包了。”
小智抱着科斯莫古去买了金平糖，库库伊则回到家中。
小智带着科斯莫古回到家，库库伊走了出来。他告诉小智：“那个，小智，有几位远道而来的客人说是要见见你。”
在库库伊家中，3女1男正坐在沙发上。库库伊博士向小智介绍：“我来介绍一下，这位是露莎米奈，莉莉艾的母亲。”
小智有些惊讶：“您就是莉莉艾的妈妈!”
露莎米奈点了点头。库库伊博士继续介绍：“这位是芭内特，目前就在露莎米奈那里从事宝可梦研究工作。”
露莎米奈：“初次见面，小智，我叫露莎米奈，这几位是我们基金会的员工，碧珂和扎奥博。”
小智礼貌地打招呼：“你们好!”
露莎米奈提出了她的请求：“那么可以给我们看看科斯莫古了嘛？”
众人来到库库伊博士的研究所，小智和露莎米奈互相透露自己所知道的情报。
露莎米奈：“这孩子原来是究极异兽啊。”
小智疑惑地问：“究极异兽？”
芭内特博士解释道：“小智，你可以过来看看这个。”她投放了一段影像。
芭内特博士：“在很久以前，来自异世界的神秘生物和阿罗拉的守护神之间，展开过一场非常激烈的战斗。”
小智听得入神：“所以，这些异世界的生物就是你们所说的究极异兽吗？”
露莎米奈确认道：“没错，这只科斯莫古，很有可能就是来自于异世界。”
碧珂补充道：“我们昨天在日轮祭坛附近，检测到很高强度的究极异兽反应。”
一张照片投放出来，小智惊讶地发现：“这个地方，我昨天做梦的时候梦到过。而且我还梦到了两只其他的宝可梦，碰撞后出现了科斯莫古!”
露莎米奈好奇地问：“两只其他的宝可梦？能形容一下吗？”
小智描述了他梦中的情景：“一只狮子状，一只蝙蝠状。”
露莎米奈若有所思：“看来是索尔迦雷欧和露奈雅拉了。”她解释道，“它们是是以传说形式代代相传的究极异兽之名。”她看着小智，眼神中带着一丝请求，“为什么会找小智你呢。”她顿了顿，然后说，“小智，请问可不可以把科斯莫古交给以太基金会照顾。”
小智看了看科斯莫古，坚定地说：“我可能不能这么做哦，我在梦中答应过索尔迦雷欧和露奈雅拉要好好照顾科斯莫古了。”
扎奥博有些不满：“照顾究极异兽，对于你们这些小孩子来说，太过艰难了哦，小智同学。”
库库伊博士反驳道：“不能这么说吧。小智他在卡洛斯地区赢得了优胜，而且还在阿罗拉进行着诸岛巡礼，已经通过了两个大考验。我认为小智具有这样的资格。”
扎奥博还想争辩，但被露莎米奈制止了：“好了，扎奥博，退下。小智，我选择相信你，我也很想知道，索尔迦雷欧和露奈雅拉为什么会把科斯莫古交给你。如果遇到什么困难的话，随时联系我哦!”
小智感到了一种责任，他坚定地回答：“好的，我知道了!”