宇宙深处，灵墟古界被岁月尘封，充满奇特的灵墟之力，这股能量由灵焰和灵丝交织，蕴含创造与毁灭之力。其空间错落层叠又常畸变，时间循环回溯且错乱，长期被灵墟禁域封锁，不为人知。
一支星际冒险队在宇宙边缘探索，飞船上的灵墟波动感应仪靠近灵墟古界时警报大作，原来灵墟禁域震荡，释放诡异的灵墟脉冲。脉冲所到之处，物质被改造，生物意识扭曲。这导致诸多星球生态崩溃，星际灵能传输网络受损，依赖灵能的文明陷入绝境。
蓝星宇宙灵能研究院收到信号，判断这是可能颠覆宇宙秩序的重大危机。经验丰富的九儿和青年受命调查。青年看着监测屏激动又紧张：“妈妈，这次异动或许能让我们重新认识宇宙灵能，是机遇也是挑战。”九儿神色凝重，点头说：“影响太大，宇宙灵能平衡危急，我们务必全力以赴。”
蓝星科研团队日夜改装出灵墟探索者号飞船。飞船有灵墟共振引擎和超维导航系统，前者依据灵墟之力波动调节飞船能量，与之共振抵御干扰；后者基于量子和多维定位技术，保障航行安全。靠近灵墟古界时，空间扭曲，光线变形，仪器报警，青年操控飞船，用灵墟频谱分析仪监测脉冲。
历经艰难，他们进入核心区域，看到一座宏伟的灵墟殿堂在灵墟之力风暴中央。殿堂由神秘灵晶建造，符文闪烁，周围灵墟光环旋转，散发紊乱波动。灵墟殿堂发出精神波动：“我承载宇宙初始灵能法则，现被灵墟黑暗深渊的掠夺者觊觎，他们想打破平衡，带来黑暗毁灭。”九儿回应：“我们来阻止邪恶，请问如何帮忙？”
灵墟殿堂表示要集齐星辰灵墟之戟、命运灵墟残石和灵墟平衡宝玉。星辰灵墟之戟能净化灵墟之力、唤醒守护意志；命运灵墟残石可助在混乱命运轨迹中找关键节点；灵墟平衡宝玉掌控灵能平衡法则，是恢复秩序的关键。
九儿和青年立刻出发。在星灵幻域，他们被强大灵墟之力笼罩，一番搜寻后在星辰碎片祭坛找到星辰灵墟之戟，用灵墟共振装置解除护盾拿到。
在命运灵墟迷渊，这里命运灵墟脉络交织，遍布吞噬一切的漩涡。他们多次遇险，最终在最深处找到命运灵墟残石。
灵墟平衡宝玉在灵墟失衡炼狱，这里灵墟之力失衡引发风暴。他们与守护者沟通后，用灵墟调和装置调整能量，恢复平衡，拿到宝玉。
带着三件圣物回来，灵墟殿堂吸收圣物后力量觉醒。灵墟掠夺者派出恐怖的灵墟暗影生物抢夺，这些生物有的像黑色灵墟晶体，能瞬间灵墟化物体，有的像暗影火焰，污染灵墟之力。
九儿和青年与灵墟殿堂并肩战斗。青年操控飞船用灵墟脉冲炮攻击，灵墟暗影生物借混乱空间和紊乱灵墟之力躲避。九儿持星辰灵墟之戟念咒，释放净化之光，让灵墟暗影生物行动迟缓。灵墟殿堂释放护盾并发射震荡波，与敌人碰撞引发爆炸。
战斗中，青年发现灵墟暗影统领，驾驶飞船发射灵墟导弹，被其灵墟混沌屏障挡住。九儿借助灵墟殿堂之力，用星辰灵墟之戟发出净化光柱打破屏障。青年抓住机会，发射灵墟毁灭光束，贯穿统领核心将其消灭。
其他灵墟暗影生物大乱，九儿和青年乘胜追击，成功守护灵墟殿堂。灵墟殿堂称赞他们拯救了宇宙灵能秩序，鼓励他们继续探索。