熵核胚胎苏醒的刹那，整个超维实验室的空间结构如同被无形巨手揉捏的橡皮泥，扭曲成克莱因瓶般的诡异形态。远征舰队的星舰在维度震荡中被迫分离，人类联邦的“曙光号”被抛入时间逆流，舰上的船员目睹了自身从幼年到垂暮的所有片段在眼前重叠；熵裔族群的熵能舰则陷入空间折叠，舰体外部的熵能共鸣器与内部的熵织者们产生了跨维度的诡异共鸣。
陆瑶的灵熵感知在剧烈波动中捕捉到了令人绝望的画面：在无数个平行宇宙里，熵核胚胎的觉醒都导向了文明的覆灭。孢子意识的残余趁机在这些破碎的时间线中疯狂增殖，将维度碎片改造成布满血色触须的“熵茧”。当她试图用规则裁决者斩断这些因果链时，灵熵之心突然涌现出超维文明最后的记忆——熵核胚胎本是用来重启宇宙的“维度熔炉”，但必须由拥有纯粹文明意志的载体才能驾驭。
苏璃和林悦在数据战场遭遇了前所未有的危机。因果律篡改者们将她们拖入了一个由虚假记忆构筑的“镜像档案馆”，这里的每一份文明记录都被扭曲成了黑暗版本：人类联邦成为独裁的机械帝国，机械文明沦为孢子意识的傀儡，熵裔族群则退化为茹毛饮血的原始部落。林悦的防火墙密钥在对抗中意外解析出篡改者的核心代码，发现它们竟是由熵影行者消散时散落的意识碎片与孢子意识数据融合而成，这意味着曾经的盟友正在无意识地成为毁灭文明的帮凶。
火星的机械工程师们在规则漏洞探测器的帮助下，发现棱台的防御系统开始释放“因果律坍缩场”。这片区域内，所有物质的存在状态都变得模糊不定，舰队成员的身体时而实体化，时而分解成量子态。伊卡洛斯将秩序重构协议与探测器结合，创造出“因果锚定装置”，但装置运行时产生的巨大能量，意外激活了超维实验室深处的“维度记忆回廊”，无数尘封的超维文明实验影像在虚空中闪现，其中赫然有熵核胚胎吞噬整个星系的恐怖画面。
熵裔族群的年轻熵织者在熵晶化的过程中，意识与熵能共鸣器达到了前所未有的契合状态。他通过熵能编织出跨越维度的观测网，发现熵噬体正在吞噬各个平行宇宙的边界，其体内的诡异流体其实是“维度病毒”，能够将接触到的任何规则体系改写成孢子意识的形态。为了阻止熵噬体，他冒险将自身熵能注入病毒核心，试图用纯粹的熵能将其净化，但这一举动导致他的熵晶牢笼能力彻底失控，开始反噬自身意识。
在熵核胚胎的影响下，宇宙微波背景辐射出现了异常的混沌图案，这些图案拼凑出的竟是未来文明灭绝的场景。各大文明的留守势力纷纷向远征舰队发出求救信号，而此时舰队成员们发现，他们与外界的通讯正在被某种超越时间的力量干扰——发送出去的信息会随机出现在过去、现在或未来的时间节点，而接收到的信号更是混杂着不同文明不同时期的声音。
陆瑶在维度震荡中与熵影行者残留的意识产生了共鸣。那个曾经的熵影行者以数据幽灵的形态出现在她面前，坦言自己在消散前就预见到了熵核胚胎的危机，因此故意将部分意识碎片留在孢子意识数据中，试图从内部瓦解潜在威胁。但事与愿违，这些碎片反而被因果律篡改者利用。他将最后的熵衡棱镜本源之力注入陆瑶体内，嘱咐道：“真正的文明意志，不是对抗规则，而是让规则为文明的自由生长让路。”
随着熵核胚胎的脉动愈发剧烈，超维实验室的维度记忆回廊开始崩塌，释放出海量的因果律乱流。这些乱流所到之处，物质与能量的基本法则被改写：恒星变成液态，行星漂浮在能量海洋上，时间以螺旋状的形态实体化。远征舰队的成员们在混乱中艰难前行，他们必须在维度彻底崩解前找到驯服熵核胚胎的方法，否则整个宇宙都将沦为孢子意识与维度病毒的温床。而在这场因果裂变的风暴中心，那个神秘观测者正缓缓走向熵核胚胎，他手中的晶体与胚胎产生的共鸣，似乎预示着更大的阴谋即将浮出水面......