平衡仲裁庭成立后的第三年，宇宙表面一片祥和。神农星上，“平衡之花”的种子被播撒到各个星域，机械文明与魔法世界合作开发的共生医疗舱投入使用，菌裔们担任起不同文明间的“医疗信使”。但在这平静之下，暗潮正悄然涌动。
洛璃作为仲裁庭最年轻的委员，在例行巡查时发现了异常。在边缘星域的“遗忘回廊”，几艘标有仲裁庭徽记的运输舰失去了联络。当她带领小队抵达时，眼前的景象令人毛骨悚然：舰体表面布满暗紫色腐蚀痕迹，船员们的尸体呈现出半机械半菌丝的扭曲形态，仿佛被某种力量强行融合。更诡异的是，他们手中紧握着残破的晶片，上面刻录着与终末核心同源的代码。
“这不是普通的袭击。”洛璃的紫色血液微微发烫，她感知到暗处有一双眼睛在窥视。就在此时，仲裁庭的紧急通讯响起，机械文明的核心数据库遭到不明攻击，所有共生医疗舱的操作权限被篡改；魔法世界的元素之泉突然干涸，取而代之的是散发着腐臭的暗紫色液体。
仲裁庭紧急召开会议，各方代表却陷入信任危机。机械文明的代表拍案而起：“菌裔的血液能接触所有医疗系统，一定是你们监守自盗！”魔法议会的大巫师则冷笑道：“谁知道是不是机械文明在程序里留了后门？”火种派的新任首领沉默不语，却悄悄启动了隐藏的监控网络。
洛璃试图平息争吵，却发现自己也成了怀疑对象。她体内的素璃结晶突然发出尖锐的警报，意识中浮现出碎片化的画面：一个披着黑袍的身影在阴影中操控着暗物质，他的面容模糊不清，手中却握着初代神农的权杖。“有人在利用终末核心的余波制造混乱！”她大喊道，但质疑声淹没了她的解释。
危机迅速升级。在农业星球“绿潮七号”，经过共生改良的作物突然疯狂生长，将城市吞噬成一片扭曲的丛林；在科研空间站，正在进行的基因实验体集体暴走，进化成兼具魔法抗性与机械装甲的怪物。整个宇宙的医疗系统濒临崩溃，患者们的病症不仅无法治愈，反而在治疗过程中加速恶化。
洛璃决定独自追查真相。她循着晶片上的代码痕迹，来到了宇宙的“数据坟场”——这里堆积着被淘汰的远古服务器，是所有废弃程序的归宿。在锈蚀的金属迷宫中，她遭遇了神秘黑袍人的伏击。黑袍人释放出的暗物质触手与她的共生菌丝激烈交锋，战斗中，洛璃瞥见对方脖颈处的特殊纹身——那是被抹去的火种派旧徽记。
“火种派...你们为什么要这么做？”洛璃喘息着质问。黑袍人发出沙哑的笑声：“平衡？不过是弱者的幻想！只有绝对的秩序，才能避免被终末核心吞噬。”话音未落，更多黑袍人从阴影中现身，他们启动了隐藏的“秩序重构”装置，数据坟场的服务器开始疯狂运转，生成足以覆盖整个宇宙的精神控制波。
千钧一发之际，卡尔带领的机械救援队及时赶到，用电磁脉冲暂时瘫痪了装置；艾琳与魔法议会的巫师们布下元素结界，隔绝了精神污染的扩散。洛璃则抓住机会，将素璃结晶的力量注入服务器核心，试图摧毁控制程序。但她很快发现，程序的根源竟连接着仲裁庭的中枢系统——有人在仲裁庭内部设下了更深的阴谋。
随着服务器的崩溃，黑袍人的真实身份终于揭晓。他们是火种派的极端分子，自始至终都认为共生理念是对秩序的亵渎。为首的黑袍人摘下兜帽，赫然是仲裁庭的元老之一。“你们太天真了，”他狞笑着，“终末核心的威胁从未消失，而我们...将成为新世界的造物主。”
就在局势陷入僵局时，神农星突然传来强烈的能量波动。那颗由终末核心转化的水晶，竟开始逆向生长，重新凝聚出暗紫色的物质。洛璃意识到，极端分子的所作所为，正在唤醒核心深处的毁灭意志。宇宙再一次站在了崩溃的边缘，而这一次，平衡仲裁庭能否在信任崩塌的危机中，找到真正的破局之道？