宇宙胚胎在不完美之种的庇护下逐渐恢复生机，新生的星云泛起柔和的微光。自由方舟的修复系统发出嗡鸣，船员们疲惫地瘫坐在控制台旁，监测屏幕上，秩序之网的残片正缓缓消散成星尘。然而，裂缝文明的警报声突然撕裂宁静——孢子云并未彻底消亡，那些渗入宇宙胚胎核心的黑色孢子，正在诡异地脉动。
“它们在吸收胚胎的创生能量！”科学家的声音带着惊恐，全息投影中，胚胎表面浮现出蛛网般的黑色脉络，“这些孢子已经变异，它们的基因链融合了火种派的纳米重构技术和初代神农的封印法则！”更可怕的是，孢子释放出的“秩序孢子雾”开始侵蚀方舟的防护层，金属表面迅速结晶化，化作精密的几何图腾。
秦逸握紧终焉之剑，剑中的神农元神剧烈震颤，仿佛在警示危险。他走向观测室，却发现觉醒者们的状态愈发诡异：有人无意识地用指甲在舱壁刻下秩序符文，有人对着虚空喃喃自语“完美才是归宿”。林婉的星光在不完美之种中忽明忽暗，她的虚影勉强凝聚：“孢子雾中含有精神控制因子，它们在篡改大家的认知...快找到孢子的主巢！”
方舟循着孢子的能量波动，深入一片被暗物质笼罩的星云。这里漂浮着无数由孢子组成的“茧状物”，每个茧内都蜷缩着被改造的生命体——他们的身体与机械融合，皮肤下流淌着幽蓝的秩序数据流。当方舟靠近时，茧壳突然裂开，数以万计的“孢子战士”蜂拥而出，这些怪物的手臂可变形为秩序光束炮，口中喷射的黑色黏液能腐蚀时空。
“启动混沌扰乱立场！”驾驶员的声音紧绷。但攻击对孢子战士收效甚微，它们的身体在受损后能瞬间重组。秦逸挥动终焉之剑冲入敌群，剑刃所及之处，孢子战士的机械部分被秩序之力瓦解，肉体却又被混沌之力吞噬。战斗中，他发现孢子战士的行动节奏与某个高频波动同步，顺着波动望去，星云深处赫然矗立着一座由孢子凝聚的巨型祭坛——祭坛顶端，虚影的数据流正在重组。
“欢迎再次入局，逆命者。”虚影的声音从祭坛传来，他的身体由无数孢子组成，形态不断变幻，“这些孢子，是我用你的归墟残能、神农的封印和宇宙胚胎的生命力培育的终极兵器。它们既是秩序的执行者，也是混沌的载体，而你...就是它们的养分。”话音未落，祭坛释放出“熵噬漩涡”，将自由方舟卷入其中。
方舟在漩涡中剧烈摇晃，量子护盾濒临崩溃。觉醒者领袖突然暴起，他的双眼已被幽蓝覆盖，举起武器对准同伴：“清除一切不完美！”千钧一发之际，小女孩的机械手臂亮起蓝光，她将苏瑶药晶碎片刺入领袖胸口：“哥哥说过，自由比完美更重要！”药晶的力量暂时驱散了控制因子，领袖恢复意识，却咳出大量黑色孢子。
秦逸抓住机会，引导不完美之种的根系缠绕祭坛。根系上的白发纹路与孢子产生共鸣，竟开始反向吸收祭坛能量。但虚影早有准备，他将手按在祭坛核心，所有孢子战士突然自爆，产生的能量冲击波震断根系。更糟的是，祭坛深处升起一颗跳动的“孢子心脏”，心脏每一次搏动，都有新的孢子云扩散向宇宙胚胎。
“只有毁掉孢子心脏，才能终结这场灾难。”林婉的虚影变得透明，她将最后的星力注入秦逸体内，“记住，共生不是单纯的融合，而是让每种力量保持独立的绽放。”秦逸顿悟，他将神农的秩序本源、归墟的混沌之力、药晶的不完美能量，以及觉醒者们的自由意志，编织成一张“逆命之网”。
逆命之网笼罩孢子心脏的瞬间，心脏表面裂开缝隙。秦逸纵身跃入，在心脏核心处，他看到了更惊人的真相——这里囚禁着无数文明的火种，它们被改造成维持孢子生长的“能源体”。而在火种中央，一颗暗紫色的种子正在孕育，种子表面的纹路与万劫种如出一辙...