宇宙重归静谧，破碎的轮回祭坛化作星尘飘散，不完美之种在废墟中重新舒展枝叶，叶片上的金色脉络却蒙上了一层若有若无的暗紫色光晕。自由方舟的修复系统发出嗡鸣，船员们疲惫地瘫坐在控制台旁，裂缝文明的科学家突然猛拍操作台：“能量读数异常！那些尘埃...在自主重组！”
全息投影上，飘散的秩序代码尘埃正以诡异的规律汇聚，在星域边缘勾勒出一个巨大的茧状物。茧壳表面流转着初代神农封印的纹路与火种派的秩序矩阵，每一次脉动都引发空间的轻微扭曲。林婉的星光在花蕊中变得忽明忽暗，她的虚影语气凝重：“这不是自然聚合...是某种意识在暗中操控，茧内很可能孕育着更可怕的存在。”
秦逸握紧终焉之剑，剑身上的共生纹路突然逆向流转，传来灼烧般的剧痛。他的意识被强行拽入一片混沌空间，无数记忆碎片在眼前闪过：远古时期的文明实验现场，初代神农与火种派科学家的激烈争执，以及一个被黑袍笼罩的神秘身影在幕后操控一切。“原来虚影只是棋子...”他喃喃道，“真正的棋手还未现身。”
觉醒者们决定主动出击。残缺派修士用混沌之力构建隐形结界，裂缝文明改造飞船引擎为“量子穿隧装置”，试图瞒过茧状物的探测。然而，当方舟靠近时，茧壳表面突然睁开无数机械瞳孔，射出能瓦解物质结构的“秩序分解射线”。一名船员躲避不及，身体瞬间化作漂浮的金属颗粒。
“这些瞳孔的排列方式...是上古医道的‘望气卦象’！”残缺派长老瞳孔骤缩，“有人将医道推演之术改造成了杀戮武器！”秦逸引导不完美之种的根系缠绕飞船，幼苗叶片释放出能中和秩序能量的“共生屏障”。屏障与分解射线碰撞，爆发出的能量震碎了部分机械瞳孔，但茧内随即传来低沉的嗡鸣，更多的瞳孔从茧壳缝隙中生长出来。
千钧一发之际，小女孩的机械心脏突然解析出射线的频率波动。她将药晶碎片与飞船系统连接，启动“频率反转装置”，将分解射线转化为无害的星光。但茧状物的反击来得更快——茧壳裂开，数以万计的“秩序工蜂”倾巢而出。这些工蜂的口器能注射秩序病毒，翅膀振动时会产生扰乱思维的次声波。
觉醒者们陷入苦战。裂缝文明发射“混沌脉冲弹”，却被工蜂群组成的防护罩吸收；残缺派修士施展禁术“万魔噬天”，反而引来了工蜂的自爆攻击。秦逸挥剑斩开工蜂群，终焉之剑却在接触工蜂的瞬间被秩序病毒侵蚀，剑身开始出现细密的裂纹。
“这样下去不行！”他引导归墟残能在体内形成漩涡，强行吞噬剑中的病毒。与此同时，他发现工蜂群的行动节奏与茧壳深处的某个高频振动同步。顺着振动源望去，茧内隐约可见一个人形轮廓，那人身披融合了神农长袍与机械铠甲的诡异装束，手中握着一根镶嵌着暗紫色晶体的权杖。
“原来你就是幕后黑手。”秦逸的声音冰冷。对方缓缓转身，露出半张机械半张血肉的面容，声音像是无数人同时开口：“我是文明的修正者，是让一切回归完美秩序的必然。”他挥动权杖，茧壳表面浮现出能囚禁时空的“永恒囚笼”，将自由方舟困在其中。囚笼内的时间流速开始加快，觉醒者们的身体迅速衰老，不完美之种的枝叶也在飞速枯萎。
千钧一发之际，星孩的锈蚀银针再次出现，钉入囚笼核心。银针引发的时间乱流暂时扰乱了囚笼的运转。秦逸抓住机会，将自身力量、神农本源与觉醒者们的信念注入终焉之剑，斩向茧状物。剑刃劈开茧壳的瞬间，内部的神秘人露出真面目——他的胸口赫然镶嵌着半颗跳动的孢子心脏，而在孢子心脏深处，隐约可见初代神农痛苦的脸...