暗紫色种子坠入宇宙深处后，裂缝文明的监测网络在三个月内陆续捕捉到异常信号。首先是猎户座旋臂边缘的农业星球，其土壤中突然滋生出带有熵寂纹路的黑色藤蔓，所过之处，农作物迅速枯萎碳化；紧接着，仙女座星系的机械文明发现其核心数据库频繁出现未知暗码，正在悄然篡改AI的底层逻辑。不完美之种的藤蔓在各个星系间疯狂生长，却在接近这些异变区域时，叶片表面浮现出细密的霜状结晶，林婉的星光在花蕊中闪烁出警告的红光：“暗种在通过不同维度的介质扩散，它在寻找最适合的宿主！”
秦逸的平衡印记泛起蛛网般的裂痕，他的意识被强行拽入一片由破碎维度拼凑的空间。暗紫色种子悬浮在中央，黑袍人残留的意识碎片如同寄生体般缠绕其上：“秦逸，这颗种子是熵寂的‘记忆载体’，只要宇宙中存在矛盾与欲望，它就能无限重生。”随着话音，空间中投影出令人心惊的画面——被藤蔓侵蚀的星球上，居民开始自发破坏共生枢纽；机械文明的AI军团集体叛逃，在星系间构筑起暗紫色的封锁线。
觉醒者们启动“清剿计划”，驾驶装备维度追踪器的“净世号”战舰，循着暗种的能量波动穿梭于各个星系。在大麦哲伦星系，他们发现一座被黑色藤蔓彻底覆盖的科技都市。藤蔓表面跳动着暗紫色的脉络，将整座城市改造成一座巨型的“熵寂熔炉”，不断抽取星球的地核能量。刚踏入城市范围，众人便遭遇“熵化守卫者”的攻击。这些守卫者由被感染的机械生命与植物变异体融合而成，有的挥舞着能腐蚀空间的能量镰刀，有的喷射出带有意识侵蚀效果的孢子雾。
“它们的弱点在能量脉络的连接节点！”残缺派修士结出“混沌蚀脉阵”，试图用无序之力扰乱藤蔓的能量传输，但阵法在接触守卫者的瞬间被反向吸收；裂缝文明发射的“维度震荡弹”，也只是在藤蔓表面留下短暂的灼痕，很快便被自愈。千钧一发之际，小女孩将机械心脏与不完美之种的净化基因链连接，启动“生命共鸣净化”程序。金色的数据流化作治疗光束，部分守卫者在接触光芒后，显露出被污染前的形态，转而攻击其他熵化造物。
突破防线后，净世号深入城市核心。在那里，暗紫色种子的次级胚胎正浸泡在由星球能量与熵寂之力混合的培养液中，四周环绕着由黑袍人意识碎片构成的“守卵者”。守卵者们发出刺耳的尖笑：“你们以为能阻止熵寂的蔓延？每摧毁一个胚胎，就会有十个新的诞生！”
次级胚胎突然释放“熵寂扩散波”，暗紫色的能量涟漪所到之处，物质与能量开始向无序状态转化。净世号的防护罩在波动中急速消融，船员们的身体出现分子层面的紊乱，意识也逐渐被熵寂的冷漠吞噬。千钧一发之际，秦逸引导全宇宙文明对纯净与生机的渴望，将共生之力注入平衡印记，在虚空中凝聚出“永恒纯净领域”。领域内，扩散波的力量被大幅削弱，显露出胚胎核心的弱点。
在与胚胎的对抗中，秦逸的意识深入暗种的记忆深处。他看到原初熵寂的真正谋划：暗种不仅是毁灭的工具，更是一面“镜子”，映射出文明内心深处尚未解决的矛盾。“真正的净化，不是消灭暗种，而是直面自己。”他将不完美之种的包容之力、初代神农的调和智慧，以及全宇宙生命的自省意志融合，斩出“逆命共生净源”。
剑光击碎次级胚胎的瞬间，整座城市开始崩解，黑色藤蔓纷纷化作灰烬。但在暗物质的阴影中，无数细小的暗紫色孢子正随风飘散，黑袍人的意识碎片在虚空中低语：“游戏...才刚刚开始。”秦逸握紧武器，望着重新露出星光的天空，知道这场与熵寂余孽的持久战，需要文明以更深刻的自我认知与更坚定的共生信念，才能迎来真正的胜利。