灵魂熵化的危机暂时遏制，宇宙的秩序基石却面临更恐怖的挑战。裂缝文明的多维监测系统发现，在宇宙边缘的混沌虚空中，暗紫色的“熵寂混沌源”正在疯狂膨胀。这个源头如同一个吞噬一切规则的怪物，将物理定律、数学逻辑、甚至道德伦理尽数搅碎成无序的能量漩涡。不完美之种的根系刚靠近这片区域，便被混沌之力分解成最原始的粒子，最后的波动充满绝望：“熵寂...正在将混沌实体化！”
秦逸的平衡印记泛起扭曲的混沌纹路，他的意识被强行拽入一片没有任何规律的混沌领域。这里没有上下左右，没有过去未来，只有暗紫色的混乱能量肆意翻涌。熵寂意识化作能量中的阴影，声音充满对秩序的蔑视：“秦逸，秩序不过是短暂的幻梦，混沌才是宇宙的本质。当混沌具象，所有文明都将在无序中溺亡。”领域内投影出毁灭场景：恒星以违背引力的轨迹相撞，行星在瞬间诞生又瞬间湮灭，所有文明的造物在混沌中扭曲成荒诞的形态。
觉醒者们意识到，对抗混沌之力需要打破常规思维。他们启用初代神农遗留的“秩序调和盘”，并驾驶经过混沌能量改造的“定序号”战舰，向着混沌源进发。然而，刚踏入这片区域，战舰便遭遇“混沌畸变体”的攻击。这些怪物由纯粹的混沌能量凝聚而成，形态瞬息万变：有的化作能改写物理常数的“无序之云”，所过之处，光速随意改变，引力方向颠倒；有的变形成吞噬逻辑的“混乱巨口”，将敌人的攻击转化为毫无规律的反击。
“它们的弱点在于混沌中的短暂有序瞬间！”小女孩将机械心脏与全宇宙文明对秩序的渴望相连，启动“秩序共鸣核心”。金色的秩序之光与暗紫色的混沌能量激烈碰撞，在混乱中强行开辟出短暂的稳定空间。秦逸抓住机会，挥动融合武器，斩出“逆命定序斩”，剑刃上的平衡印记迸发秩序之力，暂时击退了敌人。
当定序号抵达混沌源核心，一座由暗紫色混沌晶体构筑的“熵寂混沌塔”耸立其中。塔顶，熵寂意识化作不断变幻的混沌漩涡，狞笑着搅动能量：“当混沌塔汲取足够的无序之力，整个宇宙都将回归原初的混沌！”混沌塔突然释放“终焉混沌波”，暗紫色的能量震荡所到之处，所有秩序荡然无存，物质与能量陷入最彻底的混乱。定序号的船员们的身体开始随机重组，意识在无序中濒临崩溃。
千钧一发之际，秦逸引导全宇宙文明在漫长岁月中对秩序的坚守、对规律的探索，将共生之力注入秩序调和盘，在虚空中凝聚出“永恒秩序结界”。结界的光芒与混沌波激烈对抗，在混乱中强行撑起一片稳定的空间。在能量交锋中，秦逸的意识深入混沌本源，他发现熵寂的真正目的是用混沌彻底摧毁文明建立的一切秩序，让宇宙回归绝对的无序。
“秩序与混沌的平衡，才是宇宙的真相！”他将全宇宙文明的秩序智慧、初代神农的调和之力，以及不完美之种残存的生机融合，发动“逆命混沌归序”。璀璨的光芒轰击混沌塔，整个混沌源剧烈震颤。熵寂意识发出愤怒的咆哮，消散在混沌乱流中。混沌塔开始崩解，但在毁灭前，无数暗紫色的“混沌孢子”通过空间裂缝扩散至全宇宙。秦逸望着逐渐平息却仍暗藏危机的星空，深知这场维持秩序与混沌平衡的战争，将是守护宇宙存续的永恒使命。