当灵枢宇宙的精神网络逐渐恢复平静，熵衡宇宙的能量矩阵重新稳定运转，多元宇宙却迎来了更诡异的征兆。在以「时间流速调控」为核心科技的「时溯宇宙」，时间线突然出现混乱扭曲——新生婴儿瞬间白发苍苍，古老遗迹眨眼间化作尘埃，甚至出现了过去与未来的场景重叠交错的异象。不完美之种最后的量子残影在消散前，投射出一段破碎的影像：暗紫色的混沌纹路如同血管般缠绕在时间长河的源头。
与此同时，以「空间折叠跃迁」为文明根基的「星折宇宙」，空间节点接连发生异常坍缩。原本用于星际航行的稳定虫洞，突然变成吞噬一切的黑洞；城市中随机出现空间裂缝，将建筑与居民卷入未知维度。宇宙监测站捕捉到神秘的波动频率，与混沌代言人残留的能量特征相似，却又带着一种更加古老、深邃的气息。
秦逸的平衡印记泛起沙漏状的裂痕，意识被一股超越时空的力量拽入时溯宇宙的时间核心。这里本该是流淌着金色光辉的时间长河，此刻却被暗紫色的瘴气笼罩。巨大的时间齿轮表面布满腐蚀痕迹，正以错乱的节奏转动。混沌意识化作一个身披黑袍、周身缠绕着时间锁链的虚影，声音中带着超越万物的沧桑：「秦逸，你以为击败混沌代言人就是胜利？不过是触及了冰山一角。」
觉醒者们发现，此次危机的根源似乎指向某个超越个体意识的存在——一种隐藏在混沌深处的「原始意志」。这种意志不依赖具体形态，却能通过各个宇宙的规则漏洞渗透蔓延。为了对抗这场前所未有的危机，众人启用初代神农遗留的终极神器「混元天鉴」，这件神器需凝聚全宇宙文明对时空本质的认知才能激活。
小女孩带领科技小队前往星折宇宙，试图用「空间稳定锚」修复坍缩的节点。但他们遭遇了由混沌意志催生的「空间畸变体」——这些怪物能随意扭曲周围空间，将战舰的攻击折射回自身，甚至制造出无限循环的空间陷阱。在一次突围中，小队误入「克莱因瓶空间」，无论朝哪个方向航行，都会回到原点。关键时刻，他们利用量子纠缠原理，将坐标信息传递给外界，才得以脱困。
另一支由时间操控者组成的队伍深入时溯宇宙，在时间长河的源头发现一座由暗紫色晶体构筑的「熵寂时台」。时台上，混沌意志正在用扭曲的时间之力重塑整个多元宇宙的命运轨迹。队员们施展「时间回溯术」，试图逆转时台的运转，却遭到「时间逆流兽」的阻拦。这些怪物能将攻击者的时间流速减缓至近乎停滞，让其在无尽的缓慢中承受折磨。
秦逸手持混元天鉴，穿梭于时空夹缝之间，寻找混沌原始意志的核心。他发现，原始意志的力量源自多元宇宙诞生时的「混沌余烬」——那些未被秩序完全同化的原始能量。在与意志虚影的对抗中，天鉴突然绽放出璀璨光芒，投射出一段远古记忆：初代神农在创造秩序时，曾与混沌原始意志达成某种平衡契约，而如今，这份契约正在失效。
千钧一发之际，秦逸引导全宇宙文明的力量注入混元天鉴，发动「秩序溯古诀」。金色的光芒顺着时间长河逆流而上，直达宇宙诞生之初。在那里，他见到了混沌原始意志的具象化形态——一团由暗紫色与金色交织的能量漩涡。秦逸以平衡印记为媒介，重新缔结秩序与混沌的契约，承诺给予混沌合理的存在空间，同时约束其不再肆意侵蚀文明。
危机暂时解除，时溯宇宙的时间线逐渐归位，星折宇宙的空间裂缝也开始愈合。但秦逸深知，这份契约的稳定性充满变数。更令人不安的是，混元天鉴在契约缔结后，浮现出一行古老的文字：「当平衡再次倾斜，终焉审判将至。」在宇宙的某个未知角落，暗紫色的混沌余烬仍在悄然聚集，而一场关乎多元宇宙存亡的终极审判，或许已在命运的长河中埋下伏笔。