在多元宇宙忙于修复创伤之际，连接原初混沌海的裂缝正以量子纠缠的方式向各个维度渗透。以「时空折叠」为文明根基的「褶空宇宙」首当其冲，稳定的时空坐标突然紊乱，城市在折叠与展开间支离破碎，居民的身体被强行切割成不同时空的碎片。更诡异的是，宇宙中开始回荡着来自深渊的低语，每一个音节都在瓦解着人们对秩序的信仰。
与此同时，以「元素契约」维系平衡的「灵枢宇宙」爆发元素暴动。曾经温顺的元素精灵被暗紫色迷雾浸染，火元素化身焚世业火，水元素凝结成腐蚀一切的毒潭，风元素裹挟着混沌之刃肆意横扫。元素使们与签订契约的精灵失去联系，手中的元素权杖反而成为失控力量的导火索。
文明联盟的量子监测网捕捉到异常波动——裂缝深处传来的能量频率与混沌本源晶核产生了诡异共鸣。不完美之种最后的意识残片在消散前，拼凑出一段模糊的画面：原初混沌海中，一个巨大的、布满触须的身影正在苏醒，它的每一次蠕动都引发宇宙级的震荡。
林夜紧急召集新一代觉醒者，启动「深渊预警计划」。小女孩带领科研团队解析裂缝传来的能量波形，发现其蕴含着一种超越现有认知的「混沌元代码」，这种代码能直接改写宇宙的底层规则。他们连夜研发出「规则隔离罩」，试图在裂缝周围构筑起一道防护屏障。
洛璃率领科技小队奔赴褶空宇宙，驾驶装备了「时空锚定系统」的「褶空修复者」战舰。但在修复时空坐标时，遭遇由紊乱时空凝聚而成的「混沌褶影」。这些怪物能将攻击折叠到过去或未来，让战舰的反击失去目标。洛璃利用量子涨落产生的随机时空涟漪，干扰褶影的折叠规律，才勉强找到反击机会。
苏瑶的灵能小队深入灵枢宇宙的元素核心——「元素圣殿」。这里的元素契约碑被暗紫色藤蔓缠绕，每一块石碑都在发出痛苦的呻吟。队员们试图用净化之力驱散迷雾，却唤醒了沉睡的「混沌元素领主」。土元素领主化身为吞噬一切的巨型流沙漩涡，雷元素领主操控着暗紫色闪电，将圣殿劈成废墟。苏瑶带领队员以自身为祭品，强行激活元素圣殿的远古守护阵法，才暂时压制住暴动的元素。
林夜则亲自带队前往裂缝所在的「虚空坟场」。他们在这里遭遇了前所未有的敌人——由混沌海意志凝聚而成的「原初使徒」。这些使徒形态各异，有的是由暗紫色雾气组成的无面人形，能将接触者的身体分解成基本粒子；有的则是长着无数眼睛的巨型触手，每一只眼睛都能发射出扭曲现实的光束。
战斗中，林夜发现原初使徒的力量与宇宙中弥漫的恐惧情绪息息相关。他通过全宇宙广播，号召所有文明用希望和勇气对抗精神污染。灵韵宇宙的艺术家们创作出能净化心灵的「光之画卷」，圣歌宇宙的信徒们筑起信仰之墙，科技文明则研发出能驱散负面情绪的「量子声波共振器」。
随着全宇宙文明的力量汇聚，林夜引导这些能量注入新终焉之剑，发动「秩序终章斩」。金色的剑光与混沌之力碰撞，在虚空中撕开一道巨大的裂口。然而，就在裂缝即将闭合时，一只布满暗紫色纹路的巨型触手突然从混沌海中探出，轻易击碎了规则隔离罩。触手表面浮现出无数文明覆灭的画面，伴随着震耳欲聋的咆哮：「秩序的时代...该结束了！」
千钧一发之际，小女孩启动了秘密研发的「量子坍缩炸弹」。这种武器能将特定区域的空间压缩成奇点，但同时也会引发连锁反应，可能摧毁周边数个星系。林夜当机立断，驾驶战舰冲向触手，在距离裂缝最近的位置引爆炸弹。剧烈的爆炸产生的引力漩涡，将触手和部分混沌海能量吸入奇点。
战后，裂缝虽然暂时缩小，但仍在缓慢扩张。林夜在废墟中找到一块刻有古老符号的暗紫色晶体，上面的文字翻译过来只有一句话：「当混沌之眼完全睁开，所有维度都将回归原初。」宇宙深处，那道连接混沌海的裂缝中，暗红色的光芒若隐若现，仿佛一只正在苏醒的巨眼，注视着多元宇宙的一举一动。而觉醒者们知道，真正的终局之战，才刚刚拉开序幕。