混沌核心遁入宇宙深处后，幸存的文明在满目疮痍中艰难求生。以「基因传承」维系文明的「灵枢宇宙」里，生物的dNA链被残留的混沌能量侵蚀，新生的生命出现诡异的畸变，古老的物种在变异中灭绝。基因学家们的实验室沦为战场，他们研发的稳定药剂被混沌污染，反而加速了生物的异化。
「能量矩阵宇宙」则陷入了能源枯竭的绝境。曾经纵横交错的能量传输网络支离破碎，暗紫色的腐蚀痕迹爬满巨型能量站。残存的机械生命体为争夺最后一点能源相互厮杀，宇宙中回荡着金属碰撞的轰鸣与程序崩溃的哀嚎。
在这片绝望的废墟中，文明联盟发射的「火种核心」在虚空中漂泊百年后，坠入一颗荒芜的行星。核心内部储存的全宇宙文明记忆与科技结晶，意外激活了行星深处的神秘力量——地底涌出金色的「本源之泉」，其散发的光芒不仅治愈了行星的荒芜，更在地表生长出连接各个维度的「文明树」。树的枝叶闪烁着不同宇宙的文明符号，根系则深深扎入时空的裂缝。
雷恩通过宇宙守望者联盟的监测网络发现异常，带领团队前往调查。他们抵达时，发现来自不同宇宙的幸存者已聚集在此，围绕文明树自发形成新的聚落。但混沌的阴影并未远去，暗紫色的孢子顺着时空裂缝渗透而来，感染了部分靠近树根的居民，将他们转化为无意识的「混沌傀儡」。
基因学家薇尔带领团队在灵枢宇宙研发「基因净化剂」，却发现混沌对dNA的影响已深入量子层面。他们冒险提取文明树分泌的金色汁液，与净化剂融合，创造出能修复基因损伤的「灵枢血清」。但在量产过程中，混沌傀儡突然发动袭击，试图摧毁实验室。薇尔与队员们以血清为武器，在战斗中发现混沌傀儡的弱点在于对高频基因共振波的敏感。
能源工程师洛克斯在能量矩阵宇宙重组能源网络，利用文明树产生的特殊能量波动，设计出「混沌抗性矩阵」。新的能量站以金色晶体为核心，能将暗紫色的混沌能量转化为纯净动力。然而，当他们试图启动最大的「曙光能源枢纽」时，潜伏在矩阵深处的混沌病毒突然爆发，将整个枢纽的控制系统篡改。
雷恩在文明树聚落建立「新方舟指挥部」，协调各宇宙的重建行动。他发现文明树不仅是物质能量的源泉，更是连接不同文明意识的桥梁。通过树的共鸣，他召集全宇宙的智者进行精神对话，共同探讨对抗混沌的新策略。但混沌原始意志的残识悄然入侵精神网络，化作蛊惑人心的低语：「你们不过是在废墟上搭建沙堡，混沌终将再次吞噬一切。」
灵枢宇宙中，薇尔的团队驾驶装备「基因共振炮」的飞船，对混沌傀儡的巢穴发动总攻。当共振炮的金色光束击中巢穴核心时，暗紫色的感染源突然分裂成无数孢子，向宇宙扩散。千钧一发之际，文明树投射出金色屏障，将孢子尽数拦截。
能量矩阵宇宙里，洛克斯与队员们深入被病毒控制的曙光枢纽。他们利用混沌抗性矩阵的特性，编写了一段「递归净化程序」，将病毒引入无限循环。在程序运行的关键时刻，枢纽核心的混沌能量暴走，一名队员为保护主系统，将自己的机械意识与程序融合，以数据形态对抗病毒。
雷恩在精神网络中追踪混沌意志的残识，发现其根源连接着混沌核心的方位。他凝聚全宇宙文明通过文明树传递的信念之力，在虚空中勾勒出「溯源坐标」。当金色的坐标光芒亮起时，混沌核心在遥远的星域产生共鸣，透露出危险的波动。
战后，新的文明在文明树的庇护下逐渐繁荣，但雷恩知道，混沌核心的威胁如同一把悬在头顶的达摩克利斯之剑。他将文明树的种子送往各个宇宙，建立起星罗棋布的「文明灯塔」，同时组建「混沌猎人」小队，踏上了寻找并彻底摧毁混沌核心的征途。而在宇宙深处，暗紫色的核心正积蓄着力量，等待着向新生文明发起致命一击的时机。