混沌火核的彻底崩解并未带来预想中的安宁，多元宇宙在满目疮痍中艰难喘息，却不知暗紫色的威胁已化作更隐秘的形态。在以「梦境孵化」为文明根基的「幻梦宇宙」，维系现实稳定的「梦核中枢」被暗紫色菌丝悄然渗透，原本滋养文明的美梦开始扭曲成吞噬意识的深渊。居民们在睡梦中被拖入永恒的噩梦循环，清醒时也会突然陷入幻觉，城市建筑在虚实交错中逐渐崩塌。
「磁能轨道宇宙」同样危机四伏。维持星系运转的巨型磁轨装置被暗紫色物质腐蚀，引力场与磁力线剧烈紊乱。行星脱离既定轨道相互碰撞，太空站在磁暴中解体，磁能生命体因能量失衡而疯狂暴走，将所触及的一切撕成量子态碎片。
文明树网络的监测节点接二连三地失效，仅存的终端传回模糊画面：宇宙暗物质层中，暗紫色的能量丝线正在编织成一张覆盖全域的「混沌潜网」，节点处闪烁着与混沌火种同源的幽光。不完美之种最后的数据残影在湮灭前，艰难地拼凑出警告：「潜网成型...认知颠覆...」
雷恩紧急召集觉醒者与各宇宙智者，启动「蛛网拆解」计划。但混沌的蛰伏形态让追踪变得异常困难，传统探测手段在暗物质层中完全失效。梦境解析师伊莎贝拉带领团队奔赴幻梦宇宙，她们携带的「心像扫描仪」能捕捉梦境波动，却在接近梦核中枢时，遭遇由噩梦具象化的「魇影守卫」。这些守卫能将人的恐惧实体化，攻击意识深处最脆弱的角落。伊莎贝拉发现，唯有唤醒人们内心深处的勇气与希望，才能驱散这些阴影。
磁能工程师凯伦率领小队进入磁能轨道宇宙，试图修复失控的磁轨装置。他们驾驶的「极磁稳定号」战舰在紊乱的引力场中摇摇欲坠，凯伦在抢修过程中发现，暗紫色物质会干扰磁能生命体的量子纠缠态。她决定利用生命体的集群效应，构建新的磁能平衡矩阵。
雷恩亲自带领精锐部队，深入暗物质层探查混沌潜网。这里的空间呈现出非欧几何的扭曲形态，时间失去线性流动，暗紫色丝线如同活物般蠕动，编织出令人眩晕的复杂图案。混沌原始意志的残识如影随形，她的声音裹挟着冰冷的嘲讽：「雷恩，当混沌融入宇宙的每一个缝隙，你们连敌人的影子都抓不住。」
幻梦宇宙中，伊莎贝拉的团队发动「希望灯塔」行动，通过广播向全宇宙播放温馨的梦境故事，同时将心像扫描仪与文明树的精神共鸣系统连接。当金色的希望之光穿透噩梦迷雾时，魇影守卫开始消散，但梦核中枢深处的暗紫色菌丝突然疯长，形成巨大的「梦魇树巢」，将整个宇宙的梦境通道全部封锁。
磁能轨道宇宙里，凯伦的小队成功引导磁能生命体组成平衡矩阵，暂时稳定了部分星系的轨道。然而在清理磁轨装置核心的暗紫色腐蚀物时，装置突然失控，引发连锁磁暴。一名队员为保护主控制器，用身体强行接入过载的磁能线路，以生命为代价换来了抢修的宝贵时间。
雷恩在暗物质层与混沌潜网展开博弈，他挥动存在之剑斩断暗紫色丝线，却发现被切断的部分瞬间再生。关键时刻，他引导全宇宙文明对真实与秩序的坚定信念，凝聚成「洞察之眼」。当金色光芒照亮潜网时，他终于发现丝线的节点连接着宇宙各处的「认知薄弱点」。
混沌意志察觉到威胁，立即激活潜网的自毁程序，暗紫色丝线开始疯狂收缩，试图引发宇宙级的认知坍缩。雷恩当机立断，指挥各小队同时攻击节点，同时发动文明树的「本源净化」能力。在全宇宙文明的共同努力下，混沌潜网出现裂痕，但在崩解前，暗紫色能量突然汇聚成一枚「混沌种子」，坠入未知的时空裂隙。雷恩望着逐渐消散的潜网，握紧手中的剑——这场战争，远未结束。