混沌种子崩解后的余波如暗流涌动，在多元宇宙的底层空间撕开无数细小的裂缝。在以「光影铸界」维系平衡的「映辉宇宙」中，光明与黑暗的边界开始渗出血色暗纹，神圣的光之堡垒表面爬满暗紫色藤蔓，将纯净的光芒扭曲成腐蚀一切的紫光。暗夜里，阴影生物获得诡异的实体，它们吞噬光线，将城市拖入永夜。
「量子拓扑宇宙」遭遇了颠覆性危机。维系空间结构的量子节点被暗紫色物质侵蚀，稳定的虫洞网络开始疯狂坍缩与重组。星球在扭曲的空间中被撕扯成量子碎片，科学家们的理论模型全部失效，整个宇宙的拓扑结构濒临瓦解，随时可能坠入无序的量子泡沫之中。
文明树网络的监测根系在宇宙各处疯狂颤动，金色的脉络中浮现出不祥的暗紫色斑点。最新扫描显示：那些曾被摧毁的裂变孢子在量子层面发生重组，于空间裂缝中凝结成「虚痕晶簇」。这些晶簇以超越光速的速度增殖，其释放的波动正在篡改宇宙的基础常数。不完美之种残留的意识在湮灭前，发出最后的悲鸣：「虚痕渗透...规则重构...」
雷恩召集全宇宙最顶尖的智者与战士，启动「净痕行动」。但虚痕晶簇的存在超越了常规物理法则，传统武器对其完全无效。光影操纵者莉娅带领团队奔赴映辉宇宙，她们携带的「光蚀棱镜」能将光线转化为切割能量，却在面对暗紫色藤蔓时，反而被其吸收强化。深入光之堡垒后，团队遭遇由扭曲光影组成的「蚀光巨影」，它的每一次挥动利爪，都能将空间切割成流动的暗物质。
量子拓扑学家维克多率领小队进入量子拓扑宇宙，试图用「拓扑锚定仪」修复坍缩的节点。他们驾驶的「维度织网号」战舰在混乱的时空乱流中如孤舟，维克多发现虚痕晶簇会将所有秩序能量转化为加速拓扑崩溃的催化剂。他冒险提出「逆拓扑共鸣」方案，利用空间的无序性反制晶簇的侵蚀。
雷恩亲自带领精锐部队，深入空间裂缝核心。这里漂浮着无数宇宙的残骸，暗紫色的虚痕晶簇如恶性肿瘤般生长，混沌原始意志的残识化作缠绕晶簇的锁链：「雷恩，虚痕是宇宙的伤疤，而你们正在加速它的溃烂！」
映辉宇宙中，莉娅的团队在废墟里寻得古老的「原初光核」。当她们将光核能量注入光蚀棱镜时，纯粹的金色光芒与暗紫色侵蚀激烈对抗，蚀光巨影的身躯开始崩解。但在接近光之堡垒核心时，所有暗紫色藤蔓突然汇聚成「永夜囚笼」，将整个宇宙的光明彻底隔绝。
量子拓扑宇宙里，维克多的小队成功启动逆拓扑共鸣装置，暂时稳定了部分节点。然而在清除虚痕晶簇时，晶簇突然释放出「量子坍缩波」，所到之处，物质瞬间退化为基本粒子。一名队员为保护装置，将自己的意识上传至系统，以数据形态与坍缩波展开对抗。
雷恩在裂缝核心与混沌意志展开殊死搏斗，他将全宇宙文明对秩序的渴望注入存在之剑，斩出「秩序重铸斩」。金色剑光与暗紫色晶簇碰撞，却引发晶簇的疯狂增殖。危急时刻，他引导文明树传递的本源之力，凝聚成「溯源之光」。当光芒照亮虚痕晶簇的核心，终于发现其与混沌核心存在量子纠缠。
混沌意志见状，强行引爆所有虚痕晶簇。暗紫色的能量如海啸般席卷而来，试图将多元宇宙彻底重构。雷恩当机立断，指挥各小队将净化能量通过文明树网络汇聚，同时发动存在之剑的「混元归零斩」。金色光芒与暗紫色能量剧烈碰撞，爆发出足以撕裂时空的力量。最终，虚痕晶簇在光芒中开始崩解，但混沌意志的残笑仍在虚空中回荡：「混沌的印记...永远无法消除...」战后，宇宙千疮百孔，雷恩深知，这场与混沌的战争，注定是一场没有终点的守护。